世界輿論在為朝鮮這一東方小國的獨立與民主而沸騰著，而她的鄰國日本則仍然籠罩在一片失敗的愁雲慘霧中走不出來。不僅如此，這時一份據稱是從外務省泄露出來的秘密協定徹底攪動了日本國民脆弱的神經。這是一份關於中日兩國停戰的秘密協定，協定中列明日本向中國賠償軍費白銀七千萬兩，恢複琉球及附屬所有島屹的獨立主權，同時日本各港口口岸全麵向中國開放，允許中國貨物完全免稅無障礙進入日本。這份秘密協定被毫無保留地批露在日本《國民新聞》的頭版頭條，在日本國內立時掀起了軒然大波，國內輿論一時嘩然。曾比政府更激進地鼓吹向朝鮮進軍的反對黨們，立即借勢發動政治攻勢，要求政府出麵澄清事實，厘清謠言，而有口難言的伊藤政府則可疑地三緘其口，反對黨們憤怒了，借助在眾議院中占多數這一優勢，啟動了彈劾“賣國政府”的程序。伊藤政府不堪其擾，在睦仁天皇的支持下幹脆解散了議會。反對黨們豈肯善罷幹休，當即利用媒體更猛烈地攻擊政府“賣國求榮”、“喪權辱國”。在《國民新聞》上的社論甚至揚言，如果政府屈服於支那，則“國民將趨於反動，乃至大大地反動”，其言論尺度已接近於煽動暴亂。
日本國內輿論呈一麵倒之勢，沒人敢替伊藤政府說一句好話，生怕就此被扣上賣國賊的帽子。在這種情況之下，日本因朝鮮戰敗而被壓抑的民族主義情緒徹底爆發了，首先是東京都的東大、東京專門學校（即後來的早稻田）、明智三校近千名學生衝破軍警阻撓，到永田町集體請願，打出“拒絕在不平等和約上簽字”、“寧為玉碎，勿為瓦全”、“外爭主權，內懲國賊”等口號，要求伊藤博文、陸奧宗光下台，追究朝鮮戰爭失敗責任，表達了對“賣國”政府的強烈不滿。隨之而起的示威活動風起雲湧，除青年學生外，無數中低層民眾也加入了這運動之中，局麵漸呈失控之勢，東京都的軍警為求學生不要遊行，甚至跪地哀求。示威人群甚至衝擊了陸奧宗光的寓所，把陸奧家砸了個稀巴爛。
在這樣的政治風暴麵前，日本現政府呈風雨飄搖之勢，算是切身領教了民族主義這柄雙麵刃的厲害。就連向來生性堅毅的睦仁天皇麵對在這前所未有的民眾運動亦有些猶疑了，帶話給伊藤博文，認為“民意難違”，看是否能“另覓佳法，尋求對我友善之友邦襄助，以體麵結束戰爭。”伊藤則上書天皇稱“……當此國家生死存亡攸關之際，必得有慷慨赴難之人。民意雖難違，但若能挽天傾，則臣粉身碎骨亦願違之……”表達了他願意犧牲其政治生命，使日本度過此一難關的決心。
3月4日，伊藤親自到港口送陸奧前往漢城與李鴻章和談，自到愣愣地看著陸奧所乘軍艦在遼闊的海平麵上變成遙遠的一個小點，滿懷心事的伊藤才乘車返回官邸，誰知就在伊藤的馬車快到達官邸時，人群中突然躥出一名年輕男子，在左右未及反應之時，照定伊藤就是一槍。伊藤腹部中彈，當場昏厥過去。一時間現場大亂，行人四處逃竄，行刺者趁亂躲入人群溜之大吉。
伊藤的隨從立即將伊抬回官邸，找來醫生進行急救，發現子彈正好擊中脾髒要害，伊藤生命垂危。
行刺事件發生後，東京都警方全城出動搜捕凶手，在當日便將凶手捉拿歸案。經審訊，此人名叫小山六之助，是右翼團體“神刀館”的成員。他極其反對中日媾和談判，所以決定刺殺伊藤博文，將中日戰爭進行到底。
伊藤博文幾日後傷重不治而亡，臨終前上奏天皇由內閣文相西園寺公望接任首相，西元寺此人雖然隻有四十多歲，但卻是明治維新元老，在日本政壇威望甚高，因與伊藤政見相近，兩人關係十分密切。但伊藤的推薦遭到了立憲自由黨和立憲改進黨的激烈反對。幾經鬥爭和妥協，最終由自由黨總裁板垣退助接任首相，成立了日本政治曆史上第一個政黨內閣。
板垣退助一上任，立即宣布決不承認一切不平等條約，公然撕毀了在美英等國推動下中日兩國剛剛在漢城簽定的停戰協定，並在多次公開場合演講時將中國描繪成當今亞洲最邪惡最反對的野蠻國家，是強權與專製交媾下形成的畸形怪胎國家，是亞洲文明進程最大的敵人，號召日本國民團結一心，與中國鬥爭到底。至此，英、德、法、美、俄等五強的聯合調停宣布失敗。
板垣政府“輕率、粗魯”的決定使其在國際社會中陷入孤立，唯有沙俄政府表態全力支持日本政府抵抗中國強權的正義事業，並向板垣承諾將不惜以逼迫的手段壓製中國，讓板垣稍稍有了些底氣。但日俄的迅速靠近卻激怒了英國，英國一直將鉗製沙俄在遠東的擴張作為其亞洲戰略的重點，日本的行為無疑已觸碰到了其底線，這時中國外交部在光緒授意下適時介入，中英兩國至此在東亞問題上達成了某種共識與諒解。
在日本發生這一係列戲劇性的政治動蕩的過程中，中國的反應亦是十分精彩，先是破天荒地表達了對優秀的日本政治家伊滕博文的高度讚譽，極力稱頌其為日本民主憲政改革的先驅，是日本民主與和平的希望，強烈譴責陰謀家的暗殺恐怖行為，暗暗影射新上台的板垣政府為陰謀家政府，對伊滕的逝世表示沉痛哀悼，甚至為這個敵國的首相降半旗致哀。中國的態度讓世界大跌眼鏡，隨之而來的是讚譽如潮，世界媒體紛紛盛讚中國有大國風度，而日本新上台的板垣政府則恨得咬牙切齒卻又無可奈何。