洪荒時代，天地未分，陰陽不和，一片混沌。混沌之中，陰氣和陽氣混流，九霄天與熾煉獄眾古神與神獸懼而不敢接近。天地混沌如雞子，盤古生其中。一日盤古蘇醒，感其周圍混沌，掄起開天斧聚力一擊，頃刻間，陰陽分離，陽清為天，陰濁為地。後憂其再合，頭頂天，腳踏地，天日高一丈，地日厚一丈。如此萬八千歲，天數極高，地數極深，盤古極長。陽氣愈盛，於九霄天之下彙聚，後世稱為仙界；陰氣益重，於熾煉獄之上相合，後世稱為冥界。仙界與冥界之間，陰陽相和，相互協調，形成嶄新之淨土。 後世稱為人界。但古神盤古靈力已竭，身體化為撐天柱，貫通人仙冥三界。在仙界和人界之間的撐天柱之後變為不周山，在冥界和人界之間的撐天柱之後變為斬緣山。至此，混沌消融，三界初生。
九霄天上神伏羲不久下世人界，創先天八卦，乾對天，兌對澤，離對火，震對雷，巽對風，坎對水，艮對山，坤對地，天乾即為仙界，地坤即為冥界。伏羲以上古造物鼎盛仙界陽氣和冥界陰氣，造出人間萬物。兌卦形成人界的沼澤，離卦形成人界的火焰，震卦形成人界的雷電，巽卦形成人界的風雨，坎卦形成人界的河湖，艮卦形成人界的山野。在先天八卦和陰陽之氣的滋養以及閻王的輔佐下，新的自然神靈誕生於世。如火神，雷神，風神，水神，花神，草神，地神等自然之神；還有神鹿，玄鳥，花妖等自然之靈。可惜造物鼎之後因超負荷運轉崩壞，隻留下其蓋子—後世稱為混沌至寶造化玉碟。而伏羲也在之後與女媧合力封神獸犼時力竭而死。造化玉碟後被女媧賜給了閻王，助她領悟世間的三千大道。
然人界仍太過寂靜，伏羲之妻上神女媧下世人界，取九霄天天池之水，混與九天息壤，以鑄人之形體；取赤煉獄忘川之水，注與自身神力，以創人之魂魄。陰陽相融，故人之所生。然九天息壤承載有限，故人有生老病死；女媧神力永恒，故人死魂魄尚存。為維持人類的存在，維係世間的秩序，女媧所造第一人天帝軒神機，賜他本命法寶九霄天的太虛戰甲，以保其身不滅，統領新誕生的自然之神，以維持仙界的和平；女媧所造第二人閻王九方夙璃，賜她本命法寶弑神槍，以保其魂體合一，維持眾人類的輪回有序，維持冥界安寧。人死魂存入地府，忘川過後忘前塵。善魂有德來世幸，惡魂有罪墜獄深。聖人之心仙界賞，曆經磨難成大仁。三界有序，萬物向榮。
然而水神共工仗著自己是眾自然之神的最強者，可以調動河湖發洪水殘害百姓，內心預發狂妄，妄圖成為眾自然之神的統領者，取代天帝，於是謀劃潛入仙界殺害天帝，霸占九天神鼎，自己取而代之成為新的天帝，然而卻因洪水殺害百姓太多，冥界亡靈爆滿，閻王查明緣由，告到仙界，天帝暗中調查發覺共工的野心，派火神祝融與共工交手，祝融借天帝法寶陰陽無量瓶吸盡他的水神之力，共工失敗，一氣之下，撞倒了不周山，天塌陷，天河之水，湧入人間，天出裂縫，共工不見。女媧大驚，收集四方靈石，煉製九九八十一天，耗盡所有靈力，聚畢生之力補裂縫，折神鱉之足撐四級。巨鱉四足化為四大神樹：扶桑，若木，尋木，建木。四大神樹支撐著仙界，人界恢複了和平。
共工消失之後，天帝曾多次派天兵下界巡查，都未能發現他的蹤跡，再加上天池之水中陽氣太盛，失去水神之力的共工，入之則滅，天帝始放心，宣布水神已滅，萬靈同慶。
女媧娘娘本為眾妖獸之主，她死之後，人間妖獸猖獗，到處作亂，百姓民不聊生。這時赤練獄上古神龍燭龍燭九陰來到人界，依靠自身的強大修為和女媧本命法寶招妖幡，使四方妖族臣服，成為新的妖獸之主，於若木之下建立妖都。然燭龍喜靜，且親近人類，時常雲遊人間， 故三界之內少有人見過本尊。
人類也建立起自己的王朝，之後人類有王朝的更迭，但妖都在燭九陰的帶領下從未趁火打劫，與人類一直保持和平的關係。於是妖與人和諧共處千餘年。
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