在占領了喀什之後，在阿古柏的扶持之下，布素魯克迅速在新疆建立起了新的政權--“哲德沙爾汗國“，意即“七城汗國“，表明了一統南疆七大城（一般認為是喀什、英吉沙、葉爾羌、和闐、阿克蘇、庫車、烏什）的野心。
阿古柏對新疆局勢的介入，令其他幾個新疆大勢力甚為擔與反對。但是這並沒有影響到阿古想要一舉吞並新疆的野心。八月下旬，阿古柏與葉爾羌的阿奇木伯克尼亞孜給定，由其為內應，攻下葉爾羌。
但是阿古柏的計劃並沒有成功，當阿古柏的一萬大軍突入到葉爾羌城的時候，遭到了葉爾羌城內全民皆民的惡劣形勢。阿古柏在葉爾羌巷戰之中受創，狼狽不堪不堪地逃出了葉爾羌。但是阿古柏的壞運氣仍然沒有結束，他回軍的途中再次遭到了前往葉爾羌救援了庫車和卓熱西丁的大軍。阿古柏軍心渙散，再次大敗，無可奈何地逃回了喀什。
進攻葉爾羌失敗的阿古柏仍然不甘心，他回到喀什之後，一麵調整自己的戰略重心，將目標鎖定在由清軍占領的幾個小城之上，一麵強迫占領地區域百姓皈依到伊斯蘭教之下，如果遇到不服從的人，阿古柏會毫不留情地將其殺害。
除此之外，阿古柏還將伊斯蘭教的法典《沙裏阿特》為哲德沙爾汗國的最高法典，實行殘酷的血腥統治。他還規定，所有的沙集延人是喀什地區的上等人，是這裏的統治者，向喀什百姓收取沉重的稅賦。
在阿古柏進入新疆不久之後，英俄又開始鼓動布哈拉汗國向周邊地區進行侵入，以達到其接近距離威脅新疆的目的。但是很不幸的是布哈拉汗國大敗，丟失塔什幹，約7000名殘部在玉努斯江率領下逃入新疆投奔同族阿古柏。
阿古柏因此實力更加強大。在修整了近兩個月之後，阿古柏再次出兵葉爾羌與和闐兩城。這次有了同族的幫助，阿古柏在獲全勝。然而就在阿古柏為自己即將達到了目標而欣喜若狂的時候，一直就不甘心被阿古柏立成傀儡的布素魯克在喀什由金相印支持之下，發動了兵變，豈圖從阿古柏的控製之下擺脫出來。
得到消息的阿古柏大怒，頓時率領兩萬多大軍回攻喀什。布素魯克率兵反擊，但在阿古柏強大的攻勢之下，布素魯克僅僅堅定了四十一天，便以失敗告終。布素魯克被阿古柏逐回了浩罕。隨後，阿古柏又扶持了布素魯克的堂兄卡塔條勒即位。
鹹豐二十二年，同樣不甘心做阿古柏的傀儡的卡塔再次在喀什發動兵變。這次阿古柏沒有像對待卡塔的堂兄布素魯克那樣，將其逐出，而是直接將卡塔毒死在喀什。喀什之後，阿古柏再次出兵向阿克蘇進兵。
此時的阿古柏已經實力強大，而由於葉爾羌與和闐的失守，熱西丁已經到了窮途末路，鹹豐二十二年初，熱西丁被阿古柏擊敗，阿古柏占據了阿克蘇等許從城池。此時南疆除了庫車之外，幾乎都在阿古柏的統治之下。
接連不斷的勝昨讓阿古柏越發的驕縱起來。鹹豐二十二年五月，阿古柏認為自己的威望已經不再需要重立傀儡來幫助自己在新疆站穩腳根了，於是他廢除了哲德沙爾汗國，自己稱汗，在喀什建立了洪福汗國。自稱“畢特勒特“暨“洪福無量的人。
同時阿古柏在新疆建立洪福汗的時候，他也在相方設法與英俄兩國接觸。他知道無論自己在新疆的實力多麼的強大，沒有洋人的支持自己的洪福汗國遲早有一天會被大清的大軍蕩成平地，而他的“無量洪福“也就到頭了。
而隨著阿古柏在新疆的不斷勝利，大刺激了英俄兩國。他們開始頻頻與阿古柏接觸。洪福汗國建立不久，英國印度總督便派出使節，承認洪福汗國的政權，並且與阿古柏簽定了“英阿條約“，從阿古柏那裏取得了一係的優惠待遇。
而作為回報，也為了讓大清的新疆更加混亂，英國人向阿古柏再次提供了大量的新式武器裝備，並且還向阿古柏的洪福汗國互相派遣大使。
而同樣不甘落後的俄國也與英國人做出了相同的舉動。阿古柏與俄國簽定了“俄阿條約“以百分之二點五的關稅為代價，換取了俄國人對洪福汗國的承認。
得到大批援助的阿古柏再次出動了大軍，他首先將原陝甘起義叛軍的白虎彥擊敗，並將其殘部收編入自己的大軍，其後，阿古柏向吐魯番發動了進攻，豈圖徹底占據整個南疆，切斷大清與北疆以及河西走廊之間的聯係。