GDI南美兵團駐貝倫基地是GDI南美共團在南美洲的八處大型軍事基地之一，駐軍十五萬。由於離巴西較為接近，因此，經常遭受到SCRIN的攻擊，但都有驚無險的打敗了SCRIN，所以貝倫基地的指揮也不太放在心上。
但在6月4日，貝倫基在卻遭到了毀滅的厄運，因為一種新型的SCRIN母艦——一個巨型八麵體——的瘋狂攻擊。
這艘母艦一擊就毀壞了貝倫基地外圍的防禦設施，接又以AT力場來抵禦來自貝倫基地的攻擊，沒人能解釋這艘母艦為什麼會使用AT力場，但它確實是AT力場擋住貝倫基地的全力反擊。
火鷹戰機群在這艘母艦出現的第一時間就升空攻擊，但那母艦卻開始了變形並且快速旋轉，下一秒所有的火鷹戰機就在空中爆炸了。
緊接著這艘母艦又變成了十字架的模樣，並從中央的紅球處射出了一道耀眼的光茫，這道光茫橫掃整個貝倫基地，當這道光茫消失時，貝倫基地已經徹底消失了。
一小時後，NOD遠征軍亞鬆森基地也遭到了，這艘母艦的攻擊，步上了GDI貝倫基地的後塵。
在NOD大神官中的一處實驗室裏，一個有著灰色頭發的美少年安詳的漂呼在培養槽裏，被真嗣親手殺死的第十七使徒——渚薰。
這是凱恩為LEGION準備的軀體，因此它將指揮一支全新的部隊，但鑒於前任NOD戰術AI——CABAL的背判，所以不能讓人知道LEGION不是人類，於是為它創造了一個近乎完美的軀體。
至於DNA樣本嘛，自然是穎帶回的文件嘍。
凱恩計劃將LEGION的意識轉入渚薰的大腦裏。但他還是棋差一著，因為他“複活”的是神而不是人類，複活渚薰的身體就等同複活渚薰的靈魂！所以凱恩是複活了渚薰，而非為LEGION，而渚薰還吞噬了LEGION並奪取了它所有的知識。
對外他是NOD兄弟會的少主，但實際上他卻是Leon的勁敵之一——自由天使渚薰。他欺騙了凱恩，這個NOD先知，LEGION的創造者，凱恩將NOD最強大的派係交給了他，讓他可以實施自己的計劃。
“真期待我們的再次會麵呢，Leon。”渚薰在心中說道。自Leon，楚弋，霧島三人被提升為將級軍官後，GDI軍部就陸續提拔了一些少壯派軍官，其中比較有名的有GDI本隊的大校消罪，鋼爪的大校趙羽，以及ZOCOM的上校藍夢雲三人，這三人分別被提拔為上將，準將，少將。當然了，趙羽現在因為摧毀NOD新型單位——黑暗使者有功麵被提拔為中將。
可現在，這些GDI的軍事新星卻受到了致命的挑戰，他們將麵對NOD瘋狂的攻擊，在絕境下，他們又將怎樣麵對呢？
最先遭到攻擊的是駐守法國巴黎的消罪，6月6日上午8：00，NOD部隊從四麵八方猛攻巴黎，消罪在按規定疏散了民眾後依托城市樓房和巷道與NOD展開戰鬥。
在幽魂火炮的掩護下，大量灌注了泰伯利亞的NOD激進份子和火箭兵似潮水般衝了過來，這是NOD的慣用手法，以大量的炮灰來消磨對手的實力，然後在用精銳部隊一舉摧垮敵人的防線。
但可惜的是他們的對手是消罪，這個東西方混血兒是個極其神秘的家夥，終日帶著副擋住了大半麵孔的墨鏡，但他卻又是實力可怕。在他還是個少校時，就曾臨危受命，以極少的兵力來守衛兵力薄弱的五角大樓，這看似不可能的任務卻被他輕易完成，並且成功殲滅了進犯的NOD部隊，由此可見他是個擅長防守反擊的指揮官。
在指揮所裏，消罪看著地圖，又看了看自己身邊幾個身上多少都掛了彩的校字然後說：“命令部隊，放棄巴黎以北，全力防守城區以南，我們沒必要守衛商業區和住宅區，隻要守住工業區和行政機關就可以了。另外盡可能疏散群眾，能救多少就救多少，要把平民的傷亡率降到最低。”說完他就自顧自的喝起了茶。
“楚弋，如果是你會怎麼布防呢？應該會比我現在的辦法要好些才對，但我也不會輸你的。”消罪看著遠處的戰火自語道。
第二個遭遇到襲擊的是GDI鋼爪部隊的趙羽，自從他在維多利亞沙漠摧毀黑暗指著後，就一直駐守在那裏，並且建立了一座‘MK中心’的大型工廠來製造GDI的新終極單位。因此這座基地被擴大了數倍，兵力也從不足三萬升到了十萬之眾，用以應對NOD黑手部隊的攻擊。
在消罪被攻擊的三小時後，即標準11：00，趙羽就遭到黑手部隊的突襲，大堆的聖徒步兵，黑手裝甲兵，火焰坦克和淨化者機甲在幽魂的炮火掩護下發動了黑手部隊最常用的戰術——死攻！