三十六年正月，阮鶚改撫福建，即命宗憲兼浙江巡撫事。蔣洲在倭中，諭山口、豐後二島主源義長、源義鎮還被掠人口，具方物入貢。宗憲以聞。詔厚賚其使，遣還。至十月，複遣夷目善妙等隨汪直來市，至岑港泊焉。浙人聞直以倭船至，大驚。巡按禦史王本固亦言不便，朝臣謂宗憲且釀東南大禍。直遣滶詣宗憲曰：“我等奉詔來，將息兵安境。謂宜使者遠迎，宴犒交至。今盛陳軍容，禁舟楫往來，公紿我耶？”宗憲解諭至再，直不信。乃令其子以書招之，直曰：“兒何愚也。汝父在，厚汝。父來，闔門死矣。”因要一貴官為質。宗憲立遣夏正偕滶往。宗憲嚐預為赦直疏，引滶入臥內，陰窺之。滶語直，疑稍解，乃偕碧川、清溪入謁。宗憲慰藉之甚至，令至杭見本固。本固下直等於獄。宗憲疏請曲貸直死，俾戍海上，係番夷心。本固爭之強，而外議疑宗憲納賊賂。宗憲懼，易詞以聞。直論死，碧川、清溪戍邊。滶與謝和遂支解夏正，柵舟山，阻岑港而守。官軍四麵圍之，賊死鬥，多陷歿者。
至明年春，新倭複大至，嚴旨責宗憲。宗憲懼得罪，上疏陳戰功，謂賊可指日滅。所司論其欺誕。帝怒，盡奪諸將大猷等職，切讓宗憲，令克期平賊。時趙文華已得罪死，宗憲失內援，見寇患未已，思自媚於上，會得白鹿於舟山，獻之。帝大悅，行告廟禮，厚賚銀幣。未幾，複以白鹿獻。帝益大喜，告謝玄極寶殿及太廟，百官稱賀，加宗憲秩。既而岑港之賊徙巢柯梅，官軍屢攻不能克。禦史李瑚劾宗憲誘汪直啟釁。本固及給事中劉堯誨亦劾其老師縱寇，請追奪功賞。帝命廷議之，鹹言宗憲功多，宜勿罷。帝嘉其擒直功，令居職如故。
賊之徙柯梅也，造巨艦為遁計。及艦成，宗憲利其去，不擊。賊揚帆泊浯嶼，縱掠閩海州縣。閩人大噪，謂宗憲嫁禍。禦史瑚再劾宗憲三大罪。瑚與大猷皆閩人，宗憲疑大猷漏言，劾大猷不力擊，大猷遂被逮。
當是時，江北、福建、廣東皆中倭。宗憲雖盡督東南數十府，道遠，但遙領而已，不能遍經畫。然小勝，輒論功受賚無虛月。即敗衄，不與其罪。三十八年，賊大掠溫、台，別部複寇濱海諸縣。給事中羅嘉賓、禦史龐尚鵬奉詔勘之。言宗憲養寇，當置重典，帝不問。明年，論平汪直功，加太子太保。
宗憲多權術，喜功名，因文華結嚴嵩父子，歲遺金帛子女珍奇淫巧無數。文華死，宗憲結嵩益厚，威權震東南。性善賓客，招致東南士大夫預謀議，名用是起。至技術雜流，豢養皆有恩，能得其力。然創編提均徭之法，加賦額外，民為困敝，而所侵官帑、斂富人財物亦不貲。嘉賓、尚鵬還，上宗憲侵帑狀，計三萬三千，他冊籍沉滅。宗憲自辯，言：“臣為國除賊，用間用餌，非小惠不成大謀。”帝以為然，更慰諭之。尋上疏，請得節製巡撫及操江都禦史，如三邊故事。帝即晉兵部尚書，如其請。複獻白龜二、五色芝五。帝為謝玄告廟如前，賚宗憲加等。
明年，江西盜起，又兼製江西。未至，總兵官戚繼光已平賊。九月奏言：“賊屢犯寧、台、溫，我師前後俘斬一千四百有奇，賊悉蕩平。”帝悅，加少保。兩廣平巨盜張璉，亦論宗憲功。時嵩已敗，大學士徐階曰：“兩廣平賊，浙何與焉？”僅賜銀幣。未幾，南京給事中陸鳳儀劾其黨嚴嵩及奸欺貪淫十大罪，得旨逮問。及宗憲至，帝曰：“宗憲非嵩黨。朕拔用八九年，人無言者。自累獻祥瑞，為群邪所疾。且初議獲直予五等封，今若加罪，後誰為我任事者？其釋令閑住。”
久之，以萬壽節獻秘術十四。帝大悅，將複用矣。會禦史汪汝正籍羅龍文家，上宗憲手書，乃被劾時自擬旨授龍文以達世蕃者，遂逮下獄。宗憲自敘平賊功，言以獻瑞得罪言官，且訐汝正受贓事。帝終憐之，並下汝正獄。宗憲竟瘐死，汝正得釋。萬曆初，複官，諡襄懋。
阮鶚者，桐城人，官浙江提學副使。時倭薄杭州，鄉民避難入城者，有司拒不許入。鶚手劍開門納之，全活甚眾。以附文華、宗憲得超擢右僉都禦史，代宗憲巡撫浙江。又以文華言，特設福建巡撫，即以命鶚。初在浙不主撫，自桐鄉被圍，懼甚。寇犯福州，賂以羅綺、金花及庫銀數萬，又遺巨艦六艘，俾載以走。不能措一籌，而斂括民財動千萬計，帷帟盤盂率以錦綺金銀為之。禦史宋儀望等交章劾，逮下刑部。嚴嵩為屬法司，僅黜為民。所侵餉數，浮於宗憲，追還之官。
曹邦輔，字子忠，定陶人。嘉靖十一年進士。曆知元城、南和，以廉幹稱。擢禦史，巡視河東鹽政。巡按陝西，劾總督張珩等冒功，皆謫戍。出為湖廣副使，補河南。
柘城賊師尚詔反，陷歸德。檢校董綸率民兵巷戰，手刃數賊，與其妻賈氏俱死之。又陷柘城，劫舉人陳聞詩為帥。不聽，斬從者脅之。聞詩紿曰：“必欲我行，毋殺人，毋縱火。”賊許諾，擁上馬。不食三日，至鹿邑自縊。賊圍太康，都指揮尚允紹與戰鄢陵，敗績。允紹複擊賊於霍山，賊圍之，兵無敢進。邦輔斬最後者，士卒競進。賊大潰，擒斬六百餘人。尚詔走莘縣，被擒。賊起四十餘日，破府一，縣八，殺戳十餘萬。邦輔亟戰，殲之。詔賚銀幣，擢山西右參政，遷浙江按察使。
三十四年拜右僉都禦史，巡撫應天。倭聚柘林。其黨自紹興竄，轉掠杭、嚴、徽、寧、太平，遂犯南京，破溧水，抵宜興。為官軍所迫，奔滸墅。副總兵俞大猷、副使任環數邀擊之，而柘林餘賊已進據陶宅。邦輔督副使王崇古圍之，僉事董邦政、把總婁宇協剿。賊走太湖，追及之，盡殲其眾。副將何卿師潰，邦輔援之。以火器破賊舟，前後俘斬六百餘人。侍郎趙文華欲攘其功，邦輔捷書先奏，文華大恨。既而與浙江巡按禦史胡宗憲會邦輔攻陶宅賊，諸營皆潰。賊退，邦輔進攻之，複敗，坐奪俸。文華奏邦輔避難擊易，致師後期，總督楊宜亦奏邦輔故違節製。給事中夏栻、孫浚爭之，得無罪。文華還京，奏餘賊且盡，而巡按禦史周如鬥又奏失事狀，帝頗疑文華。文華因言：“賊易滅，督撫非人，致敗。臣昔論邦輔，栻殼、浚遂媒孽臣。東南塗炭何時解？”乃逮係邦輔，謫戍朔州。