1959年9月16日—10月30日，基地遵照總政指示，開展“反右傾機會主義”的鬥爭和“反對個人主義”的整風運動，批判彭德懷、黃克誠的“右傾錯誤”和基地的“右傾思想嚴重”的幹部。此次運動共有二千二百五十名幹部參加，一百零九人遭到點名批判。
1959年10月24日—26日，普列阿波梁斯基等五名蘇聯專家由基地一部部長呂琳陪同，到基地了解“地一地”導彈特建工程和儀器安裝情況，並提出意見。
1959年11月，從蘇聯進口的測試、發射、測量、通信等專用試驗設備，陸續運進基地，並通過驗收。各種計量、洗印、計算、判讀儀器設備等，也進入場地開始安裝調試。
1959年12月24日，中國首次“空一空”導彈實彈射擊任務，由基地和空軍共同完成。
1960年1月15日，基地軍事檢察院、軍事法院開庭公審基地技術員梁正智叛國投敵一案。判處梁正智死刑，緩期兩年執行。
1960年1月20日，聶榮臻批準為基地補聘八位蘇聯專家。
1960年1月31日，以副總參謀長兼國防科委副主任張愛萍為首的檢查組到基地檢查靶場工程的施工質量、進度和安裝情況，解決現場施工中遇到的重大問題，要求必須在2月25日完工。
1960年2月5日—8日，蘇聯駐華總顧問巴托夫到基地視察，檢查蘇聯專家工作，了解靶場工程建設情況，並向基地提出營房管理方麵的建議。
1960年5月18日，張愛萍到基地檢查“地一地”導彈試驗發射準備和靶場工程進展情況。
1960年5月20日，基地動員機關和部隊，每人每天節約一兩糧，支援當地生活嚴重困難的老百姓。基地將節約的六千公斤糧食、四千公斤食鹽，分批撥給鼎興公社雙誠子大隊，並派出醫療隊為老百姓治病，組織部隊幫助老百姓搶種棉花和大秋作物。
1960年5月26日，蘇聯駐華總顧問巴托夫等八人到基地，了解工程進展情況，並召開了蘇聯專家會議。
1960年8月2日，總參謀部、國防科委指示基地：蘇聯專家即將全部奉命回國，基地的一切工作，都要建立在自己的力量的基礎上，不要存在任何外來援助的幻想。
1960年8月18月，第三批駐基地的九十一名蘇聯專家，分別於8月4日和8月18日全部撤離基地，返回蘇聯。中蘇兩國在基地的合作上，從此分道揚鑣。
1960年8月26日，國防科委鑒於蘇聯一再拖延液氧的交貨時間，決定使用國產燃料發射蘇製P-2近程“地一地”彈道導彈，並同意基地用蘭州化工廠生產的液氧進行點火綜合訓練。
1960年9月10日，基地用國產燃料成功地發射了第一枚蘇製P-2近程“地一地”彈道導彈。導彈於9月10日7時42分從3號發射場發射升空，彈頭準確命中西安預定目標區。此次發射成功，標誌著中國具備了發射“地一地”導彈的條件和能力。
1960年9月10日，中央軍委在北京召開擴大會議，提出“發憤圖強，突破尖端，兩彈為主，導彈第一，積極發展噴氣技術及無線電技術，建立現代化的獨立完整的國防工業體係”的方針。
1960年10月23日，中央軍委批準組成中國的第一枚國產“地一地”導彈——1059導彈（即“東風1號”導彈）試驗委員會，負責領導試驗工作。
張愛萍任主任，孫繼先、錢學森、王諍、方強、安東等任委員。
1960年10月30日——11月1日，中共中央副主席、國務院副總理兼國防部長林彪一行到基地視察，參觀了基地的技術廠房和“地—地”、“地—空”導彈試驗場地，接見了少校以上軍官，聽取了基地領導的彙報。
1960年11月4日，聶榮臻到基地，主持1059導彈的第一次發射試驗。
11月5日，基地在3號發射場成功地發射了中國的第一枚國產“地一地”導彈——1059導彈。導彈射程五百五十四公裏，彈頭準確命中目標區。
1960年12月6日，基地在3號發射場成功地發射了第二枚國產1059導彈。
1960年12月15日，張愛萍到基地，主持第三枚國產1059導彈的發射試驗。12月16日，基地在3號發射場成功地發射了第三枚國產1059導彈。