內閣和黨部同僚對李光耀的第一個行動表示同意，但不同意他深入廣場發表演說，因為內政部部長王邦文通報了反政府勢力陰謀暗殺李光耀的計劃。王邦文認為：“我看，總理不一定到廣場去，可以通過電視、電台發表演說，這樣更穩妥些。”
李光耀靜靜地聽著大家的意見，然後把一支左輪手槍放進口袋裏，他看了看手表，此時正是8月25日星期天晚上9時，他想，如果自己不出麵，這種場麵其他人是難以駕馭的，但個別亡命之徒正在打自己的主意，暗殺事件很可能發生。不過，李光耀深信，成千上萬的民眾是善良的，一旦弄清了事情的真相，是會通情達理的。即使萬一犧牲了，李光耀認為，自己的鮮血將比自己的演說更有說服力。於是，他習慣性地聳了聳肩，猛的一揮手說：“不必爭論了，現在民眾最需要的是走到他們中間去，和他們一起探討解決的辦法。總之，我們要相信民眾，就像民眾信任我們一樣！”
大家了解李光耀，他決定了的事誰也勸阻不了。杜進才忙把王邦文和警察署長拉到一邊，指示他們采取嚴密的措施，確保李光耀的安全。
反政府勢力無論如何也想不到的場麵出現了：李光耀充滿自信地走到群眾中間，對著麥克風大聲講了起來：
“你們大家都知道，我的同僚和我都非常強調迅速實現新加坡的工業化。我們的政策是從世界其他各地將專門技術和工業技術引進新加坡，以提高工業化的速度。能引進東南亞的最廉價的專門技術和管理技術都來自日本。然而，在求得公平合理的解決辦法前，同日本人不合作的決議被正式通知以後，將不再為新加坡新的工商企業向日本人發出更多的簽證。的確，吉隆坡商會現在顯示出來的團結以及北婆羅洲和沙撈越人民做出的響應，都意味著與日本不合作的運動將會遍及全馬來西亞。作為一個講究實際的民族來說，日本人是會變得明智起來的，會與新加坡、馬來亞、北婆羅洲和沙撈越，甚至中國香港等地人民的代表達成協議，我對此並非不抱希望。現在，可由他們來選擇，他們是否想要參加經營有利可圖的馬來西亞工商業。我說馬來西亞，是因為即使中央政府以後會負責外事和移民工作，正如從過去幾周事態的發展中可以看出，它完全不會有什麼區別，因為在這個問題上存在著一個泛馬來西亞團結的問題。換句話說，日本必須和我們在馬來西亞問題上達成協議，否則就會失去馬來西亞市場——一個在目前和未來都是世界上潛力最富的市場。”
李光耀一番話使得被反政府勢力掀起的民眾暴躁情緒漸漸平息下來。接著，李光耀又講道：“我再補充一句，心平氣和地商討和頭腦冷靜地考慮，並不意味著我的同僚和我對此問題漠不關心。的確，對我們許多人來說，這是一個高度激化了的問題。我的同僚吳慶瑞博士和我的內弟當時都是星洲義勇軍的成員，我的內弟被日軍槍殺了，但是吳博士幸免於死，繼續在馬來西亞的曆史舞台上發揮他的作用。日本總領事及其前任曾和我們討論過這些問題，我和日本首相及外相在東京也曾簡要地討論過。的確，他們都不知道，要不是有一個僥幸的機會得以逃生，我也會成為1942年2月那批被屠殺者之一。”
接著，李光耀簡要述說了他從一輛裝著被送去處決的青年的卡車上逃生的過程。李光耀的敘述終於徹底打動了民眾，廣場上有人在抽泣，有人在慢慢散去。
最後，李光耀大聲地說道：“我們有我們的意誌，我們有依靠自己在和平中生存的權利。讓我們在馬來西亞的內部團結起來，並防止悲劇重演。如果可能的話，就讓我們和平地解決第二次世界大戰遺留下來的問題吧。如果我們必須用其他方式解決的話，那麼，就用其他方式解決吧。”
李光耀的演講終於結束了，民眾也徹底地被說服了……
1963年9月16日，新加坡正式與馬來亞合並成為馬來西亞聯邦。合並後成立的馬來西亞聯邦擁有13萬平方公裏的土地，約1000萬人。新加坡在馬來西亞聯邦內有一定的獨立性，李光耀的身份仍然是新加坡總理。
9月16日恰巧也是李光耀的生日，拉赫曼親王得知這一消息時，高興地與李光耀緊緊擁抱，顯示了馬來西亞人民的團結和多元種族共存社會的勝利。
1983年9月，在慶祝60歲生日時，李光耀曾發表講話，提到了這一段往事。他說：“20年前，在我40歲生日那天，發生了一件重大的事。1963年9月16日，馬來西亞宣告成立，新加坡成為其中一部分。那天，我北上吉隆坡，參加在國家體育場舉行的馬來西亞正式宣告成立的典禮。在同一天傍晚，我趕回新加坡，繼續主持決定性的大選。我就是在這種情況下慶祝我的40歲生日的。”他還說：“馬來西亞原定於1963年8月31日宣告成立，由於印度尼西亞蘇加諾提出反對，聯合國觀察員被派到婆羅洲，負責確定北婆羅洲和沙撈越人民的意願，結果宣布成立馬來西亞的日期被拖延了……拉赫曼當時並不知道9月16日是我的生日，他並不是有意選定這個日期，以表示賞識我在協助促成馬來西亞聯邦方麵所做的努力。8是他的幸運號碼，由於聯合國的報告書預料不會在8號以前完成，他（拉赫曼）就把日期改為16日，即8的倍數。”
慶典上，拉赫曼對新加坡的局勢十分關切，他與李光耀詳細交換了意見。因為，在馬來西亞成立前十多天，李光耀解散了新加坡立法議會，搶先進行大選，在國際間引起了反響。拉赫曼親王似乎有點不理解，他認為李光耀想在馬來西亞成立前，趁中央政府還沒有接管新加坡警察，來不及把這支警察控製起來以致影響新加坡大選之時，搶先決定大選，仿佛是對他的不尊重。拉赫曼問道：“新加坡的大選，在合並後舉行不是更好嗎？”
李光耀解釋道：“反政府勢力指責我們把新加坡‘出賣給馬來西亞’，召開聲勢浩大的群眾大會攻擊我們，為了澄清是非，證明人民的意願，我們隻好同他們進行短兵相接的鬥爭。基於此，我們決定提前舉行大選，9月12日提名結束，但我們指出，選舉應在馬來西亞成立後進行，投票日定在9月21日。”
慶典結束後，李光耀於當天晚上趕回新加坡，繼續主持決定性的大選。對於社會主義陣線來說，大選是一場生死攸關的鬥爭，一旦他們在選舉中獲勝，就可完全以符合憲法的方式阻止合並，並從根本上推翻馬來西亞的任何協議。但是，9月21日的大選結果顯示，盡管人民行動黨的得票率從1959年的53.4%下降到47.4%，但仍贏得議會51個席位中的37席，社會主義陣線獲得13席，另一席為人民統一黨的王永元奪得。
12月21日，李光耀作為15名新加坡議員中的一員在馬來西亞議會上第一次以馬來西亞人的身份發言。他說：“今後的幾年，將考驗馬來西亞的生存能力。我們是否有足夠的、作為一個國家所具備的民族和社會的聚合力。如果不具備，那麼，正如過去我們在其他場合說過的那樣，曆史上就將用一節把我們一筆帶過，把我們說成不過是一個使用多種語言的種族社會罷了。由於英帝國主義的一次偶然事件，使它和馬來亞以及沙撈越和北婆羅洲聚在一起，它在曆史上短短的一瞬間看來似乎取得成功。”
接著，李光耀極其坦率地說：“在成立馬來西亞的過程中，我們起了一定的作用，我們希望，在馬來西亞取得成功的進程中，我們還要發揮作用。這裏，我想給‘成功’下一個定義，我認為，成功不是指各個政黨之間的爭權鬥爭，而是指我國必須追求的社會和經濟目標。如果我們要取得成功的話，按照成功這個詞的現代含義，就是要建立一個新興、發達的國家。”
1964年是新加坡參加馬來西亞生活的第二年。李光耀在1964年新年獻詞中充滿信心地說：“最後，讓我們決心使1964年成為團結年。隻有正視現實和從實際出發，我們才能在國際舞台上站穩腳跟，才能徹底揭露新殖民主義路線的虛偽性。如果我們馬來西亞內部各州能夠聯合起來，準備互相支持，我們就可以調整經濟，彌補損失。到了年底，我們如能在國內外都比年初強大的話，那麼，永遠解決問題的前景無疑將是光明的。但無論發生什麼情況，任何人都不能阻止我們奮發圖強。我們有能力和財力保證去取得勝利。努力吧，我們一定會成功！”
1964年1月20日，李光耀代表馬來西亞政府率領一個代表團到非洲17國訪問。代表團成員由成立馬來西亞而取得獨立的新加坡、沙巴和沙撈越3個前殖民地代表組成。出發前，李光耀向新聞媒體談了取得國際上諒解和同情的重要性。訪問中，李光耀向這些非洲國家說明，馬來西亞的組成不是新殖民主義的陰謀，而是民族主義的獨立、自由和主權的勝利。李光耀的非洲之行消除了這些國家對馬來西亞的誤解。李光耀一行於2月26日回國。
然而，就在李光耀竭力維護馬來西亞而從事外交努力時，馬來西亞上空的烏雲卻越來越濃密。3月間，人民行動黨作為一個非種族集團的馬來西亞人政黨象征性地參加了馬來西亞議會選舉。人民行動黨想與馬來民族統一機構合作，同反對馬來西亞的黨派作鬥爭。在選舉前，馬來極端主義分子就製造輿論說：“李光耀搞中國沙文主義”，“敵視馬來人”，揚言要“用拳頭教訓人民行動黨”。吉隆坡的一位領導人公然說，隻要有9名人民行動黨議員候選人獲勝，將會“引起馬來的社會革命”，聯邦政府的處境將相當尷尬。結果，人民行動黨提出的11名候選人，僅有1人當選，其餘全部落選。這使李光耀非常吃驚。
盡管如此，為維持剛剛成立的馬來西亞，李光耀還是給拉赫曼親王發了一份熱情洋溢的賀電，表示：“最熱烈祝賀您的輝煌勝利。世界上任何人現在都不會懷疑您能領導馬來西亞人民按照他們的願望建設一個有別於印度尼西亞的獨立的、民主的國家。”
5月21日，李光耀在新的馬來西亞議會第一次會議上再度表示：“我們是忠誠的反對派，忠於馬來西亞，忠於在馬來西亞通行的政府民主製度。因此，我們的批評將直接指出那種會導致失敗的政策的危險性，申斥導致整個製度崩潰的政治領導人和行政人員的過失。”
然而，馬來極端主義分子卻將人民行動黨的一再忍讓認為是屈服，企圖置人民行動黨於死地。馬來民族統一機構秘書長賈巴爾？阿爾巴爾在新加坡揚言說：“有足夠證據把李光耀送進監獄，因為他壓迫和鎮壓馬來人。”《馬來先鋒報》則不斷地鼓吹種族主義情緒。7月18日，李光耀在一次講話中對馬來沙文主義日益增長的危險提出警告。但馬來極端主義分子置之不理，終於使種族騷亂在1964年7月21日那一天爆發了。這一天是伊斯蘭教先知穆罕默德誕辰，當天晚上，李光耀在廣播和電視中呼籲停止這種“愚蠢的行為”，但這個講話幾乎沒起什麼作用，騷亂一直持續到月底，共有22人喪命，467人受傷。
新加坡發生種族騷亂時，拉赫曼親王正在美國訪問。8月12日，拉赫曼回到吉隆坡不久，就來到新加坡，李光耀陪同他視察了騷亂地區。當著拉赫曼的麵，李光耀對民眾說：“現在我們正站在十字路口，馬來西亞該向何處去？一年前，當我們在倫敦簽訂馬來西亞協定時，新加坡人是信任親王的領導的。我們信任他的才幹能使每個人都能得到公平對待。盡管在憲法裏、在法律文件裏，我們都得到保證，但最後還是要信任那些解釋和執行這些文件的人，這比書麵文字更為重要。”