木葉村建立三十多年前，大約元年前32年，森之千手一族和宇智波一族分別誕生了一個天賦異稟的小孩——千手柱間和宇智波斑。在這個充滿戰亂和仇殺的戰國時代，大量平民甚至小孩也被卷入戰爭，忍者和國民的平均壽命隻有30歲。
柱間的兩個年幼的弟弟瓦間、板間在戰場上被殺害。斑的家裏原本也有五兄弟，但隻剩下了泉奈一個弟弟。在相同的時代背景和成長環境下，兩人誕生了相似的理想，命運牽引著兩人相識相知。
柱間和斑小時候便在河邊打水漂相識，在不透露姓氏的規則下他們成為最好的朋友，互相切磋忍術，暢談人生理想。在殘酷的戰亂時代成長的兩人，從小就立誌成為強大的忍者，建立起能保護孩子們免受戰爭之苦的理想村落，徹底改變這個戰亂的時代。
但是，背負著森之千手和宇智波命運的兩人，不得不堅持家族的立場，兵刃相見。兩個家族持續對立，互相廝殺，直到兩人成長為各自家族的領導人。在兩族對抗的過程中，宇智波一族逐漸陷入劣勢，斑的弟弟宇智波泉奈也在戰鬥中被千手扉間用飛雷神斬重創，隨後不治身亡。部分厭倦了戰鬥的宇智波族人開始投靠千手一族。渴望和平的柱間向宇智波一族發出了停戰協議。但身為族長的斑因弟弟的死亡而被仇恨所支配，覺醒永恒萬花筒寫輪眼後向柱間發起了決鬥，這便是第一次終結穀之戰。
柱間和斑在昔日玩耍的火之國森林深處的斷崖下，建立起了新的村落。斑為村子取名木之葉忍者村。“木”指的是能使用木遁的千手柱間所代表的森之千手一族，“葉”指的是家紋為扇葉形狀的宇智波一族。村子首領的名字由柱間命名“火影”，寓意為暗中保護火之國的忍者首領。
猿飛、誌村、日向等大家族紛紛加入聯盟，村子迅速壯大，成為火之國中最強大的組織。木葉村與期望領土安定的火之國取得合作後，形成了國家與村子地位對等的製度。
世人對木葉村的建立給予很高的評價，一國一村的製度被各國迅速效仿。雷之國-雲隱村、土之國-岩隱村、水之國-霧隱村、風之國-砂隱村相繼成立。不隻是五大國，許多小國也紛紛成立忍者村。
木葉村成立後不久的火影2年，斑離開木葉村。
五大國忍者村初步建成後，在柱間的推動下，五大國忍者村首領進行了第一次五影會談。千手柱間承諾將尾獸均衡分配給各大國忍者村，收受方以金錢作為回報，五大忍者村以此達成協議，國與國之間的紛爭逐漸平息。
火之國依靠尾獸交易所得到的金錢作為起步資金，投入木葉村的建設，培育高素質的忍者，接受各方任務委托，獲取大量委托酬金，帶動了國家的經濟增長。火之國財政經費充足，又可以撥款用作軍費支出，長期維持木葉村大量忍者作為國家軍事力量，加上得天獨厚的地理條件，火之國因此成為世界上綜合實力最強的國家。
但是宇智波斑控製了九尾向柱間和木葉村發起了攻擊。兩人再次爆發更高級別的戰鬥，兩人大戰一天一夜，戰鬥驚天動地，大規模改變了地形，後人將兩人戰鬥過的地方成為終末之穀，並在峽穀處建造了兩人的雕像。
柱間為了守護當下和平的木葉村，殺死了曾經的摯友。之後柱間聯合漩渦一族將九尾封印，以防尾獸再次被人操控利用，柱間的妻子漩渦水戶成為第一任九尾人柱力。