雍正皇帝完成了對旗主的壓服。他限定了八旗王公控製的旗丁的數量 ，把牛錄佐領的任免納入官僚體製 ，為八旗的運作製定了標準 ，並擴大了皇帝的監督體係。八旗王公原來擁有的裁決爭端和懲治旗人的權力被轉移到中央政府各部。皇帝也分散了對滿洲、蒙古和漢軍八旗的控製權。雍正皇帝剝奪了安親王嶽樂的爵位傳承權 ，把嶽樂的牛錄交給了自己的弟弟允祥 ，並警告八旗王公：“國無二主。”雍正以後 ，“統治者可以對旗務和國家事務有最終決定權了 ”。
秘密建儲
秘密建儲製度始於康熙朝。玄燁對自己做出的把皇後所生長子立為太子的決定感到後悔。1712年他廢除了允礽的太子之位。幾個熱衷於當太子的兒子周圍形成了小集團 ，最終玄燁的 20個兒子中又有 8個因覬覦太子之位而遭到懲罰。長子允禔已於 1708年因對太子允礽施巫術而被逮捕削爵。他死於圈禁中 ，與他的弟弟允祉一樣。在胤禛當皇帝時，允、允祹、允和允祺都被降級，但他們幸運地在乾隆朝恢複了爵位。
康熙皇帝與太子之間不愉快的經曆典型地體現了把漢族繼承製度———年幼時定太子———和非漢族任用皇族參與管理的征戰傳統結合在一起的危險。由於玄燁的所有兒子都居住在北京，他們熱心地關注著允礽與父親之間的矛盾關係，都想乘允礽失寵而使自己或某個兄弟得到父親的青睞。王公深深地卷入了宮廷政治中。 1712年以後，玄燁拒絕公開任命太子，其結果是他臨終指定胤禛繼位之事一直籠罩在流言飛語中。
為防止以後再出現相似的繼承危機，胤禛創建了秘密建儲製度。他把繼承人的名字寫在詔書上，封於匣中，放在懸掛於乾清宮的一塊大匾後麵，這個匣子隻有在他死後方能打開。在皇後所生諸子早夭以後，弘曆也拒絕宣布繼承人的名字。據我們所知，他直到17773年才決定選十五子顒琰為太子，當時他秘密地把寫有太子名字的詔書放到匾後，同時把一份副本放在身邊的小盒子裏。他的這項行動顯然告訴了軍機處，但沒有公開對外宣布。據皇帝回憶，此後他一直在觀察顒琰，並多次祈禱上天和列祖列宗證實他的選擇是明智的。弘曆是清朝唯一一個讓位的皇帝。1796年顒琰即位，是為嘉慶皇帝。
乾隆皇帝數次重申了這樣的觀點：選擇繼承人的主要標準應該是品德而非長幼順序。有些官員認為明定太子可以使宮廷政治保持穩定，對於此論，弘曆以自己的平穩繼承事實反駁之。有官員請求他遵守立長子的原則，他予以拒絕，並指出堯沒有選擇自己的兒子，而是選擇品德最高尚的舜為他的繼承人。屢以此事向乾隆皇帝請願的大臣最終激怒了他。1778年，他在關於此事的一份奏折上批示道 ：“蓋從來建請立儲者 ，動輒征引古說 ，自以為得忠臣事君之道 ，不知其心隱以為所言若得采納 ，即屬首功 ，可博他日之富貴。名議國是 ，而實為身謀。即或其年已老 ，亦為其子孫計 ，大端不出乎此。”
秘密建儲製度一直沿用到清末。當1820年顒琰病危時 ，他召集王公大臣到病榻前當著他的麵打開了裝遺詔的匣子。遺詔寫於 1799年弘曆逝世百日服喪結束之時 ，指定他的兒子旻寧為繼承人。旻寧直到 1846年才指定了繼承人 ，也是秘密的。他在圓明園彌留之際命人公開宣讀了他的遺詔。奕於 1861年駕崩於承德 ，他是英法聯軍侵入北京前逃至承德的。據曆史檔案記載 ，奕身體過於虛弱 ，無力書寫遺詔指定繼承人 ，遺詔是肅順和另外 7個大臣寫成的。其實沒有任何其他選擇 ，因為皇帝隻有一個兒子。
從奕開始 ，皇家進入人丁不旺的新階段。奕逝世時隻有 30歲。盡管他有 18個後妃 ，但隻生下了兩個孩子。他的繼承人載淳在年滿19歲之前數月死於天花 ，死時無子。攝政的慈禧太後和慈安太後召集禦前會議 ，應對這一前所未有的局麵。似乎是慈禧決定無視原有的原則 ，選擇醇親王奕 (奕的兄弟 )的長子為繼任皇帝。也正是慈禧太後於 1908年為死時無子的光緒皇帝載湉選定了繼承人。