主要人物介紹。（其他省略）
江戶川柯南：自稱7歲，真實身份是高中生偵探工藤新一，人稱“平成年代的福爾摩斯”、“日本警察的救世主”。他因為試圖跟蹤黑衣組織成員而被偷襲，並被灌下代號“APTX4869”的毒藥，雖然幸免於死，但身體就此縮小成一年級小學生的模樣。之後尋求阿笠博士的幫助，在被青梅竹馬的女友毛利蘭詢問自己名字時，化名為“江戶川柯南”。在阿笠博士的提議下，寄住於小蘭的父親毛利小五郎家中，不僅幫助毛利小五郎解決各種案件，並且還在秘密調查黑衣組織。
灰原哀：女科學家，本名宮野誌保。原為黑衣組織的成員雪莉（Sherry），是能使身體縮小的藥物——“APTX4869”的發明者。在姐姐宮野明美遭組織殺害後，因反抗組織而被囚禁，服下“APTX4869”，身體縮小後背叛組織逃亡，化名“灰原哀”，寄宿於阿笠博士家中，就讀於帝丹小學一年B班，與柯南成為同學。
少年偵探團：因受轉學生柯南的影響，以小島元太為首組織了該團。以“少年偵探團”為該團名號，成員為帝丹小學1年B班的小島元太、吉田步美、圓穀光彥、江戶川柯南4人，元太自稱為團長。後來轉學生灰原哀（真實身份為黑衣組織的科學家宮野誌保）也受邀加入其中。雖然名義上說他們可以解決各種疑難事件，但是實際上接受委托大多是尋找小貓小狗等無聊小事，不過有時此類小事也發展為尋人或殺人案。此外還經曆過幾次尋寶、探險事件。曾多次陷入過危險的處境，最後基本上都靠江戶川柯南的智慧安然脫險……
——正文——
上午九點，公園。
柯南獨自坐在一方長椅上。一捧陽光，一深草木，一方灩池。然而柯南此時正在思考人生。
“唉，我到底什麼時候才能變回去啊……”
不久，幾個熟悉的小身影映入眼簾。
“喂，柯南！”除了灰原哀，其他幾個小孩子異口同聲地喊道。
柯南這才回過神來：“你們也來啦。”
“我們到處找你呢！”光彥說道，“最近電腦上新出了一款遊戲，阿笠博士答應給我們玩，走吧！”
“又有什麼遊戲？”
“也就是Mi，我的世界。聽說它很好玩哦，因為自由度特別高。別問那麼多了，走吧！”
“對，柯南，快點，你不玩我們先走了！”
“別急，等等我！”
……
已經中午了。
阿笠博士坐在家中沙發上，然而柯南，光彥，元太，步美和灰原哀還沒有到他家，博士感到奇怪。
“奇怪，為什麼還沒有來？難道又有委托信？”阿笠博士拿起電話，往柯南電話打。
“您好，您撥打的電話暫時無法接通，請稍候再撥。”
“怎麼回事呢？”阿笠博士感到奇怪，於是發現桌子上灰原哀多玩偵探臂章。
“他們應該有帶這個吧。”
然而，臂章也無信號。