很久很久以前的超古代，作為寶可夢世界錦標賽冠軍的小智重新踏上了旅程，在更加漫長的歲月曆經著各種精彩激烈的戰鬥。在許多年後，無邊無際的宇宙中都流傳著他的名字。
傳聞中，他找到了究極異獸的故鄉，登臨過專屬於火係精靈的維蘇威火山，與穿梭在宇宙中的賽爾號擦肩而過。留下的傳奇數不勝數，就在整個寶可夢世界都在為這一位訓練家之王而歡呼時，一道光芒降落在星球上，殺死了無數的人類，隨後一切都戛然而止，在後來漫長的歲月中就連小智的名字都被僅剩的人類列為禁忌。
“阿爾宙斯，你要將小智帶到哪裏去？！”
無垠宇宙中，一道閃爍黃色霹靂的電老鼠盯著一頭璀璨神聖的四腳獸。他的身後，站著一群人，有背負水手裏劍的水藍色頭發男子、渾身燃燒著火焰的少年、有戴著墨鏡的鄰家大叔、頭上戴著一個猶如月牙般的葉片的女孩……，這些人隻有一個目的，帶走共同的夥伴。
“怎麼？！”
“你們要為了一個人類與浩大的精靈神殿開戰嗎？！”
璀璨神聖的四腳獸下一刻化作人形，背後呈現一道神環，猶如太陽神般，宇宙無敵。他大手一揮，時間龍——帝牙盧卡出現，怒吼一聲令在場的人都控製不了自己的歲月，身軀不斷變化每一個階段。
“阿爾宙斯，不要一意孤行。”
此時，那群人中，一道綠色的身影出現，利用時空之力破解帝牙盧卡的招式，正是同樣可以穿梭時空的精靈——雪拉比！
“哼，執迷不悟的是你們！”
“隻要我吞下他，一定可以帶領你們打進那個世界！”
阿爾宙斯不屑，另一隻手抬起，空間龍——帕路奇亞登場，一聲怒吼，直接將雪拉比放逐！
“胡帕！”
“將小智還回來！”
一聲胡帕，宇宙中頓時生出一個金色大圓環，被放逐的雪拉比被釋放了出來。出手正是擁有六隻手臂的幻之寶可夢——胡帕，解放了自己全部的力量！他脾氣很暴躁，直接對阿爾宙斯出手，施展異次元猛攻！
“愚昧！”
“既然如此，你們全部都陪他去死吧！”
阿爾宙斯憤怒了，反轉龍——騎拉帝納出現，直接對上胡帕將他拉進反轉大世界戰鬥！隨後阿爾宙斯的軀體發光，十八塊石碑飛出，化作各大係的自我，衝進人群之中大殺四方，三聖劍精靈直接被打穿，聖劍破裂。三聖鳥都在尖叫，羽翼被撕裂！
首當其衝便是皮卡丘，他縱身躍出，變成了人形在閃電中與電係阿爾宙斯大戰，他今時不同往日，已經是比肩頂尖神獸的雷神，一身黃色鬃毛倒豎向天空，就算是同為電係神獸的捷拉奧拉都自愧不如。
鳳王與洛奇亞聯手攻伐阿爾宙斯的本體，兩隻超級神獸都在流血，阿爾宙斯的力量登臨頂峰，其創造與毀滅之力十分強烈。蓋歐卡、固拉多兩隻精靈原始回歸與火係阿爾宙斯與水係阿爾宙斯大戰，裂空座一聲怒吼，進入超級狀態，一條尾巴砸飛一頭神獸，他已經被神血染紅了，看起來十分的猙獰。
轟隆！
阿爾宙斯身後的精靈神殿開啟，不曾見過的神獸出手，飛出來數百尊堪比神獸的存在，其中有究極異獸、有人類、有亞比。其中的強者出手將兩位夢之神獸打得崩潰，找不到形體，最有一片羽毛飛舞！
道之三龍對視一眼，選擇了究極融合，化為一體，雷電、火焰、寒冰的力量席卷宇宙，無數的星辰被打爆。他們瘋狂飲血，鳳王和洛奇亞敗下陣來，究極的道之龍與阿爾宙斯大戰，令後者的創世神環都在震動。
在另一片戰場，雷神——皮卡丘終於擊敗了電係的阿爾宙斯，他幾乎力竭，看向還在竭力奮鬥的甲賀忍蛙與烈焰猴等人，他們沐浴神血，有些是敵人的，有些是自己的。他們修行的歲月太短了，很難與修行了無盡歲月的老怪物對抗，要想贏得勝利，這是最後的機會，必須救回小智，所以隻能選擇拚命！
黃金水手裏劍砍下一頭巨獸的腦袋，甲賀忍蛙與皮卡丘對視了一眼，兩個並沒有語言交流，又殺向了下一個敵人。
“吼！”
索爾加雷歐的在怒吼，他與露奈雅拉遭遇了不可對抗的大敵，已經瀕死，最後的目光投向了皮卡丘，他們作為日與月的神獸，與小智也結下一段緣分。另一邊戰場，釋放了究極波導彈的路卡利歐猛地回頭，眼角滴下淚，但他沒有過多的猶豫，與下一個敵人戰到了一起！
“索爾加雷歐，露奈雅拉將你們的力量借給我！”
皮卡丘也與那個大敵遭遇了，同樣不是對手，對方太恐怖，擁有接近阿爾宙斯的力量，皮卡丘大吼，身體被劈開，索爾加雷歐與露奈雅拉沒有猶豫將最後的力量全部交給了皮卡丘！
“拜托你了，一定要救出小智！”
隨著一聲囑托，兩道龐大的身影徹底消失了，皮卡丘的身體極具變化，日與月的力量彙聚，與雷電交織化作混沌雷，他再次與那個人爆發了大戰，這一次他不輸於對方，憤怒到極點，將對方撕開，劈出兩半！！
“吼！”
十八塊石碑的力量飛回了阿爾宙斯的體內，他的戰力迅速暴漲，令終極的道之龍望塵莫及，再也不能夠對敵！
“你們都是我創造的！”
“竟然敢忤逆我，賜你們死亡！”