鍾原最後對嚴嵩說的那些話不是一般皇上對臣下的諄諄教誨，而是因為他知道接下來將會發生什麼事情。當哭廟的監生和禦史們被強行趕離大明門後，事情已經傳到了大多數官員的耳朵裏。雖然現在沒有像楊慎那樣振臂一呼的領軍人物，但很有一些的官員準備借此機會充當那樣的角色。而甘為霖的直接免職也讓他們感覺到了危機的降臨。
內閣沒有駁回皇上對甘為霖的罷職詔命，反而在聖旨上附屬了同意的意見。雖然人事任命權向來都是皇上跟內閣在操縱，可是作為一位二品大員就這麼被皇上輕輕一句話罷免，雖說給了還算豐厚的賞賜，但在政治意義上來說皇上已經在人事任免權上麵一言九鼎了。這絕不是什麼好現象，大部分人心裏發虛，因為他們知道他們頭上的烏紗不再那麼穩固。隻要皇上不樂意，隨時都可能趕他們走。正當大家準備上奏折為甘為霖求情，同時也是為自己留條後路的時候，聖旨一道道的從宮裏發了出來。
首先是人事調動。任命嚴嵩為吏部尚書兼內閣首輔。接著起複前年免職的王廷相為禮部尚書並入內閣參政。再下來所有參與鬧事的官員統統免職，著即離開京城。所有國子監監生們被諭令關在國子監讀書一個月，並恩準他們參加六月舉行的經驗辯論。看起來皇上還是對這些學子寬容了很多，但禦史言官卻損失慘重。
其次是機構的調整。都察院作為監督機構被皇上肯定，但是皇上對都察院的職責做了更改。以往對皇上負責的都察院現在雖仍然雖皇上負責，但他們的奏折卻要送到大理寺。並且皇上再次重申不得風聞奏事，參劾官員時一定要拿出證據一並交給大理寺。再由大理寺對所參官員進行審查，若有不實，以所參之罪罪之。這一來就杜絕了禦史們亂參內閣大臣導致朝政混亂的一條路徑。禦史的作用徹徹底底的變成了監察風紀的官員，威力頓時大減。
接著，皇上又下詔命，讓六科給事中成為‘次閣’。給事中們的官職權力都不變，還增加了對朝政做出首輪建議的權力。就是說給事中們必須對各地報上來的事項拿出解決辦法來，再上報給內閣和皇上。這樣給事中從言官變成了做實事的官員。雖然他們封駁聖旨的權力還在，但現在聖旨的內容首先是他們做出的各種應對策略之一，就不可能自打嘴巴，自己封駁自己的意見。
大家對著這一大一小兩個內閣哭笑不得。雖然知道皇上在連削帶打，在逐步剝奪言官們令人望而生畏的權力，但反對的人卻不是很多。首先六科的官員就非常支持，因為他們可以實實在在的參與國家的治理，而不是簡單的督察內閣和皇上。
見到皇上拉攏了內閣和給事中，權力唯一受到損失的禦史很不忿，一心想著怎麼扳回局麵，回到以前那種禦史跺跺腳，朝廷抖三抖的日子裏。由於禦史們群情激奮，嚴世蕃壓製不住，就上了請辭的奏折。鍾原考慮到現在沒必要用他來壓製禦史，就準了他的奏折，讓他隻擔任六科都給事中，並由內閣重新選了南京禮部尚書湛若水來擔任新的左都禦史。
湛若水是理學大家，資曆雖然服眾，但他已經是近七旬的老人家了。指望他帶著眾禦史跟皇上對著幹，顯然有些不現實，禦史們又都紛紛泄氣。幸好由於皇上給甘為霖的詔書裏沒有些著即出京的話，被免職的前吏部尚書還未出京，因此很多人都來找他，希望甘為霖能拿個主意。
這一天，甘為霖的學生禦史王洐和禦史王嘉允登門拜訪甘為霖。一個老仆人把倆人引到了後院，見到甘為霖正在後院的荷花池邊觀魚。皇上既然不催促，甘為霖也樂得逍遙，繼續留在京城裏打發時間——說不上哪一天皇上又起複他也未可知。
“學生拜見老師，老師最近安否？”倆人規規矩矩的上前行了弟子禮。