此時的秦國表麵上的皇帝是秦二世胡亥，而暗地裏卻是趙高大權在握，排除異己。
對於李斯這個原來的盟友，趙高也沒有放過，趙高想借胡亥之手除掉這個對手。趙高設計使胡亥對李斯不滿，然後又找機會向胡亥誣陷了李斯三個罪名：一是李斯原來參與了擁立胡亥即位，但後來總抱怨自己不受重用，想和胡亥分土做王。具有狼子野心。留不得。二是李斯的兒子李由做三川郡守，而陳勝吳廣起義作亂經過三川郡時，李由卻不積極鎮壓，因為他和陳勝是鄰縣的同鄉。有包庇之罪。聽說李斯和陳勝他們也通過訊息。三是李斯作為丞相，權利過大，超過了皇帝，但李斯還不滿足，似乎有異心。
胡亥聽了趙高的話，想抓李斯，但又沒有真憑實據，就先派人監視李斯。李斯聽到消息，就上書揭發趙高的劣跡。胡亥卻不肯相信，反而將書信給趙高看。趙高知道和李斯是你死我活的鬥爭，倆個人之間必須有人得死，就進一步地羅織罪名誣陷李斯。胡亥將李斯抓捕，交給趙高負責審理。趙高自然不肯放過這個難得的機會，對李斯用盡了酷刑，逼李斯認罪。李斯無法忍受酷刑折磨，隻得屈打成招。此時李斯才明白到當初幫助胡亥奪權登位多麼的愚蠢，同時李斯大罵胡亥昏庸無能，趙高拿著李斯的供詞上報胡亥，最後，李斯在公元前208年，即胡亥即位的第二年，被處以極刑：先是黥麵（即在臉上刺字，是秦朝的一種侮辱刑），然後劓（即割鼻子，也是秦的一種酷刑），砍斷左右趾（即砍掉左右腳），又腰斬（攔腰斬斷），最後是醢（音海，即剁成肉醬），這在當時是最為殘忍的一種處死方式，叫做“具五刑”，即用五種刑罰處死。李斯的一家也同時被殺。就這樣，趙高連當初自己的盟友都沒有放過。
趙高雖然大權在握，但他也害怕大臣們聯合起來反對他，為了達到自己徹底專權的目的，為了試驗大臣對他的真實態度，趙高精心策劃了一起在此後曆史上遺臭萬年的政治事件：指鹿為馬。
在公元前207年，即秦二世三年，在一次朝會上，趙高弄來一隻鹿作為禮物獻給胡亥，對胡亥說這是一匹好馬。
胡亥聽了不禁笑出了聲：“丞相怎麼開這樣的玩笑，這明明是隻鹿，你怎麼說是馬呢？”
“皇上您對事物的認知尚淺，這不是鹿，是馬，皇上再仔細看看。”趙高說道。
“這的確是鹿啊”秦二世胡亥有些疑惑但又堅定的說。
趙高仍然堅持說是馬，胡亥便問在場的大臣們。大臣們因為害怕趙高的權勢，又不知道趙高葫蘆裏賣的什麼藥，很多人便隨聲附和著說是馬。但也有其他人說是鹿，有的裝聾作啞。
“你看不僅咱倆弄不清楚這個問題，滿朝大臣也弄不清楚呢，有的說是鹿，有的說是馬，這究竟是什麼呢，我覺得這就是鹿啊。”秦二世胡亥向趙高問道。
“老臣老眼昏花，這的確是馬不是鹿，皇上您是對的，老臣錯了。”說完，便讓人把鹿牽下去了。