海戰大勝，聯軍隨即在龍朝水師的掩護下強渡長門海峽，向長門藩的海岸發動進攻；龍朝水師架起神威大炮對著海岸就是一頓狂轟濫炸，打得毛利軍是哭爹喊娘、抱頭鼠竄，隨後戰陣營五萬多官兵在中郎將郭明誠的率領下吼叫著衝下了運兵船；此時的毛利軍早已被神威大炮轟得暈頭轉向，麵對殺氣騰騰且人數占優的戰陣營根本不堪一擊，在進行了微弱的抵抗之後，毛利軍全線潰退，戰陣營卻是越戰越勇，奮起直追，一直從海岸追到了毛利奉文的居城吉田郡山城。
麵對木製結構的吉田郡山城隻要架起神威大炮一轟便可輕鬆將其夷為平地，但是此時郭明誠根本沒那耐心等笨重的龍威大炮到來；他大喝一聲：“給老子把這木頭城拆了。”五萬戰陣營官兵便以排山倒海之勢向吉田郡山城攻去；守城的毛利軍急忙用弓箭回擊，但根本沒起什麼作用，戰陣營的官兵隨後用身體將吉田郡山城的城門強行撞開了。
郭明誠是青州人，對倭國人可以說是恨之入骨，他大聲吼道：“弟兄們，殺進城去，屠城！”
“屠城、屠城、屠城……”五萬大軍舉著大刀拿著長槍喊著口號衝入城中，見人就殺、見房就燒，吉田郡山城立時慘叫連連、火光衝天，成為了名副其實的人間地獄。
等賀麟率領大軍趕到吉田郡山城時，眼前的慘狀震驚了所有的人；吉田郡山城的大火還在熊熊燃燒，街道上、房屋邊、地上、樹上到處都是倭國人的屍體，他們中有士兵也有平民，有老人也有小孩，戰陣營在郭明誠的帶領下將吉田郡山城近十萬人殺了個精光。
看著眼前的熊熊烈火和遍地都是的屍體，賀麟忽然想到了南京大屠殺，那是整整三十萬手無寸鐵的同胞，今天殺的，連三分之一都不到。
雖然郭明誠的做法讓自己很解氣，但是眼下屠殺倭國平民的做法卻是極不明智的，最上權兵衛、島津相則還有起兵的肥後藩領主相良光博當即提出了強烈抗議，表示要脫離聯軍；賀麟隻得對三人表示了歉意，並表示以後會嚴加約束自己的軍隊，同時將郭明誠撤職查辦，這才防止了聯軍的分裂。
不過屠城事件還是給聯軍帶來了極大的麻煩，藤原廣治和羽宮天皇趁機宣傳龍朝軍隊此次到來是要找倭國人報仇，滅亡倭國的；原本還在觀望的各藩幾乎集體倒向了藤原廣治和羽宮天皇一邊，接著由木村藤一郎說服起兵的九個藩中除了已經起兵的肥後藩以外集體發來密信，表示不再支持聯軍，最後就連聯軍內部的倭國士兵也開始出現了叛逃現象。
接下來的戰鬥雖然進行得並不艱苦，但是幾乎每城每藩都會遇到頑強的抵抗，像九州那樣不打而降的事情幾乎沒有再發生過；藤原廣治和羽宮天皇原本拚湊起來的三十萬軍隊隨著原本還在觀望的各藩軍隊的加入，而今人數已經激增到了五十萬人；賀麟的征倭大計遭到了重創。