1939年底，黨為了充實寧夏的工作力量，派孟長有回寧夏，以特派員的身份協助寧夏地下黨組織開展工作。他先在中寧縣地政局設在石空堡的土地站充當一名錄事，這裏是寧夏交通線上的黃河渡口，是通往蘭州、西安和綏蒙的重要碼頭，消息靈通，過往人多，身份複雜，便於建立聯絡點；同時，馬家軍的河防司令部也設在這裏，便於對其布防、兵營和崗哨等進行偵察，這對黨在寧夏下一步的工作都極有價值。不久因受到懷疑而被解職。這時正遇到新成立的海如小學缺少教員，就應聘去該校執教。海如小學是寧夏省政府參議員周閣臣和寧夏省主席馬鴻逵堂兄、十七集團軍副總司令馬鴻賓倡捐而興辦的一所回民學校，校址設在同心縣的回民聚居區喊叫水鄉，以伊斯蘭教虎夫忍也教派洪門門宦教主洪海如的名字命校名。紅軍在長征時期就曾受到洪教主與當地穆斯林的歡迎和幫助，黨在這裏有一定影響，群眾基礎較好，加上這裏偏遠、荒涼，很適合進一步開辟革命據點，也便於他暫時隱蔽，等待與寧夏黨組織取得聯係後再作安排，海如小學校長是本地的青年知識分子李士林，他為人誠實，思想開明進步，對孟長有才學人品十分尊重，而孟長有的工作也就從校長做起，經常與他談心，向他介紹全國抗日運動的形勢，建議在學校改革舊的教育製度，建立新校規、新措施，以讀書救國和教書育人為辦學目的。李校長對長有的建議表示讚同，經全校老師的商議，由孟長有起草了一個《五不五提倡》的新校規，主要內容是：不成立黨團組織（國民黨、三青團），不要纏足女生入學，不用日貨，不體罰學生，不做亡國奴；提倡讀書救國，提倡教學相長，提倡循循善誘，提倡重視體力勞動，提倡文化、娛樂、體育活動相結合。孟長有還利用給高年級班講文史課的講台，向學生講日本軍國主義侵華的罪行，講嶽飛、文天祥等民族英雄的事跡，教育學生做一個愛國者，誓死不當亡國奴。講外時間，他又組織學生開展健康的文化活動，教唱進步歌曲，如《東北流亡曲》、《義勇軍進行曲》、《大刀進行曲》和嶽飛的《滿江紅》等。他還自編一首《將為國事亡歌》給全校師生們唱。他還帶領學生到十多個村莊進行文藝演出，向農民宣傳抗日救國的道理。
就在這時，由於叛徒的出賣，寧夏工委機關被破壞，工委書記崔景嶽被捕，孟長有等許多黨員的身份都暴露了。1940年4月18日，孟長有在海如小學遭逮捕，押送到省城軍警聯合督察處監獄內，無論敵人以軟化誘騙的手法，還是施用酷刑逼供，全不能征服這個鋼鐵漢子。敵人無計可施，隻好把已經折磨得遍體鱗傷的孟長有以“重犯”、“要犯”之名，砸上16斤重的腳鐐，打入省城第一監獄大牢。但又怕他鼓勵其他同監犯人，隻好把他與崔景嶽、白玉光（寧夏工委組織部長）、王搏（寧夏工委宣傳部長）等“政治要犯”同押於一間牢房，以防止“紅水水外流”。然而卻給黨組織繼續領導獄中鬥爭提供了機會。經崔景嶽提議，很快成立了以崔景嶽為書記的監獄黨支部。支部決定了三項工作任務：一是與敵人進行堅決鬥爭；二是保護好身體，多關心、幫助他人，團結更多黨內外難友共同鬥爭；三是設法與上級黨組織取得聯係，獲得黨的支持。長有按照支部決定，提議輪流到洞口進行日光浴，做自由操，增加活動量，提高體能。他還給崔景嶽補習英語、數學，使地獄般的牢房又充滿了同誌的情誼和活躍的生機。獄中黨支部領導的對敵鬥爭，首先從反饑餓鬥爭開始，堅決要求改善夥食，他還發揮自己的特長，教難友們唱革命歌曲，自製泥塊與人下方。入秋以後，獄中潮濕陰冷，他按照支部提議，要求人人獻出財物，買回羊毛，發動大家撚線、織毛衣褲和毛襪子，爭取平安過冬。對於被折磨和感染了“監獄熱”傳染病的難友，他說自己年青，抵抗力強主動去細心照料病人，並給他們打水擦身，端水喂飯，攙扶活動。崔景嶽、白玉光、王搏也先後病倒過，都在長有精心照料下闖過死亡關。孟長有還主動接近一名叫俞桂林的中衛籍看守，對他進地幫助教育，使這名獄卒覺悟提高很快，能大膽給這些政治犯通風報信，傳送物品。後來這名青年在長有的指點下投奔到邊區，成長為一名優秀的人民戰士。另一名犯逃兵罪被判刑15年的陝北籍青年杜天福，也在長有的幫助下，利用犯人到河東堿湖打堿的機會，也脫身投奔到邊區。孟長有在獄中還痛打過凶殘的獄卒劉三兒，為被欺淩的難友們出了一口氣。