雖然反抗軍成功從新阿爾卡迪亞軍的襲擊中逃脫，但仍有不少士兵在那場戰役中犧牲
然而在反抗軍成功逃脫沒多久之後
“雖然我們成功逃脫了，但是X現在還活著。。。”雪兒頓時滿臉擔憂
“那麼，隻有X毀滅了，你才會高興起來嗎。。。”Zero嚴肅的看著雪兒
“或許是這樣吧。。。不過，事情遠比我們想的要複雜”風塵此時也是陷入沉思
風塵思考著之前遊戲的劇情流程，估摸著再過一會兒X就會以電子精靈的形態出現，畢竟這個時候他的身體還在乾坤樹那裏封著黑暗精靈呢，更何況X有一半身體已經破損了
“我會打倒他的，告訴我他在哪兒”不等風塵多思考，Zero就決心去打倒“X”
“我們就算有新阿爾卡迪亞內部的坐標，也無法突破嚴密的安全係統”雪兒深深的歎了一口氣
就在此時，一個帶著彩色環帶的電子精靈飛了過來
“我已經成功破解了新阿爾卡迪亞傳送機的安全係統，你們可以過去了”眼前電子精靈緩緩的說道
“你？你是給我光劍的那個人？！”Zero頓時感到他身上那熟悉的，充滿善意的光芒
“你，你是叉。。。”風塵把剛想說出口的話又憋了回去，畢竟隨便透露信息可能會改變整個劇情流程的變化
“你應該就是另外一個傳說中的機器人吧”眼前的電子精靈緩緩開口道
“你是誰？為什麼身上散發著著充滿善意的光芒？”風塵故意裝傻
“你是Zero的新夥伴吧，那麼就麻煩你多關照Zero了”
“好，好的”
“Zero，你一定要破壞那個和我長得很像的的複製體，一定要用全力將他摧毀！”隨後眼前的電子精靈就離開了
“等一下，你是。。。這不可能”雪兒感到震驚，隨後喃喃自語道
“他有沒有說現在就能用傳送機”Zero問道
“是的，他說了”雪兒有些出神
“你不用擔心我們，我們能保護好這裏”戈爾伯肯定的說道
“還有我呢，有我在，我能保證這裏的安全”風塵信誓旦旦的回答道
“那就拜托你們了，我出發了”隨後Zero跑到附近最近的傳送機，啟動了傳送
隨後傳送機將zero傳送到了神殿的副殿位置（從主殿攻進去會被八審官群毆，這裏是唯一能直通核心區域的近道）
“這裏就是新阿爾卡迪亞的內部嗎。。。”Zero從傳送機室出來觀察著四周，環境非常優美，大量的鳥群從空中飛過，神殿看著讓人非常莊重，神殿的上方是一座高塔，看上去非常宏偉，但對Zero來說，這些都不重要的，隨後他一路前進，清除路上的機械犬和機械鷹以後，順著懸浮台爬上了神殿二層，出現在Zero麵前的是兩個類似機械兵的雕像，但不知為何，突然觸發了警報，兩個雕像正在不斷抖動，仿佛要從裏麵蹦出什麼來
隨後Zero頓時感覺到不妙，立馬跳出兩個雕像中間的範圍，果然兩個雕像往中間的位置不斷攻擊，隨後變成了兩個飛行的機械兵
“發現未知機械體入侵，抹除！抹除！”
“看來又有麻煩了”Zero冷眼的看著眼前的兩個機械兵
兩個飛行的機械兵朝著zero不斷用機槍射擊，Zero及時用回旋盾擋下並配合光劍的蓄力斬攻擊著眼前的機械兵
“受到攻擊，進入強化模式”隨後這兩個飛行機械兵的機槍變成了大炮，並且移動速度變得更加迅捷，Zero頓時感到有些吃力
“剋，一定有什麼辦法能解決這兩個家夥”隨後Zero不斷閃避的同時觀察著四周
Zero經過不斷觀察，發現這些機械兵並沒有本體意識，而是通過一個遠程的發信器進行控製的，然而發信器的位置相當刁鑽，想要破壞它，必須讓那兩個機械兵同時撞在一起，才能給自己爭取足夠的時間