這時，因為打了敗仗而降職為後將軍的劉毅向朝廷上書，強烈要求指揮這次西征，說他將用盧、徐的人頭，洗刷自己的恥辱！劉裕就納悶了：這位老同事的臉是怎麼長的？怎麼就能發育得這麼結實呢？當初是誰不聽勸告導致全軍覆沒的？現在戰局好轉，又想來摘我種的桃子？曾做過司馬元顯心腹的長史王誕秘密向劉裕建議說：“公既已平定廣固，又滅掉盧循（盧循當時還沒有被滅），這種蓋過前代的功績，無人能及的勳勞，豈能和人分享？劉毅和公一道起自布衣，隻是一時相推，並不甘心為公下屬。他既然已經有過戰敗喪師的經曆，最好就不要再讓他有立功恢複聲譽的機會了。”
盡管兩年後兩人終於還是攤了牌，但應該說，此時劉裕還不想殺劉毅：劉毅畢竟是和自己一同起義的老戰友，也確實有些本事，如果在經曆慘敗之後放棄與自己爭奪權力的非分之想，老老實實為自己做事，我劉裕也不會虧待你。但是，首先得弄清楚自己是誰，不管在哪家公司，老板隻能有一個！
朝廷的正式文件自然不會說得這麼直白，詔曰：任命太尉劉裕為主帥，率領兗州刺史劉藩、寧朔將軍檀韶、冠軍將軍劉敬宣等率軍西上，討伐妖賊盧循。而留守後方這個“艱巨重任”，就由劉毅“全權”負責了。當然，朝廷出於體恤功臣的考慮，為了不讓劉毅工作得太辛苦，讓剛從齊地回來的劉穆之幫忙協助，也是可以理解的。
十月中旬，劉裕率領的第二波西征大軍正式從建康出發，沿長江而上，指向尋陽。數天後，第一波西征軍主將王仲德、劉鍾等人聽說正式的西征大軍快到了，決定打個勝仗為劉裕接風。十一月初，王仲德、劉鍾等人大敗盧循軍南陵守將範崇民，一舉拿下南陵，範崇民狼狽逃走，前往尋陽的江路洞開。不過劉裕與王仲德會師後，西征大軍行動速度也並不太快，這是因為在當時通訊不便的情況下，劉裕要為那支南下的奇兵發揮作用留出足夠的時間。
盡管沒有GPS，也沒有電話聯係，但劉裕對數千裏之外遠征軍行程的計算大體是準確的：就在十一月二日，孫處、沈田子率領的遠征艦隊經過數月的艱苦航行，終於到達廣州番禺。當時盧循率主力遠征，番禺守兵不多，而且自以為遠離戰場，根本沒想到晉軍會從海路千裏來襲，因此毫無防備。晉軍到達離城隻有十餘裏的東衝時，城中守軍還一無所知。此時正值天降大霧，孫處、沈田子率士兵悄悄登陸，從四麵突然包圍番禺，當天就攻下了城池。城陷之時，盧循的父親盧嘏以及長史孫建之、司馬虞尪夫等人乘小船逃往始興，其餘沒跑脫的親友黨羽則全被誅殺。盧循經營了六年的廣州根據地就這樣沒了，他一旦戰敗，將無路可逃，隻是他現在還不知道。隨後，孫處留在番禺安撫居民，沈田子率軍出擊，奪取嶺南的其他郡縣，完全收複廣州。
在估計孫處、沈田子應該已經完成了對廣州的戰略迂回之後，劉裕率西征部隊進至雷池（當時長江北麵的一個湖泊，在今湖北與安徽兩省交界的大官湖、龍感湖及泊湖一帶，成語“不越雷池一步”的典故就是說的這個地方），距離盧、徐此時的駐地尋陽隻有百餘裏了。這樣，到十一月底，經過劉裕的策劃和劉道規的奮戰，盧、徐的五鬥米道軍團已經被裝入了一個東麵劉裕軍團、西麵劉道規軍團和南麵孫處軍團組成的巨大羅網之中。最後的清算，即將開始……