成化十一年與劉珝同受命，兼翰林學士，入閣預機務。尋進禮部尚書。孝宗出合，加太子少保兼文淵閣大學士。十八年遭父喪，詔起複。吉三疏懇辭，而陰屬貴戚萬喜為之地，得不允。《文華大訓》成，加太子太保，進武英殿大學士。久之，進戶部尚書、謹身殿大學士，尋加少保兼太子太傅。
孝宗即位，庶吉士鄒智、禦史薑洪力詆萬安、尹直及吉皆小人，當斥。吉深銜之。安、直皆去，吉獨留，委寄愈專。慮言者攻不已，乃建議超遷科道官，處以不次之位。詔起廢滯，給事中賀欽、禦史強珍輩十人已次第擬擢，吉複上疏薦之。部曹預薦者惟林俊一人，冀以此籠絡言路，而言者猶未息。庶子張升，禦史曹璘、歐陽旦，南京給事中方向，禦史陳嵩等相繼劾吉。吉憤甚，中升逐之。數興大獄，智、向囚係遠貶，洪亦謫官。複與中官蔣琮比，逐南禦史薑綰等，台署為空。中外側目，言者亦少衰。
初，吉與萬安、劉珝在成化時，帝失德，無所規正，時有“紙糊三閣老，泥塑六尚書”之謠。至是見孝宗仁明，同列徐溥、劉健皆正人，而吉於閣臣居首，兩人有論建，吉亦暑名，複時時為正論，竊美名以自蓋。
弘治二年二月旱，帝令儒臣撰文禱雨。吉等言：“邇者奸徒襲李孜省、鄧常恩故術，見月宿在畢，天將陰雨，遂奏請祈禱，覬一驗以希進用。幸門一開，爭言祈禱，要寵召禍，實基於此。祝文不敢奉詔。”帝意悟，遂已之。五月以災異請帝修德防微，慎終如始。八月又以災異陳七事。代王獻海青，吉等言登極詔書已卻四方貢獻，乞勿受。明年三月偕同列上言：“陛下聖質清羸，與先帝不同。凡宴樂遊觀，一切嗜好之事，宜悉減省。左右近臣有請如先帝故事者，當以太祖、太宗典故斥退之。祖宗令節宴遊皆有時，陛下法祖宗可也。”土魯番使者貢獅子還，帝令內閣草敕，遣中官送之。吉等言不宜優寵太過，使番戎輕中國。事遂寢。既又言：“獅子諸獸，日飼二羊，歲當用七百二十，又守視校尉日五十人，皆繁費。宜絕諸獸食，聽自斃。”帝不能用。十二月，星變，又言：“邇者妖星出天津，曆杵臼，迫營室，其占為兵，為饑，為水旱。今兩畿、河南、山西、陝西旱蝗；四川、湖廣歲不登。倘明年複然，恐盜賊竊發，禍亂將作。願陛下節用度，罷宴遊，屏讒言，斥異教，留懷經史，講求治道。沙河修橋，江西造瓷器，南海子繕垣牆，俱非急務，宜悉停止。”帝嘉納之。帝惑近習言，頗崇祈禱事，發經牌令閣臣作讚，又令擬神將封號。吉等極言邪說當斥。
吉自帝初即位進少傅，兼太子太師，吏部尚書。及《憲宗實錄》成。又進少師、華蓋殿大學士。吉柄政久，權勢烜赫。帝初傾心聽信，後眷頗衰。而吉終無去誌。五年，帝欲封後弟伯爵，命吉撰誥券。吉言必盡封二太後家子弟方可。帝不悅，遣中官至其家，諷令致仕，始上章引退。良賜敕，馳驛如故事。
吉多智數，善附會，自緣飾，銳於營私，時為言路所攻。居內閣十八年，人目之為“劉綿花”,以其耐彈也。吉疑其言出下第舉子，因請舉人三試不第者，不得複會試。時適當會試期，舉子已群集都下，禮部為請。詔姑許入試，後如令。已而吉罷，令亦不行。吉歸，逾年卒。贈太師，諡文穆。