公孫勝帶著他的弟子們將那些土著們忽悠住了，將那些土著們本身就棄之如敝屣的平原和盆地給占了，還給了這些土著部落的酋長們一些精美的絲綢、陶瓷等製品。那些土著還以為神要他們投靠的人很傻呢，所以對李俊的海軍也生不起什麼敵意。
有些生番土著尚處於食人部落階段，桀驁不馴，劫殺落單的義軍士兵，李俊知道這個情況後，抑製不住滿腹的忿恨，發動一個師的兵力，動用弩炮、神臂弓，將這個五千人的部落，流求島上最大的生番部落全數剿滅，不管男女老幼盡數坑殺。在用弩炮拋出炸藥包炸毀那生番部落聚居地和坑殺那些食人部落部眾時，李俊特意邀請其他土著部落的人前來參觀，通過澎湖人通譯轉告那些土著：“順我者昌逆我者亡！”
從澎湖移居到嘉義的四五百漢人中，有一百多人都學會了土話，甚至有些人跟土人通婚，去了土著的女子。李俊便任命這一百多漢族男子做通譯，做為義軍和土著的溝通橋梁。
土著們打獵或者捕魚得來的獵物就可以通過那些澎湖通譯做中間人和義軍做生意，從義軍手中得到那些精美的製品，當然還有一些茶葉和白酒，這些部落的酋長們都喜歡上了漢人的這些東西，他們本來想搶了漢人的東西。但經過李俊剿滅那食人部落後，他們知道自己怎麼也打不過漢人，漢人的弩炮能一下子就將他們好不容易建立起來的房子給炸毀。而且漢人不僅跟他們做生意，還給他們蓋房子，還教會他們怎麼耕田，還教他們的孩子認字，比起那些整日跟自己部落爭鬥的其他土著部落，漢人好太多了。公孫勝見流求的局勢慢慢穩定下來，就留下他的弟子們繼續傳教，他自己返回山東。展現神跡和恫嚇後，再行傳教時，沒有那個部落不願跟從的，很順利地，玄教將土著部落征服了。當然流求這裏的玄教不同於中土的玄教，教義很簡單，拜盤古、伏羲、女媧三神，效忠漢人，即可上天堂，否則下地獄。
流求島上大大小小的土著部落有二百多個，大的部落有數千人，小的部落幾百人，合起來有近十萬人。這十萬人都歸順義軍後，便成了義軍建設流求的主力之一而不再是阻力。
盧俊義很不想在漢人攻取流求的時候發生西班牙人攻取美洲大陸時的悲劇，到如今較為和平地接受流求，他很欣慰。他想起一件事情，不禁啞然失笑，要知道，這些土著，這就是後世台灣原住民的祖先，張惠妹也是原住民，把這些土著看成是盧俊義很喜歡的一個歌手張惠妹的祖先，想象著這些土著們正在唱著“連綿的青山百裏長呀，巍巍聳起像屏障呀喂，青青的山嶺穿雲霄呀，白雲片片天蒼蒼呀喂”，盧俊義不禁哈哈大笑起來，心情輕鬆了許多。
流求，講起這個名字，盧俊義就生氣，也不知道誰起的鬼名字，真繞口，又容易誤認為是琉球，盧俊義下令給李俊和協助李俊經營流求的盧俊信，詔諭流求島和澎湖周邊的所有人，流求在李俊海軍到達嘉義時的那一天，正式更名為“台灣”。
李俊海軍在北宋政和六年，即公元一一一六年，這一年的七月初八到達嘉義。七月初八這一天，也定為台灣島的自由日，日後每一年的這一天台灣島上的所有居民全部放假，可以盡情狂歡。而且，至此開始，台灣島上所有的地名，都依照主公盧俊義繪製的台灣地圖。
台灣太大了，義軍的人力嚴重不夠，就是再加上那些自願依附幫忙的土著人，也不能一下子將台灣全麵開發，隻能一點點地開始建設。先開發的是淡水平原和台北盆地，這裏距離山東半島最近。盧俊義派盧俊信帶著盧家家人、夥計，領著一萬願意出海發展謀求更多田地和財產的山東、河北的流民，坐上密州船舶司的大船，從山東日照出海，經鬱州、舟山、洞頭，幾度補給，前往業已被李俊海軍占領的淡水。
盧俊義暫設台灣為一個府，任命盧俊信為知府，李俊兼任台灣府的兵馬總管。盧俊信全麵負責台灣府尤其是台北縣的屯田工作。
盧俊信在治台之初，便清楚地意識到盧俊義交給他的任務已經不同於以往，他回信給盧俊義稱“為治之道，在於足食，台灣土厚泉甘，膏壤未辟，當用寓兵於農之法，庶可以足食。”
當時的台灣，平原盆地上一片片荒草，渺無人煙，隻有山上有一些土著部落，這些土著平素以漁獵為生，不習耕種，將台南平原為主的大片沃野盡數荒廢，卻正便宜了對這些沃土垂涎三尺的梁山義軍。當盧俊信開始墾荒時，發現一個非常嚴重的問題，他帶來的都是黃河流域山東、河北等地的農民，這些地方種植的多是小麥，幾乎從未種植過水稻。而台灣濕熱多雨，不適合種植小麥。幸得那群澎湖人說他們會種植水稻，他們從澎湖遷移到台灣跟那些土人交易得來的土地都用做種植水稻。但是那些澎湖人隻有數百人，麵對諾大的台灣島來說，人力嚴重不夠，就浪費了土地資源。