袁崇煥得到後金兵過遼河的哨報後，立即部署：滿桂移駐前屯，孫祖壽移駐山海關，黑雲龍移駐一片石。錦州防務方麵：以副總兵左輔統金國奇為左翼，以副總兵朱梅為右翼，平遼總兵趙率教居中調度，賈勝領奇兵東西策應，鎮守太監紀用駐錦州。其他相關事宜，也做了相應安排。
這時錦州有守兵3萬人，袁崇煥及副將祖大壽統帥各將堅守在寧遠。十二日，紀太監和趙總兵首先行動了，他們派出守備一員、千總一員，到金大營，談判講和。人家都兵臨城下，你來講和？不是天方夜譚嗎！紀太監和趙總兵也不是傻子，他們往皇太極大營議和，是要拖延時間，以待援兵。袁崇煥對後金來犯，是有備也有虞。有備，就是繕城整軍，治械儲糧；有虞，就是夏季敵軍來犯，出乎預料。就在錦州被圍九天之前，袁崇煥還上疏對皇帝說：後金必定來攻，但估計在是在秋冬季。現在後金軍突然圍城，明軍準備不足。
皇太極也希望錦州不戰而降，輕取勝利，以禮接待來使，但皇太極也不是傻子，他對錦州來使強硬地表示：你們要投降就投降，要打就打！不要給我玩花招，他給紀用、趙率教寫了回書，稱：要麼獻城，要麼以禮議和。信帶回後，遲遲不見回複。12日下午皇太極下令攻城，錦州激戰，終於爆發。後金對錦州發起總攻，分兵兩路，交攻西、北二麵，集中主力攻擊城西一隅。趙率教認清皇太極先破城西的意圖，急調其它三麵守城明軍主力堵禦西城之敵，以炮火、矢石還擊，太監紀用及總兵左輔、副總兵朱梅，身披甲胄，冒著矢石，親臨一線督戰。太監紀用也上一線了？是的！紀太監用他的實際行動告訴我們，不是所有的太監都是孬種，也有英雄就像唐朝的楊思勖、東漢的蔡倫、七下西洋的鄭和，後金兵損失慘重，退兵5裏紮營。皇太極初戰失利，派人到沈陽調兵增援。
十三日，淩晨，後金以騎兵圍城，環城而行，卻不敢靠近城垣。皇太極三次派遣使者到城下說降，趙率教站立城上，對城下的後金使者說：“城可攻，不可說也!”皇太極得報後，傳令攻城。後金兵攻城，除了增加了人員傷亡，一無所獲。皇太極再發勸降書，用箭射到城裏，連射數封信，城裏沒一點反響。沒辦法繼續打吧！皇太極圍城兩日，還是沒攻下錦州城。
十五日，皇太極左思右想，想到一條妙計，他派人到錦州太監紀用處威逼利誘，投降吧！太監紀用也派出使者，提出後金派使臣到城中麵議。皇太極連忙命人前去議和，但錦州城竟然不開門。
十六日，紀用遣守備一員、千總一員，又到皇太極帳下，說昨天因為夜深了，不便開城門，你們今日白天來。皇太極一是求和心切，二是等待援兵，就再派遣綏占、劉興治隨明使臣，回錦州城，但明軍仍閉城不納。而且那個趙率教在城頭高喊：你們如果退兵，我國自會有賞賜的。又讓二使臣隨同綏占、劉興治到皇太極大營去。
皇太極手書一封信，連罵帶嚇激紀太監和趙總兵，派軍出城野戰，以決雌雄；打消他們等待援兵解圍的希望。紀太監、趙總兵，當然是斷然予以拒絕。
同日，明遼東巡撫袁崇煥也開始行動了，他派人送給紀用、趙率教一封書信，並有意被後金兵截獲，內稱“調集水師援兵六七萬，將至山海關，薊州、宣府兵亦至前屯，沙河、中後所兵俱至寧遠。各處蒙古兵，已至台樓山”等等。一封鬼話連篇的信，皇太極卻信以為真了。
十七日，皇太極收縮對錦州城的包圍，在城西二裏處結營，以防明朝來援的軍兵。
十八日，皇太極再次勸降。錦州城中的紀太監和趙總兵，不予理睬。
十九日至二十四日，後金軍繼續圍城。袁崇煥不敢輕動寧遠守兵，他知道寧遠才是皇太極的目標，他設了四支奇兵援錦：一是募死士200人，直衝敵營；二是募川、浙死卒，帶銃炮夜驚敵營；三是令傅以昭率舟師東出抄敵後路；四是讓蒙古貴英恰等從北入援，牽製敵人。以上諸措施，但實際均未見太大實效。
二十五日，後金固山額真博爾晉侍衛、固山額真圖爾格副將，率援兵從沈陽來到錦州行營，以增強攻城的兵力。
至二十六日，後金軍已圍城15日。這時是初暑季節，後金官兵露宿荒野，糧食奇缺，袁崇煥預計他們秋冬季進攻還是有道理的，至少那時糧食充足。後金人馬疲憊、士氣低落。