在小智和雪成奮力拯救時拉比的時候，水君出現了。比夏斯想把水君也捉住，但是因為有小剛的大岩蛇幫忙，水君逃過了一劫。小智和雪成借助水君很快爬上了時拉比製造出來的巨大怪物，然後開始嚐試開導時拉比，在兩人的努力下，時拉比終於脫離了比夏斯的操縱。
因為時拉比的逃脫，比夏斯手中的黑暗球爆炸了，巨大怪物也隨著消散，可是時拉比也因為黑暗球的暴走變得極度的虛弱。因為生命之湖被汙染了，所以即使再次將時拉比放入湖水中，也依舊沒有好起來。小智一行人想起水君可以淨化湖水，在水君的幫助下，生命之湖的湖水恢複了正常，隻是時拉比受到了太多的傷害，即使是生命之湖也不能治愈時拉比，森林內的野生寶可夢都在為時拉比而哭泣。
這個時候，“森林的聲音”再次顯現，許多的時拉比出現在了生命之湖的上空，它們恢複了這隻時拉比的生命。當時拉比群離開後，比夏斯再次出現了，他趁機抓住時拉比後想要飛走，小智馬上抓住他的腿。比夏斯怎麼甩都甩不掉小智，皮卡丘使用十萬伏特攻擊阻止了比夏斯的逃跑。
時拉比把空中落下小智和皮卡丘救了起來，而掉下來的比夏斯還想繼續抵抗，但是他的黑暗球寶可夢已經逃跑了，在森林裏的寶可夢和永久幾人的包圍中，比夏斯終於被抓住了。
危險結束後，雪成和小智不舍地告別，與時拉比共同回到了40年前，而小智和他的朋友們也離開了生命之湖所在的森林，繼續踏上旅程。
在回想完這部電影的全部劇情之後，翔太原本還想回憶一下《幻之寶可夢 洛奇亞爆誕》還有《結晶塔的帝王 炎帝》還《水都的守護神 拉帝亞斯與拉帝歐斯》這三部電影中的劇情，但是，沒那個必要了。
悟以往之不諫，知來者之可追，現在考慮的，應當是現在以及未來的事。
關於比夏斯這個火箭隊的人員，他是個徹頭徹尾的壞蛋，集結所有反派的特質，邪惡、虛假、完全以自我為中心。即使會傷害他人和寶可夢，他還是會奪取他想要的所有事物。
比夏斯為火箭隊最高幹部，在隊裏享有很聲望，連位在基層的火箭隊三人組都認了出來，並且馬上為他鞠躬。比夏斯也是個野心很大的男人，表麵上是為阪木獻上時拉比，但背地是想利用時拉比的力量進而統治火箭隊和征服世界。為了實現理想，比夏斯願意犧牲隊友和自己的寶可夢。
關於他這一次計劃失敗的最後結局，故事中並沒有明說，但是擅離職守的瑪夏多為他橫插了一腳。
看著手上這張又老又醜的人皮臉，翔太無奈的還是將它和黑暗球一起用空間背包收了起來，畢竟，總有一天能用得上。
在收好這個人皮臉以及黑暗球之後，翔太前往了熔岩隊的資料室當中。
在出示了自己的證件之後，翔太順利的進入了熔岩隊的資料室當中。
在輸入一個人的名字之後，翔太在這裏找到了他的相關信息。
在收集好這些資料之後，翔太將這些文件複印了一份交給了火村。