在1868年的初幾個月裏，維新領袖們實施改革，取消了幕府和藩，迎來相對穩健的政治變革。這標誌著創造一個新政府機構，無需進行全盤重建，因為他們仍能利用舊有的權力渠道和行政機器。盡管幕府和藩已廢除，但通過漸進的變革，政府機構仍得以維持。
麵對近代國家建設的需要，維新領袖們認識到兩個先決條件的存在。首先，現實條件要求他們鞏固權力並獲得全國支持；其次，為了確保政府的長期有效性，需要製定持久而高效的形式。
這些壓力使得領袖們在政府機構的發展上麵臨一些不一致和矛盾的觀點。一些主張代議製的新型政府，而另一些則更傾向於傳統的獨裁主義。為了解決這些問題，領袖們采取了一種巧妙的路線，既考慮了傳統與革新之間的平衡，也平衡了中央集權與不同利益的代表性。
在建立尚未鞏固的國家的同時，麵對德川軍事行動結果的不確定性，新政府在1868年早期采取了兩個行動，以爭取更廣泛的支持。首先，在3月召集了所有藩的代表進行協商會議；其次，在4月發布了“誓文”，以天皇的名義宣布了五項政府新宗旨。這一文件相對模棱兩可，由深受西方政治思想影響的利和福岡起草，經過木戶的修改，強調政府政策基於廣泛的協商、個人自由、國家利益超越其他利益，以及對西方近代做法的倡導。
隨後的兩個月，政府著手製定國家憲法和行政法規，進行了第一次試驗行動。製定的政體書是傳統官僚形式和西方代議製與分權製的混合物。成立了一個新的中央政府機關太政官，負責執行所有行政權力，活動分為七個部門。盡管有初步嚐試，政體書仍存在傳統與西方製度混合的情況。
在政府奪取江戶（即德川的“天領”）後，於1868年下半年將其機關遷至江戶，並將其改名為東京。1869年初，天皇被安置到幕府的城堡中，1871年8月政府進行了對中央各機關的進一步控製。政府的運作主要集中在參議和六個省，其中包括民部、大藏、兵部、外務、皇家、司法等。同時，寡頭政治逐漸形成，由來自朝廷和四大主要藩的約20名領導者組成，被稱為“藩閥”政府。
太政官製度一直有效，直到1885年采用內閣製為止。在此期間，政府進行了一些小的變革，如1871年取消藩後，1873年將民部改為內務省。大久保成為政府中最有權勢的人物，他離開大藏省主持內務省，其舉足輕重可見。內務省在國內安定和推行一些最具爭議性的改革中發揮著主要作用。整體而言，政府采取了一種靈活的態度，既保留了一些傳統元素，又在改革中引入了西方思想。
明治領導者如果不能將他們的控製係統延伸到地方，中央政府機關的變化也將毫無影響。在1868年，新天皇政府麵臨著將分散的大名領地、德川領地以及朝廷和寺廟的土地統一起來的任務。表麵上看，這是一個超越人力的艱巨任務，但實際上，行政工作已經足夠統一，因此同化為全國的縣製相當容易。正如前文提到的，藩逐漸演變為縣，首先在1868年中央政府滲透到藩內，為接受中央領導做好準備。1869年，大名將他們的領地歸還給皇家，但繼續在位，被稱為知藩事。1871年，藩被改為縣，幾個月後，這些縣被合並為72縣和3個府（1888年進一步合並為43個縣）。到1873年，隨著內務省的建立，大多數縣知事都是由中央政府從東京精選出來的，地方行政完全處於中央的控製之下。
在縣內的城市和鄉村的較低層次，也進行了類似的審慎合並。隨著藩的取消，在整個政治調整時期，高級當局努力保持權力的牢固，即便是對稅收的收取也從未間斷。1871年，全國被劃分為許多同樣大小的方塊，被稱為區，旨在使地方行政更為合理。這些區最初是新的準確單位，用於進行人口普查和土地登記。一度，中央政府計劃以這種人為單位為基礎建立一套地方行政製度，但這一設想最終未能實現。1877年後，政府回到更為熟悉和諧的安排。在這時，縣被劃分為中等大小的單位，下麵分為熟悉的町和村，按照奈良時代的郡。但是，新的鄉村比德川時代的社區大，是由幾個原有單位合並而成。在這個新製度下，德川時代的鄉村通常保留原來的名字，稱為“字”。
有人可能會奇怪，為何在縣政府和地方政府逐漸加強控製的過程中，並未遇到從前藩和鄉村領袖的反抗。一個可能的原因是，在1868年後，舊的藩和鄉村製度的瓦解為許多有誌向的武士和鄉村官員提供了各種新機會。東京對能幹的藩官員具有很強的吸引力，而縣政府也為從前的藩武士和有能力的鄉村領袖提供了就業機會。此外，新的領導巧妙地安排了一些新的地方會議（雖然大多數沒有實權），作為安全閥。這些會議吸引了許多有政治野心的個人的精力，而不危及中央的權力。政府通過這些會議在政策上取得支持，例如在土地所有權和稅收等有爭議的改革中。幫助那些權力較低的地方人物維持一定身份。在政體書下形成的藩議會，甚至給小藩帶來了參與新政府的意識。1871年，政府鼓勵在新縣的下層設立協商會議，這種會議很快在全國範圍內出現在村、町和縣的層次上。