浩瀚星海 ，茫茫宇宙，兩道急速飛馳的身影飄過。
這裏就是人類世界與數碼寶貝的世界連接的通道，此時通道的大門開著，迎接即將從人類世界回歸的兩個生命。
它們已經完成了最後的戰鬥，與搭檔分離了。
臉上充滿了離別的不舍與生命即將終結的寬慰，亞古獸和加布獸對望著，靜靜等待著記憶歸零，肉身重新退化為數碼蛋回歸創始村。
此時突然從遙遠的星空中傳來了一道焦急的聲音，這引起了亞古獸的注意。
這聲呼喚不是人類的聲音，它和太一的感應已經消失了，不可能再聽懂人類的聲音。
也不是數碼獸的聲音，它從沒聽過這種語言，卻奇異地聽懂了——“救命！”。
加布獸拉了它一把，搖搖頭示意亞古獸不要理會。
它們要回到創始村重新孵化，這個過程中，記憶也會隨著數據格式化消失，但是一旦回不去創始村，沒人知道它們會如何。
所有的數碼獸都有一個潛意識——回不去創始村就意味著永遠的消亡。
但是一根筋的亞古獸實在是太好奇了，它甩開了加布獸的手，一頭栽向聲音傳來的方向，偏離了回歸數碼世界的空間通道。
“亞古獸！”加布獸下意識的去拉亞古獸，這光怪陸離的空間亂流根本不管兩隻獸的想法，將兩小隻一起吞沒了。
地球，二十世紀末。
“我夢，沒事吧？”
三個坐在很多儀器前的男生其中的一個，問一個坐在儀器內，頭戴科技感滿滿的頭盔的男生。
他們是城南大學即將畢業的學生，此時三人正在學校的量子物理研究室做研究。
被問的男生名叫高山我夢，除了是學生之外，他還是一個名為煉金之星的組織成員。
該組織簡單來說，是一群預言了地球即將在世紀末，被未知勢力入侵的天才少年建立的。
這個組織的成員全部都是頭腦發達的天才，他們在各個領域都有著卓越的知識與創新的能力。
而我們的主角八神太一，就是憧憬著這個組織的一名五年級小學生。
黃昏，光丘。
“太一，你又沒寫作業就去踢球了？”一個三十多歲的婦女瞪著太一，叉腰大喊。
“媽媽，我這不是還沒去嗎？”太一尬笑道。
雖然他很憧憬煉金之星的天才，但是奈何腦子沒有那麼靈活，五年級的知識已經讓他感覺到了吃力。
太一喜歡的是踢足球，經常和學校的足球社成員們趁著天還沒黑的時候到球場踢球。
“我交代你多少遍了，不管要玩什麼，先把老師布置的作業寫了，你……”
太一看著嘮叨跡象越來越重的媽媽，趕緊說道：“媽，今天作業不多，我們社有活動，你就讓我去吧。”
太一的媽媽不讚同的看著他，氣衝衝的道：“早點兒回來寫作業。”
社團活動回來後，他趕緊把作業寫了，然後打開了電視。
鋪天蓋地的新聞隨之而來。
大概內容就是今天白天，位於東京的K1地區出現了一個身高五十多米的巨型生物。
為了方便稱呼，煉金之星將其稱之為怪獸，還出現了一個神秘的組織XIG。
太一對這些不太關心，本來想看動畫片的，但是這個台突然不播了，而是在播這個新聞。
於是他隻把煉金之星宣稱的有巨型生物怪獸出現和神秘的巨人相關新聞看完後，就去哄妹妹睡覺了。
自從三年前他的疏忽大意後，妹妹八神光的身體就不太好了。
他一直很自責，除了擔起足球社的比賽責任之外，他其餘的時間都在盡心盡力的照顧八神光。