此外目前高校在就業指導中存在就業心理指導工作人員專業知識和能力達不到學生要求，同畢業生溝通和指導不夠，畢業生信息來源渠道不暢，對學校就業政策、工作流程缺乏了解等問題。這些問題對於畢業生掌握就業技巧和方法，提高擇業能力，實現充分就業將產生不利影響，無形中也降低了就業競爭力。
三、農林高校的人才培養的學科優勢和專業特色有所削弱
農林高校的學科優勢和專業特色有所削弱。我國高等教育體製從上世紀90年代起發生了曆史性變革，在中央決策下，除少數高校繼續留在原主管部門管理外，其餘國務院各部門主管的高校大部分劃歸屬地管理，少部分獨立或合並後劃歸教育部管理，基本結束了行業部門舉辦高等教育的曆史。到1998年，教育部主管的高校由原來的34所增至44所，其中新增的10所具有行業背景的高校；2000年後，教育部主管的高校又進一步增至72所，其中大多數為具有行業背景的高校。然而在隸屬關係變化後，如何在學科建設、科研基地建設以及人才培養等調整與規劃中保持和加強行業特色與優勢，成為行業特色高校共同建設的重要問題。目前，在這些高校的發展中出現了趨同化的趨勢，有的行業特色高校盲目追求綜合化發展，對傳統的行業特色專業進行了不科學調整，甚至有的專業被撤銷，導致特色學科核心競爭力削弱。目前，在這些高校的發展中出現了趨同化的趨勢，有的行業特色高校盲目追求綜合化發展，對傳統的行業特色專業進行了不科學調整，甚至有的專業被撤銷，導致特色學科核心競爭力削弱。
同時，隨著隸屬關係的變化，盡管教育部和行業管理部門與原行業管理部門采取了許多積極措施，簽訂了如共建等協議，但是實際上，行業主管部門與原行業特色高校之間的溝通不斷被弱化，行業主管部門對原行業特色高校具有行業特色的學科建設、學術發展方向、科技創新能力的指導和扶持逐漸減少，影響了行業部門後續科技人才的培養和新技術的創新。行業特色高校劃歸教育部或地方後，主管部門的變更和職能的變化，也使有些行業特色高校在為行業服務的意識上不同程度地出現了“弱化”現象，服務的主動性也有所降低，這樣勢必導致高校難以真正介入行業內的一些重大工程和科技創新活動，這樣不利於高校參與解決行業共性關鍵技術，從而使高校難以發揮推動行業科技進步的作用。
新時期國家出台了很多關於農林方麵的保護政策，國民產業中的一二三產業中對農林都有涉及。由於各方麵的原因，農林高校培養目標似乎都不願意突出其行業特色，各專業的培養目標與其他非農林高校沒有區別。農林高校對學生的培養大都建立在理論基礎的學習上，很少把學生的知識應用和新農村建設聯係。農林高校的培養模式過於單一，麵向基層、麵向農村和林區定向招生和培養模式被認為過時，而麵向農林行業企業的“訂單式”培養模式不能很好地開展。結果是新農村建設急需的高級人才十分缺乏，而本應去基層和農村就業的畢業生卻在城市找工作，這種情況十分不利於農村的建設和發展。
四、教育資源、經費投入等辦學條件的不足
如前所述，行業特色高校來自原所屬部委的政策支持和經費投入明顯不足，隸屬關係的轉變使得原行業部委對於這些高校的支撐弱化，直接投入迅速減少，政策的傾向性有所改變，經費的減少和政策的轉變在很大程度上限製了行業特色高校繼續為所屬行業服務能力的發揮和加強，進而影響並製約了行業特色高校的可持續發展和綜合創新能力的提高。同時，由於擴招，高等教育大眾化導致生均實驗室麵積和儀器設備嚴重缺乏，教育經費緊張使部分陳舊老化的儀器設備無法更新，課外實踐、實習和創業安排更是走走套路。大多數高校教師數量嚴重不足，師生比過低，再加上教師本身的教學和科研工作任務繁重，沒有時間和精力進行教學改革、教學研究和創新教育，難於保證對學生進行因材施教。由於曆史原因，農林院校相對於其它綜合性大學而言，其基礎設施、辦學條件等都較差。再者，農林科的大部分專業是艱苦專業，學校為了吸引和鼓勵學生報考這類專業，減免了這類專業學生的學雜費，造成了學校辦學經費的相對不足，難以及時更新和改善辦學條件。現在各高校都普遍反映教育經費的短缺及基礎設施提供的不足，而充足的辦學經費，良好的設備、儀器，豐富的圖書資料，先進的通訊網絡設施等對於培養適應新農村建設所需的應用型、創新型人才具有重要的基礎性作用。
五、大學畢業生非理性的就業觀
社會需求瞬息萬變，而高校招生與社會需求結合不緊密，使得學校的人才培養與社會需求往往不吻合，社會急需的人才數量較少，而社會不太需要的又供過於求。具有專業優勢的大學生對於就業可以信心十足，對工作的要求也就高些，而對於沒有專業優勢的大學生，就會降低要求，千方百計地去就業，甚至學無所用，影響正確就業觀念的形成。另一方麵，我國大多數高校招生實行“誌願定專業”製度，這種製度使不少大學生用寶貴的大學時間學自己不喜歡的專業，而後果往往是很難學好，以後麵臨著再次改變專業的問題，這不能不說是一種巨大的損失。