看著瞬間出現在自己身邊的翔太，花子嚇的有些不知所措，不過她還是一臉關心的說道：
“事情辦完了嗎？有沒有受傷？”
看著花子對自己的身體左瞧瞧右看看，翔太摸了一下她的頭，搖了搖頭，表示自己沒事。
……
隨著輪船越來越遠，翔太向輪船上的花子擺了擺手，正當他轉身的時候，隱隱約約聽到花子的喊聲：
“早點回來，我會努力學習的，爭取把你引上正路。”
停頓了片刻，翔太走到人們看不見的地方，消失在了原地。
……
以金黃市為目標的小智一行人乘船抵達港口的一個小鎮——少女峽，這裏正在舉辦夏日的廟會。小智三人決定在廟會好好放鬆，而火箭隊也在廟會撿路人遺失的錢。
這時海邊突然出現一位謎之美女的身影，小剛和小次郎對她立刻一見鍾情。但不知為何，這個美女很快就又消失了。眾人在廟會上遇見一個自稱是占卜師的老婆婆，老婆婆警告小剛和小次郎近期不能接近美貌女子，否則會招致災難降臨，一度引發小霞和武藏的強烈不滿。
廟會上，鎮長向眾人展示了一幅隻在夏日廟會展出的畫作，小剛和小次郎見到後十分吃驚，因為這幅畫上的少女與他們在碼頭所見到的一模一樣，鎮長稱此畫畫的是兩千多年前的一位等待征夫歸來的少女，而由於她一直沒有等到心上人的歸來，最後變成了一尊石像，而此石像至今仍佇立在海邊。小剛被這個傳說吸引，於是獨自一人跑去了海邊，直到夜深仍未歸來。小智想要去找小剛，卻因寶可夢中心的門禁而被喬伊阻攔。而火箭隊的小次郎也被疑似謎之少女的幽靈勾引走。
次日，小智和小霞四處尋找失蹤的小剛；另一邊武藏和喵喵也在尋找去向不明的小次郎。雙方相遇後，小剛和小次郎突然一起從房門中摔出，並且意識不清。
皮卡丘用電擊使兩人恢複了正常，這時占卜的老婆婆再度出現，稱小剛和小次郎都已被少女幽靈附體，而自己有一種符咒可以與之對抗。無奈之下，小智等人花錢買下大量符咒貼滿了整座房子，但到了晚上，少女幽靈還是出現了，並強行帶走了小剛和小次郎。
追逐中，武藏用火箭彈攻擊了少女幽靈卻完全不起作用。而小智則用寶可夢圖鑒調查出這個幽靈和之前的占卜師都是鬼斯所假扮的。之後小智用皮卡丘、小火龍、傑尼龜和妙蛙種子，火箭隊派出喵喵、阿柏蛇和瓦斯彈與鬼斯對抗，但在鬼斯的變身術之下均敗下陣來。逼得小霞甚至想用大蒜和十字架來對付鬼斯。混亂之中，天漸漸亮了，鬼斯聲稱由於幽靈寶可夢無法在白天活動，於是隻能被迫消失。小智一行人和火箭隊把這些事拋之腦後，愉快地參加了廟會的慶典活動。
想著原劇情，翔太坐在少女峽的邊上，靜靜的等待著天黑。
夜晚，海洋的氣息通過風傳遞到翔太的鼻腔當中，讓倒在草地上的他清醒了起來。