學園都市是麵積占據東京都西部三分之一的都市，居住著230萬人，其中八成（180萬）以上是科學勢力的代表：學生。擁有世界上最尖端的科技，一般認為領先外界約30年。學園都市的由統括理事長亞雷斯塔?克勞利花費50年的時間創建，由「統括理事會」全權管理。由於技術、研究多數都是高度機密事項，學園都市內的警戒體製非常嚴格，對人員進出有嚴格的限製。
學園都市的學生，大部分居住在學校的宿舍中，並在各個學校中接受能力開發。學園都市的學生大都借由藥物、催眠術與通電刺激等方式取得超能力。有各種類型不同能力，以範圍和威力分為無能力者（Level0）、低能力者（Level1）、異能力者（Level2）、強能力者（Level3）、大能力者（Level4）、超能力者（Level5）、絕對能力者（Level6），實際絕對能力者隻是理論上存在進化為Level6的可能。並每隔一定時間會進行身體檢查，重新測定一次，但學生中的六成是無能力者，
而學園都市中超能力者也隻有七人。
學園都市第七學區某地下研究所
在一個陰暗的房間裏，豎立著很多的類似於培養艙的罐子，每個罐子裏都漂浮著一名少女，少女們都用有著茶褐色的頭發和白皙的皮膚，她們有著一個共同的名字—sister，是排名第三位的level5禦版美琴的克隆人，和素體有著一樣的外表。她們的出生是為了幫主學園都市的level5能力者一方通行晉升為level6，而方法就是讓一方通行在不同的地點用不同的方式殺死她們20000次。
此時一個穿著白袍有著紫色頭發的少女站在培養罐前，她的名字叫布束，是負責這個計劃的研究員之一，看著麵前的少女，眼神憂鬱。
突然，培養槽中的少女睜開了眼睛，開始掙紮起來。“9524醒了，放她出來，準備進行人格模擬”，布束冷淡的說。少女再一次暈了過去，隨後被撈出培養槽，放在了一個類似於ct機的機器上。“人格模擬準備完畢，是否現在開始？”一名研究員對布束說道。布束點了點頭“希望這次你能擁有真正的心”布束用隻有她自己能聽到的聲音小聲說道。
已經有9523個妹妹死在了一方通行的手裏，自願的被一方通行殺死，就像是小白鼠一樣。在最初的人格培養係統中，被殺死就是她們的任務。然而布束漸漸地竟然對這些“人偶”產生了同情，所以她在妹妹們的人格培養係統中加入了她從正常人身上記錄的感情碎片，希望她們能夠找到自我，避免被殘殺的命運，而第一個實驗者就是麵前剛剛醒來的這個妹妹—9524號。
人格模擬開始後不久一個男研究院向著布束走了過來，“人格培養剩餘時間一個小時”，他說道“你先出去吧，後麵的工作不需要你了”聲音裏沒有感情，對於他們來說實驗就是一切，而一切有可能會幹擾實驗的不必要因素都應被排除。“makesure我還是在這裏呆著吧，不會打擾你們工作的”布束回答道。
“好吧，但願如此”。
男研究院不再和布束說話，他坐在了一個電腦前開始快速敲擊鍵盤，而布束則是繼續看著躺在培養機器上麵的妹妹，“但願你能夠改變這一切……”。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－我是9524醒來的分割線~－
一小時後，人格培養機上的少女醒了過來，她用沒有一絲神情的茶色眸子看著布束。“9524，感覺身體情況怎麼樣？”布束說道同時別開了頭不與這個妹妹對視。
“禦板感覺身體沒有異樣do禦板說道”。
這時另一名女研究員走進了培養室並把一件藍色的實驗服扔給了少女，“穿上它，然後和我們走”。
少女來到了一個裝修的很典雅的房間，實驗人員在這裏給少女洗完澡後穿上了常盤台的校服並且把少女原本及地的長發剪成了齊肩的短發，此時少女和她的素體禦阪美琴已經一模一樣了，茶色的頭發和眸子，白皙的皮膚以及不用化妝也顯得很漂亮的臉頰。