現在努爾哈赤的目標隻有一個了－－－明朝。但是我們說了努爾哈赤很忙！現在他還沒時間，隨著努爾哈赤統地位不斷上升，從村民小組長－－－－村長－－－－鄉長－－－－縣長－－－－市長－－－－省長－－－－造反派頭頭，轄地域不斷擴大，人口日漸增多，迫切需要建設一套較為完善的統治機構和管理組織，以提高並鞏固自己的地位和權勢。沒時間打仗，更主要的原因是那位熊大人在那，不好打，於是努爾哈赤決定給明廷寫一封信。
努爾哈赤在信中先重申了一下“七大恨”，接下來就是開始推責任，說以前咱們打仗，其實責任都在你們，說我們是為了搶奪你們的財物，那不是事實，咱們金國有的是土特產，貂皮絲布，鹽鐵金銀一樣都不缺，隻因你們欺我太甚，如果想修好，還是可以談的。如果你們要解我“七恨”，那就幹脆一點，放棄遼東，以遼河為界，作為平等的國家，再搞搞貿易很有必要。如果認為我對，速作答複，如果認為你們是對的，有種把我趕到長白山啃人參去，否則別怪我打到你們京城。
努爾哈赤本想坐下來和明廷好好談談，能不費吹灰之力輕取遼東最好，不行，也可以從談判桌上和明朝較量較量，可是熊廷弼整天忙著布防啊，視察，閑談的時間基本沒有，努爾哈赤的信呢？放哪呢？喂！外事辦，你們把信放哪啦？那可是文物！可值錢啦！
不理我，沒關係，努爾哈赤又很耐心的給熊廷弼同誌發了一份招降公告，又是石沉大海。
努爾哈赤也不光耍筆杆子，他還要搞建築，萬曆十五年，努爾哈赤起兵後，居於費阿拉城（俗稱舊老城）。努爾哈赤在此“築城三層，興建衙署、樓台”，作為他指揮的據點。但費阿拉城不過是個小小的山寨山城，隻有近千戶的居民。
萬曆三十一年（1603年），努爾哈赤以費阿拉城狹小簡陋，水源不便，遷到八裏外蘇子河與嘉哈河交彙處東岸的赫圖阿拉，“因山為城，壘土為郭”，築赫圖阿拉城（遼寧新賓，俗稱老城）。後進一步擴建，規模遠遠超過了費阿拉城。史載，赫圖阿拉內城高七丈，土石建築，牆上布滿射擊口，大門是厚厚的木板。內城居住的努爾哈赤的親戚，外城居住的是努爾哈赤的虎狼之師，全城約有人家二萬餘戶。北門外是則鐵匠區，專門製造鎧甲、刀槍。南門外是弓人、箭人居住，專門製造弓箭。東門外則是倉庫區，共計有一十八照，每照各有七八間庫房，專門用來存貯糧食。
努爾哈赤即在赫圖阿拉城稱汗。在薩爾滸大勝明軍後，努爾哈赤又遷都赫圖阿拉以西一百二十裏的界凡城。一年後，再遷至界凡城西四十裏的薩爾滸城。不到半年，又三遷至遼陽城。
天命五年（1620年）三月，努爾哈赤第一次製定“論功序爵”的製度，援用明朝官稱，設總兵官、副將、參將、遊擊，均分為三等，大體上原來任固山額真之人即為總兵官，梅勒額真為副將，甲喇額真為參將、遊擊，原來當牛錄額真的，一律為備禦。從總兵官至備禦，皆為世職。另外，每牛錄下，設千總四員。當官了！當大官了！熱淚盈眶的八旗將領們心裏那個高興啊！我們這些大字不識是一個的粗人，一貫被漢人輕視的女真人，也光宗耀祖了！感謝光榮正確的汗王！誓死效忠大金！
正在舉國同慶時，後金國發生了一件大事，確切地說是努爾哈赤的**發生了一件大事，大福晉突然被廢了。據《滿文老檔》說：努爾哈赤的小福晉代音察向努爾哈赤舉報，大福晉曾經二次給大貝勒送飯，還給四貝勒送過一次飯，大貝勒吃了，四貝勒沒有吃。而且大福晉一天二三次派人至大貝勒家，不知道幹什麼？大福晉還有深夜外出的記錄，努爾哈赤一查，情況屬實，但想想這也沒什麼了不起的大事，夫妻一場算了吧！但是不久努爾哈赤又聽說大福晉經常送大貝勒金銀珠寶，關係比較曖昧。這下努爾哈赤火了，但是他畢竟是位頭腦冷靜、思維縝密的領袖級人物，思考再三，他決定不加罪大貝勒，就說大福晉偷竊、私藏綢緞、蟒緞、金銀財物，定她一個貪汙罪吧！敲山震虎，警告這些人一下。
大福晉也不是等閑之輩，兵來將擋，水來土掩，大福晉不動聲色悄悄地將家產，分藏各處，分送各家。“我沒有貪汙！你看我一貧如洗，汗王你怎麼能處理我？”隻是手下人辦事不力，出了一點小問題，事情是這樣的：她派人將三包財物送至達爾漢侍衛山上的居所，當然這時達爾漢侍衛是不在的，女仆將東西收下。等檢查的人走了，大福晉立即派人去達爾漢侍衛山上的居所取回所送的財物。本來這個計劃是無懈可擊的，可是大福晉所派的人不知道是頭腦壞了、還是故意的，未至達爾漢侍衛山上的住所，卻直接到達爾漢侍衛所住西屋取物品，這下完了，曝光了！牆倒眾人推，蒙古福晉趁機告訴努爾哈赤，大福晉還在阿濟格阿哥家中藏有綢緞三百匹。你不仁就別怪我不義，大福晉豁出去了，我倒黴你也別想快活，大福晉主動自首，在蒙古福晉處還收著我的一捧東珠，她和我是一條船上的。
各地舉報想雪片一樣飛到努爾哈赤麵前，大福晉曾給總兵官巴都裏的妻子一整匹精織青倭緞；給參將蒙噶圖的妻子綢緞朝衣一件；……更為可氣的是大福晉還偷偷將財物賞給與平民百姓。
努爾哈赤拍案而起，一邊下令，你們所有接受大福晉禮物的人，把東西給我退回來，一邊將大福晉的罪狀進行公示：大福晉為人奸詐虛偽，我給你金銀珠寶、綾羅綢緞，你竟然不思感恩，還將我放在一邊，勾引他人。其罪當誅！不過殺了你，你生的三個兒子一個女兒必然很傷心，我不忍看我的兒女傷心，因此饒你不死，廢了大福晉。
天命五年三月的大福晉，應該是繼妃即第二個大福晉富察氏，當然史學界還有一種說法是第三個大福晉烏拉阿巴亥。這都怪這清史記錄不清、顛三倒四不說，各種文獻還相互矛盾。
繼妃富察氏，名袞代，是莽塞杜諸祜的女兒，袞代的同父異母長兄之女是努爾哈赤父親塔克世的第一任妻子，但英年早逝，因此後人稱其為原配福禁（滿語即夫人），塔克世後來娶了喜塔拉氏，就是努爾哈赤的母親。這樣袞代就成了塔克世的親家姑姑。袞代的侄子阿古巴顏長子阿泰又是塔克世大哥禮敦的女婿，那麼袞代又是努爾哈赤堂姐夫的姑媽。而袞代本人初嫁與努爾哈赤三伯祖索長阿的孫子戚準，並生有一個兒子昂阿拉，於是她同時又成了努爾哈赤的堂嫂子。這種輩份混亂的婚姻關係在傳統漢文化觀念裏是不可想象的，而在當時的女真風俗中則是司空見慣合情合理的事。