澎湖海麵，兩軍相接。頓時殺聲震天，刀槍翻舞，箭彈並發。清軍先鋒藍理飛舟闖入敵陣，揮刀斬劈，如入無人之境。總兵林賢、朱天貴亦率舟入陣，奮勇砍殺。清軍水師源源而來，施琅令他們舟自為戰，人自為戰，直殺得敵軍舟翻人仰，死傷無數，海水竟被染紅。那劉國軒確實驍勇，更兼他相信颶風必起，穩操勝算，雖麵對勇猛清軍並不懼怕，也殺了許多清兵。誰想天公不盡如人意，竟在劉國軒滿望颶風驟起之時，半空裏突然響起一聲雷鳴。“雷鳴風止”，將劉國軒滿腔希望化為泡影，使他登時驚得脊背冒出了冷汗。接著又聞雷聲滾滾，不斷送入耳鼓，臉色不由大變，喃喃說道：“天命矣，今且敗。”其部下諸將見他如此模樣，那必勝的信心也便失去了許多，士氣遂驟然下降。施琅卻不失時機，立命舟師掩殺過去。一時間海上火起，敵船被焚，鄭軍士卒紛紛跳海。劉國軒眼見得此戰敗北，隻好駕舟逃命。他先奔四角山，後奔牛心灣，不想陳蟒、康玉早已等在那裏。劉國軒不敢交戰，倉倉惶惶逃回台灣去了。這一戰，清軍焚毀敵船百餘，敵兵被殺，溺死無數，號稱台灣門戶的澎湖遂告收複。施琅便統率舟師乘勝追至台灣，泊舟鹿耳門。
施琅在給康熙上奏時曾言，“澎湖克，則台灣計日可下”。事實果真如此，那在馮錫範操縱下的鄭克爽，見劉國軒狼狽歸台，施琅大軍壓境，心知大勢已去，如再頑抗，玉石俱焚。遂派部下馮錫珪、鄭平英持降表到施琅軍前請降。施琅便上奏康熙，請他頒赦招撫。
康熙接得奏折，高興異常，即頒諭旨一道，詔諭鄭克爽，意謂：朕禦天下，體念兵民，沿海百姓，台灣居民，皆吾赤子，朕不忍聽其久於水火之中。你父竊據台灣，騷擾沿海，致使百姓不得安寧，天下不得統一。你雖年幼，也想效法前人。朕才不得不派提督施琅選將練兵，出洋進剿。如果你能悔罪投誠，率所屬偽官悉行登岸，朕則盡行赦免你們一切罪行，並且加恩安插，務令各得其所。
康熙一紙詔書，將鄭克爽等心中疑慮盡行掃除，他們眼見前行有路，便即悔罪投降。鄭克爽、劉國軒、馮錫範等遂俱剃發，至施琅軍前繳出三代相傳的延平郡王金印、招討大將軍金印和公侯伯將軍銀印。
康熙二十二年八月，施琅率清兵進駐台灣，漢族、高山和各少數民族人民喜氣洋洋，“壺漿迎師，接踵而至”。就連鄭克爽等也“歡呼踴躍”，竭誠歡迎。
年青的康熙皇帝接到施琅收複台灣奏報之時，恰是八月十五日。中秋佳月掛中天，金風送爽，菊香陣陣。康熙喜不自勝，遂作《中秋日聞海上捷音》七律一首：
萬裏扶桑早掛弓，
水犀軍指島門空。
來庭豈為修文德，
柔遠初非默武功。
在適受降秋色外，
羽林奏捷月明中。
海隅久念蒼生困，
耕鑿從今九壤同。
康熙為了表彰施琅的戰功，加封他為靖海將軍、靖海侯，世襲罔替；並賜禦用袍服及花翎。那鄭克爽及劉國軒等後來俱遵康熙諭旨到了京師，康熙履行前言，封鄭克爽為海澄公，隸漢軍正紅旗。劉國軒、馮錫範也封了伯爵。鄭成功之子鄭聰等六人，鄭克爽之弟鄭克舉等九人，以及劉國軒等子弟，俱陸續移入內地。其餘職官也於近省安插墾荒。
後來，朝中有人主張舍棄台灣。施琅又上奏康熙，陳明利害：台灣雖一島，實腹地數省之屏障，如棄台灣，則荷蘭必乘隙複據，竊窺內地。沿海諸省，斷難安然無虞。台灣地數千裏，人民數十萬，不惟斷不可棄，反應加強管理，請設鎮守官員。
康熙將施琅奏折交王公大臣會議，大學士李爵、蘇拜等極表讚成。這也恰合康熙心意，便即頒詔準如所請。遂在台灣設一府三縣，巡道一員，總兵官一員，副將二員，駐兵八千。並設澎湖副將一員，駐兵兩千。自是台灣回歸祖國，大清天下一統。台灣經濟、文化從此蓬勃發展，國家海防力量更形強固。
四 剿滅噶爾丹
1 野心勃勃——喀爾喀蒙古內亂
準格爾部對喀爾喀蒙古三部早已垂涎欲滴，偏偏這時土謝圖部和劄薩克部因為爭奪美人而起了內哄，準噶爾汗噶爾丹趁機吞並了土謝圖部、劄薩克部和車臣部，噶爾丹利令智昏，更肆無忌憚，又打起漠南蒙古的主意來。這對噶爾丹究竟是福，還是潛藏的禍？
康熙年間，中國北部和西北部有蒙古三大部，叫做漠南蒙古、額魯特蒙古、漠北喀爾喀蒙古。漠南蒙古在大漠以南，與萬裏長城相近，也稱作內蒙古。漠北喀爾喀蒙古在大漠以北，也稱作外蒙古。額魯特蒙古則遠在天山和阿爾泰山之間。