神奧創世神話最初始所存在的
隻有混沌與波動而已
一切混雜在一起
由中心誕生出了最初之物
最初之物創造了兩分身
時間開始轉動運行
空間開始擴張延伸
其後又由自己身上
誕生出三條生命
兩個分身一祈禱
誕生了稱為物之物
三條生命一祈禱
誕生了稱為心之物
因為世界被創造出來了
所以最初之物便就此沉眠
數年後...
持續旅行的小智一行人，來到了被豐富自然的河川環繞的城鎮米季納。這個城鎮裏擁有數千年前的遺跡，小智等人在巨大的岩山上朝遺跡前進。在巨大的岩山上朝遺跡前進。突然，遺跡附近的湖刮起了水龍卷並向小智等人逼近，就在快被龍卷風卷入時，隨著「迪亞路卡，拜托了！」的聲音出現了一名女性。下一刻，撕開空間的帝牙盧卡出現了。這位名叫「希娜」的女性，是遺跡的守護者，擁有與神奇寶貝心靈相通的能力。在希娜的邀請下，讓小智他們使用時空儀來說明有關迪亞路卡、帕魯奇亞、騎拉帝納的空間，並說起了在米季納關於被稱為誕生一切的幻之神奇寶貝「阿爾宙斯」的古老傳說…
但是...就在他們向小智一行人講述那古老的故事的時候，一旁的時空儀發生了劇烈的震動！
“希娜...時空儀發生的異樣難道預示著...”遺跡的守護者克檳看著不斷變形的時空儀
“沒有錯！它來了！阿爾宙斯！它來製裁人類了！”希娜跑到一邊捧起了祖上留下的一塊寶玉“生命寶玉、生命寶玉必須還給阿爾宙斯才能平息它的怒火！”
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多麼強大的力量啊..
沉睡了數年的蓋歐卡被突然傳來的一股巨大的能量驚醒，不僅僅是他，幾乎所有的神獸都察覺到了這股強大的能量！
阿爾宙斯！最強大的神奇寶貝，沒有之一！據說就是它用一千隻手創造了世界，無論是帕魯奇亞、迪亞路卡還是騎拉帝納都是它的分身或是後代....
現在..這位至高的‘神’為何降臨於此？
事實上阿爾宙斯和人類的仇恨隻有少數‘神’才知道，這不奇怪，絕大部分像他們這樣的存在大部分時間都是在休眠中度過的，隻有極少數如夢幻和雪拉比這樣好動的才會滿世界到處亂跑...
如果不是來至那段異界的訊息，蓋歐卡也會為阿爾宙斯的突然降臨而感到迷惑..
不過..異界居然連阿爾宙斯的命運都能預測..還真是想去看看那是什麼樣的地方啊！
但是，現在不就有一個絕佳的機會嗎？
幫助至高的‘神’複仇的話，打開一個時空門這樣的小小要求，想必阿爾宙斯是不會拒絕的！
那麼...現在就去迎接這位至高的存在好了！
浩瀚的宇宙中...一股巨大的能量團包裹著一個白色的如同羊駝的存在..它就是阿爾宙斯！強大的能量不斷的擴散、收攏，整個神奇寶貝世界因此而發生了時空的混亂！
更是直接導致了時間之神和空間之神的戰爭，甚至最後還將‘冥王’騎拉帝納也牽扯了進來！