在絕號機傳送走後，NERV也開始了行動
明日香並沒有死亡，但她的情況也不好多少
細胞組織侵蝕的痕跡雖然已經消失，但不能確定是否遭到使徒的精神汙染，所以隻能先隔離明日香了
另一邊，真嗣被碇源堂叫到了麵前
真嗣站在陰暗的房間裏，周圍亮著燈光
“違反命令，這是犯罪，對此你有什麼要說的嗎？”碇源堂對真嗣說道，那說話的語氣好像一點也不關心這件事，好像在處理一件小事一樣
“是的，我以後再也不要駕駛eva了”短暫的安靜過後，真嗣說道
“是嗎？那就滾吧”碇源堂說道，說話的語氣還是那樣
真嗣轉過身，正想離開，碇源堂突然說道“又想逃走嗎？”
“為了實現願望要有犧牲一切的準備，要用自己的力量來實現，而不是靠別人給予”碇源堂繼續說道
“真嗣，成熟些吧”
“我根本不明白什麼是成熟”真嗣說完便離開了這裏
碇源堂依舊是一動不動，眼鏡閃著白光，就這樣看著真嗣離開了
另一邊的貞原在從東二他們那裏得知真嗣要離開的消息後有點懵逼
什麼鬼？真嗣要走了？為什麼？因為被“殺死”的朋友嗎？如果這樣的話我就又失去一個朋友了，為什麼？
在失去一個朋友之後貞原已經不想再失去了，可是現在告訴他真嗣要走了，雖然他可以跟真嗣一起走，但東二和劍介他們和美裏等朋友怎麼辦？
煩！
另一邊，真嗣已經收拾好行李準備離開了
在真嗣收拾好行李後，美裏叫住了他
“我想你也明白的吧，就算注銷了你在NERV的注冊信息，還是會監視你的，你的行動會受限製”美裏說道
美裏拿出了真嗣的隨身聽“你忘帶東西了，鈴原和相田給你留了言，貞原和他們都很擔心你”
“我不需要，我不準備帶著它”真嗣說道
“麗和明日香的事你也不問了嗎？”
“說實話，什麼人類什麼世界我都無所謂，雖然最後我還是站在了這裏，但最初我是為了接近死去的父親，才申請加入了NERV”
“就像你想獲得碇司令的認可，去駕駛eva一樣，所以我在你身上看到了自己，我知道這樣可能會讓你很累”
“我也理解你心灰意冷，不願意再駕駛eva”
“但我還是希望你……”美裏伸出手想拉住真嗣，真嗣卻走了幾步躲開了，同時也走出了美裏家
見自己的手沒有拉到真嗣，美裏緩緩放下了手
“我已經，無法對任何人笑了”真嗣說完就離開了這裏
在真嗣離開的時候，緊急事態通告響起
真嗣聽到後說了一句“使徒”
此時之前被封印的二號機正在解除鎖定
旁邊站著一位戴著紅色眼鏡的女生，此正在穿一件粉色的戰鬥服
此時，月球上
一位白發少年穿上了黑色的戰鬥服，白發少年的身下是一個從來沒見過的eva，正是六號機