1946年3月28日，在日本千葉縣山武郡千代田村，石井俊二的葬禮在村子裏持續了三天。這已經不是他第一次“死”了。
就在1945年7月，日軍在全球各條戰線節節敗退之際，石井意識到日本敗局已定，連夜給731二十餘個分部下達命令，要求銷毀所有的罪證，殺掉所有的活體試驗者，實驗數據和報告盡數上交。
“一旦被俘，你們必須自殺！”石井下達最後命令，並給每位731部隊成員發放了劇毒的氰化鉀，“你們要將731部隊的所有事情統統帶進墳墓。”
日軍在東北連連潰敗，石井便親自策劃、自導自演了一出逃跑前的鬧劇。他炸毀了細菌研究中心的“四方樓”，占地15000平方米細菌研究室、實驗室、監獄和解剖室都被夷為平地。處理人體和動物屍骸的3個焚屍爐燒了三天三夜，才將監獄裏的平民全部燒成灰燼。大部分731部隊的士兵眼看逃不走了，都選擇服毒自殺了。
當蘇軍抵達東北，對關東軍發動全線進攻時，卻發現成為一片廢墟的關東軍防疫給水部隊。斷壁殘垣間，橫著一堆堆自殺的日本士兵屍體，數百隻老鼠和成群的蟑螂四處亂竄。在一棟未完全炸塌的庫房裏，居然發現了數百枚石井式細菌陶瓷炸彈。而在一間坍塌的房內，發現了石井俊二的屍體。
由於爆炸燒傷及房屋倒塌，屍體麵部和身體大部已焦黑難辨，隻有未燒毀的肩章領章表明，這就是石井隊長。
然而，盟軍駐日最高統帥部對敵情報部門一直暗中調查，尋找包括石井俊二在內的731主要戰犯。1946年3月10日，在新宿一家叫作“邦邦女郎”的藝伎旅館內，情報部門的中國籍情報員向華南發現一名酩酊大醉的日本人很可疑。此人身高一米八，這在個頭矮小的日本人中極其罕見。兩撇八字胡變成了長短不一的絡腮胡，平頭變成了偏分，淩亂的中長發加上一副黑色圓框眼鏡，像是一個落難的學者。
眼尖的向華南一下辨認出，這就是臭名昭著的731部隊惡魔頭目石井俊二，於是立刻將他逮捕，帶回分部。還未經怎麼威脅，石井一下就招認了。
1946年3月16日下午三點，位於東京的日本遠東國際軍事法庭上，幾名帝國法警將失魂落魄的石井中將押進了審訊室，進行預審。
“石井俊二，你們用了多少活人進行細菌和生化武器實驗？”中國首席審判官田為民問道。
石井俊二戴上眼鏡，拿出一個筆記本，翻了翻說：“細菌試驗，3850人；毒氣試驗，2450人。”
“你們在中國投放了多少次細菌與化學武器？造成了多少人死亡？從實招來！”田為民又問道。
石井俊二又翻開筆記本，麵無表情地念道：“1941年4月，晉冀魯豫邊區，投下400公斤鼠疫菌，15.6萬人死亡；同年6月，湖南常德，投下50公斤鼠疫菌，8500人死亡；1942年7月，南京戰俘營，我們將100公斤注射有傷寒菌的大餅給中國戰犯食用，傷亡不太清楚。此外，還在浙江等地投放了炭疽菌、霍亂菌細菌彈……”
“把所有試驗資料都交出來。”田為民聽完石井的罪狀供認，義憤填膺地瞪著這個殺人不眨眼的魔鬼。
“資料？我們全部都銷毀了，不想再被人拿去害人。”石井茫然地望著前方，並沒有看向田為民。
“銷毀？你們還有這麼慈悲的心？不想拿去害人？你們已經害了這麼多人了！”田為民說著站起身，走到石井麵前質問道。