如此這般，石秀在執掌儀鸞鎮撫司權柄近十五六年的時間裏，緝捕審訊、定罪誅殺，包括受牽連身死者便達三四千多人。這個數字固然遠遠不及明朝以猛治國的朱元璋、朱棣爺倆當政時所殺的官吏，但石秀隻是以蕭唐親信寵臣的身份大肆緝捕肅清，從重從快的手段忒過激進，其中也就難免會有些冤案在官僚集團看來石秀又何嚐不是權焰熏、膽大妄為？
既已惹煩眾怒，且石秀雖然多少年來一直對蕭唐忠心耿耿的執行著自己的使命，可也並非是清白到沒有任何把柄被人拿住。朝中甚至也有禦使與眾臣子聯名彈劾石秀權柄過重、結納黨羽、亦曾冤殺錯害官僚性命，懇請將石秀罷黜定罪，以平眾怒。
明知石秀有蕭唐撐腰，且上疏所彈劾舉列的罪狀對於皇帝寵臣而言也是無足輕重。但仍有不少朝臣一並上書擺出副死諫的架勢，這也能看出代表著儀鸞鎮撫司製衡官員派係的石秀，與眾多文官之間的矛盾已處於無法調和的地步。
蕭唐當然不可能因朝中官員的彈劾便廢黜自己的心腹兄弟，可是賦予石秀儀鸞鎮撫司的權職，本來就是在打下下初期做出的特殊抉擇。隨著時局的日漸穩定，而儀鸞鎮撫司權力之大又獨立於國家司法體係外，如今不但以激起被製衡的文官集團激憤之情，長久下去不加節製，也必然會導致弊端叢生，如今看來，也是時候抑製下儀鸞鎮撫司的權勢了
大內皇城禦書房內，石秀再度蒙蕭唐宣見，彼此推心置腹的長談一番過後，石秀思付片刻，也仍是開誠布公的道：“陛下微臣當年便曾過，要做大事的人，哪怕有些不願做、不想做的事，也勢必要做。既恁的，微臣便做陛下手中的刀，不便做的事，就由微臣來做。而如今陛下帶領我等眾兄弟已經成就大業，畢竟打下易、守下難，身為一國帝君更須殺伐果斷而如今陛下若是覺得已是時候收刀入鞘，微臣自當奉命，也絕不會有半句怨言。”
蕭唐感然望向石秀，驀的長歎一聲：“三郎你願意做我手中殺人的刀，而這把刀若是動用得多了，也難免遭到朝中臣子的忌恨，可他們終究是不敢追究這把刀到底是為誰所用的。都子一怒，伏屍百萬、流血漂櫓，帝王心術為謀全局、謀萬世所下的一些行徑，也不免為世人非議詬病我等就算如今君臣身份有別，可兄弟情分仍是肝膽相照，這些年來實則是兄弟你替我擔下了許多罵名，我又如何不知？雖然這把刀是時候收入鞘中了可我身邊也仍少不得你這好兄弟。”
眉宇間向來帶著股果敢狠戾氣的石秀微微一怔，驀的隻覺一股暖流在心中湧動，過了半響，他麵露實誠欣慰的笑意，隨即感然道：“當初有幸能與哥哥聚義，我便已情願以性命相托，水裏火裏，縱死無憾時至今日，而哥哥既然仍用得著弟，我仍在身邊伏侍，無論君臣與兄弟情義，始終不渝”
兩日後，石秀主動上書請求免除其儀鸞鎮撫司主管職事，蕭唐當庭準奏，並將石秀調任至宮廷內務府統虞司赴職。隻是石秀雖然主動選擇辭去儀鸞司要職，也仍有朝臣不肯罷休，仍進言徹查石秀過失定罪。而蕭唐卻隻一句話便將執意要治石秀罪責的官員給頂了回去，且非是按皇帝授意朝中臣子的口吻，倒更似是當年在水泊梁山時為兄弟撐腰的聚義哥哥的口氣：“誰敢動三郎，便是與朕過不去！”
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