故事背景：帝厲魔被打敗後，就在人們以為數碼寶貝世界恢複和平時，誰又會知道新的危險又出現了，自消逝的啟示錄獸的數據碎片中誕生的梅菲斯獸，並繼承了啟示錄獸的怨恨。同時並統治了數碼寶貝世界，而梅菲斯獸真正的目的是統治人類的現實世界，此時的數碼寶貝世界再次陷入了危機之中，由四神獸選中的兩位二代馴獸師新海琦和之本霙，在一代馴獸師鬆田啟人等人的幫助下，打了梅菲斯獸讓數碼世界恢複了和平。
角色介紹:新海琦 小說中的男一號，也是二代馴獸師，年齡為10歲，就讀於新宿區澱橋小學五年級三班，日本東京新宿區新海集團董事長新海智的長子。頭戴一個護目鏡，善於思考，喜歡踢足球，相反的，是個不喜歡畫畫的人。搭檔數碼寶貝為小馬獸。D-Ark的顏色為灰色。
之本霙 小說中的女一號，也是二代馴獸師。年齡為10歲，新海琦的青梅竹馬，同新海琦一樣就讀於新宿區澱橋小學五年級三班，日本東京新宿區又一大集團——之本集團董事長之本龍一的長女，性格 沉著冷靜，樂於助人。搭檔數碼寶貝為巴達獸，D-Ark的顏色為橙色。
鬆田啟人 小說中男二號，一代馴獸師，年齡為10歲（比新海琦和之本霙大幾個月），讀於新宿區澱橋小學五年級二班，是家中的獨生子。頭戴一個護目鏡，但並不喜歡踢足球，相反的，是個很喜歡畫畫的人，相對於前兩季的主角，顯得格外內向。家裏經營著小型麵包店。搭檔數碼寶貝為基爾獸，D-Ark的顏色為紅色。
李建良 小說中男三號，年齡為10歲（比新海琦和之本霙大幾個月），讀於新宿區澱橋小學五年級一班，是啟人隔壁班的同學。很喜歡玩電腦遊戲。有一次在遊戲中遇到了大耳獸，便結成了夥伴關係，雖然有一段辛苦的過去，可是他成了大耳獸的馴獸師，但他不喜歡讓大耳獸和別的數碼寶貝戰鬥。建良的爸爸是野生研究小組的成員。建良是家中兄弟姐妹中最大的一個，由於家裏兄弟姐妹多，所以他學會了獨立，堅強，很會照顧人。建良是個混血兒，爸爸是香港人，媽媽是日本人。與啟人相處得很好，也曾經為他那不聽話的妹妹李小春而頭疼。搭檔數碼寶貝為大耳獸，D-Ark顏色為綠色。
牧野留姬 小說中的女二號，一個不怎麼笑又有點冷冷的少女，就讀於私立女子小學五年級。在秋山遼失蹤的那年的卡片大賽中獲得冠軍，被稱為“數碼暴龍皇後”。她很強，也很好強，在沒有遇見啟人和健良時，堅信戰鬥才是數碼寶貝的宿命，但其實冷酷的外表下掩藏著一顆脆弱的心。自尊心很強的她，雖然看上去很冷漠，但實際上她很關心朋友。搭檔數碼寶貝為妖狐獸。D-Ark顏色為藍色。