二、海軍改製與政令統一
抗戰勝利後，國民政府鑒於國家未來發展，亟宜依現代化國防體係之軍事製度，重建現代之新海軍，對海軍的體製進行變革。先是於民國三十四年九月在軍政部內設立海軍處，由軍政部長陳誠兼任處長、周憲章為副處長，下設辦公室及人事、訓練、軍務、供應4組，掌理海軍的行政、教育、訓練、建造等事項。十二月，海軍總司令部裁撤，其一切業務及所屬艦艇機關學校廠塢等，由軍政部海軍處接收。海軍處編製隨之擴大，設辦公室及軍務、訓練、修造、技術4司，總務、經理、海事、編纂、軍醫五處暨人事組。三十五年改組為海軍署，由陳誠兼任署長、周憲章任副署長，下設軍務、訓練、技術、修造4司，總務、人事、海事、編纂4處，及機要室。並在上海成立艦隊指揮部，由陳誠任指揮官，魏濟民為參謀長，負責艦艇調遣。
民國三十五年六月，國民政府軍事體製改組，撤銷軍事委員會，成立國防部，掌管軍政、軍令事項，以白崇禧為部長、陳誠為參謀總長，下設陸軍、海軍、空軍及聯合勤務4個總司令部。海軍總司令初由陳誠兼任，九月，派桂永清為副總司令，代理總司令，三十七年八月升任總司令。
海軍總司令部內設辦公廳、第一、二、三、四、五署與總務、醫務、軍法、編纂、新聞5處。第一署掌理人事業務、第二署掌理情報海政、第三署掌理作戰業務、第四署掌理艦政、第五署掌理財政經理。三十六年六月，總部改編，辦公廳改為總司令辦公室，由五署增為六署，並增設監察、副官兩處。第一署轄四個科，分掌官佐士兵之任免、調遣、晉升、綜核登記等業務;第二署轄3個處，分掌情報、海事與港務;第三署轄3個處，分掌通信、計劃與作戰;第四署轄4個處，分掌財政、特種補給、一般供應及預算;第五署轄3個處，分掌編組及教育訓練;第六署初轄4處一組，旋將該署之電工處劃出二個科與第三署劃出之一科，並編為通信處，隸屬於第三署，而為三處一組，分掌艦艇修繕、械彈籌補及廠塢整建與國防科學之研究。三十七年四月，重行調整編組，各署業務略作調整，成立統計室，第一署擴充為二處一科，第二、五、六署照舊，第三署改為二個處，掌理作戰計劃，第三署之通信處及第四署之預算、財務兩處分別獨立，新聞處改為政工處。三十八年八月，為因應情勢發展，緊縮編製，除各署內部調整外，編纂處編並第五署，副官處、統計室均改為組，隸屬總司令辦公室，計設總司令辦公室、第一、二、三、四、五、六署及政工、監察、軍法、軍醫、總務五處。
海軍總司令部為便利指揮，照經緯度平行線，或依特殊地理形勢，將沿海劃分區域設立基地，三十六年，海軍總司令部分別以上海、青島、左營、榆林為中心，設立第一、第二、第三、第四4個基地司令部，各下轄軍務、港務、艦械、軍需、總務五科及軍法室，共6個單位。三十七年五月，各基地司令部改組為軍區司令部，擴大編製，下轄第一、二、三、四、五組，副官、預算、財務、總務、政工、軍法、監察7室，共12個單位。另在各基地司令部所轄區域以內依地理形勢劃分為若幹分區，並於各區中選擇戰術要點之港灣設置海軍巡防處。三十六年，先後就各基地司令部轄區及長江防區內，設立葫蘆島、大沽、定海、基隆、馬公、廈門、黃埔、海口、南京、湖口、漢口等11個巡防處，分別擔負屬區沿海沿江各處的治安及支援艦艇活動的任務。