輪船到了小笠原後，保安廳的警察們正式逮捕了鯨井定雄，20年前的搶劫案終於落下了帷幕。當然，海老名稔同樣被警方請去喝茶，原因自然他是帶上船的定時炸彈。其他人卻都可以放心進行旅行了，在小笠原觀看熱鬧的海豚表演。當年的凶手不是死了，就是落網，女兒大仇得報，鮫崎島治放下了多年的心事，與毛利小五郎開懷暢飲。對磯貝渚而言，雖然父親已死，但仇人也都伏法，也算了了多年的夙願。小蘭和直子在柯南、千鈞、平次的陪同下，在小笠原玩得非常愉快，所有的花費都來自鯨井給平次的10萬委托費。
尾聲，因涉及20年前舊案，新佛尼號案件被移交給東京警視廳處理。鯨井定雄20年前的搶劫案、殺死葉才三的事件，因過了法律追訴期都不再追究。但他為了獨吞贓款連續殺死龜田照吉、蟹江是久，又將服部平次擊落大海，因此法庭加重判處了30年徒刑。海老名稔為愛人美海報仇，攜帶炸彈上船，差點給所有在船人員造成危害，但所幸最後無事，在鮫崎島治的說情下，警方拘役海老名3個月，以示懲罰。毛利小五郎因破獲新佛尼號連續殺人案件，東京警視廳給以A級獎勵。鮫崎、千鈞、平次因協助破案有功，也被給以了c級獎勵。
當然，柯南同學是一毛錢也撈不著的。回到東京後，在阿笠宅，柯南自然是牢騷滿腹，灰原照舊嘲諷一番。猛然見，千鈞想起一個問題，“毛利大叔今年是37歲吧？我記得他說過20歲上大學時，他們夫婦就有了小蘭……”柯南道，“是啊，有什麼問題嗎？”千鈞道，“問題大發了，我的大偵探！我問你，葉才三他們4人搶劫銀行的案件發生哪一年？”阿笠博士奇怪，“20年前啊！”千鈞道，“那20年前的話，毛利大叔豈不是才17歲？應該還在上高中吧！怎麼可能是鮫崎組長的助手呢？”
柯南有些發蒙，一時間不知道該怎麼答話。灰原也皺起眉頭，“是啊，的確很奇怪。會不會毛利跟你們一樣，在高中生時代就協助警方辦案了？”柯南搖頭，“應該不是，鮫崎組長親口說過，他們是一起追查那起案件的負責人。如果大叔隻是作為高中生簡單地協助，他就不會這樣說了。”阿笠博士道，“而且警方應該也不會找一個寂寂無名的高中生來協助調查如此驚天大案。除非毛利當年也有新一這樣的名聲，或者像服部平次一樣，有身在高位的父親。”灰原分析，“如果他真的很厲害，那件4億元銀行搶劫案，也不會等了20年才告破。那麼，剩下的就隻能是……”
為了問清原委，柯南以工藤新一的名義，打電話給目暮警官詢問此事。目暮警官回答，“那的確是20年前的案子，這一點不會錯的。但那時候，毛利因為一個特殊的原因，介入了此案，作為鮫崎的助手一起追查案件。”其他再詳細的情況，因涉及到保密的問題，目暮就不肯透露了。千鈞感歎，“果然，毛利大叔，也是個深藏不露的人物啊！”柯南不相信，“除了喝酒以外，我實在看不出大叔有哪點深藏不露的！而且，我和小蘭從小一起長大，也從未聽說過大叔有什麼顯赫的身世……”灰原支持千鈞，“毛利小五郎背後必定有我們不知道的秘密！”