三、空軍組織的再發展
(一)空軍總司令部組織調整
空軍總部為簡化層級加速公文處理速度，提升行政效率，除第四署外，其餘各署，由署、處、科三級製，改為署、組之二級製。為精簡人事，各單位原有之額外人員，一律裁撤。成立主計室，采用美國空軍主計製度。
調整業管方麵:學校教育---由第三署改由第一署掌管;體育業務---由第三署改為政治部辦理;工程處改為設施處，劃歸第四署。撤銷氣象處，由氣象聯隊兼辦該業務。航空工業研究所---由第五署改歸第四署接辦。
四十四年四月一日，空軍總部依照明確之精神再進行改革。第一至第五署分別改稱人事、情報、作戰、後勤、組織署。總司令辦公室改為秘書處，並轄綜合業務、機要、文書、檔案等科及印刷所。情報署增設技術情報調查組。主計室提升為主計署。
四十六年七月一日，情報署成立技術研究組，四十七年六月一日，後勤署成立美援計劃組，四十九年七月一日情報署成立氣象偵察研究組。同年十月十六日，組織署改為計劃署，秘書處複改為總司令辦公室。
五十年三月一日，谘議室改為作戰計劃委員會。五十一年七月一日，政治部改名政治作戰部，五十二年一月十六日，情報署成立特種情報組。
(二)空軍作戰司令部的成立
三十九年四月十五日，防空司令部在台北成立，隸屬國防部，其編製有軍防、民防、情報等處及辦公室、總務科等單位，下轄:防空情報所、偵測大隊、有線電中隊，及高雄、台中、花蓮、澎湖、金門等5個防空指揮部。四十年九月，金門防空指揮部裁兵，其防空業務並入金門防衛司令部辦理。四十一年元月一日，防空司令部改隸空軍總司令部，改稱空軍防空司令部。同年三月一日，原偵測大隊改為空軍第1防空管製大隊。空軍總部直轄之空軍第1防空雷達隊，三十九年六月改編為空軍第1防空雷達中隊，同年十二月一日擴編為空軍防空雷達大隊。四十一年三月一日，編為第2防空管製大隊，改隸於空軍防空司令部。
四十二年四月十六日，防空司令部改組成立空軍作戰司令部。改組前之防空司令部，係辦理全國防空事宜。改組後之空軍作戰司令部則負責統一指揮戰術空軍及密切支持陸、海軍之作戰業務。包括戡亂作戰、情報、防空、電子通信、聯合作戰中心業務之實施。其內部組織設人事、作戰、後勤等處及政治部、督察、統計、聯絡、副官、醫務、預財組、總務科等單位，轄屬空軍第1、第2戰術管製大隊，防空情報總台，有線電信隊，及高雄、台中、花蓮、澎湖等防空指揮部。同年六月一日，複成立空軍前進戰術管製大隊。九月，將上述轄屬單位合並，改編為空軍戰術管製聯隊，仍隸屬空軍作戰司令部。
四十三年元旦，成立戰術空軍協同作戰訓練班。四十四年四月一日，裁撤高雄、台中、花蓮、澎湖等四個防空指揮部，並將民防業務移交台灣省民防司令部。五十七年裁撤軍法室及戰術空軍協同作戰訓練班，其班務並入空軍指參大學。同年二月一日，調整編製，合並成立行政處、主計室，另附加空軍前進指揮部。
(三)成立空軍作戰聯隊
四十一年三月十四日，參謀總長周至柔辭兼空軍總司令，並以副總司令王叔銘升任總司令，四月一日，以徐康良為副總司令，徐煥升為參謀長，原任參謀長劉國運調任國防部參謀處長。
王總司令就任後對空軍成立作戰聯隊不遺餘力，四十一年十一月二十五日，空軍總部頒布實施空軍作戰聯隊業務職掌。聯隊之組織有如一個戰鬥體;合作戰大隊、基地勤務大隊、修護補給大隊及醫務隊。聯隊長之職掌為監督並執行聯隊之訓練及作戰任務;指揮所屬各部隊空中與地麵之作戰，聯隊士氣培養及戰力之保持，基地安全之策劃及監督，後勤業務之優先次序之規定及督導。
四十一年十二月一日起，將空軍桃園、新竹、台中、嘉義、屏東等基地坐鎮指揮所，分別改編成立5個作戰聯隊，以聯隊統合各基地之作戰體係，成為一健全之戰鬥體。因籌備需時，迄四十二年一月始相繼正式成立，四十三年又增設第六聯隊。