有一個世界，無論是城市，天空，還是海洋裏，都生活著一種很奇特的生物，它們被人類叫做是“神奇寶貝”。
一種可以生活在“精靈球”中具有特殊能力的生物。它們與人類在這個世界上一起生活著，可以說，在這個世界生活的每一個人都與這群可愛的生物有著密不可分的關係。
這些神奇寶貝們是人類最真誠的朋友，它們生活在這個世界的每一個角落，有一百隻？兩百隻？三百隻？……神奇寶貝的數量和由來，一直都是人類引以為奇的，所以，有很多很多的科學研究者們，都在對神奇寶貝們進行著大量的研究。
而有更多的人，也與神奇寶貝們一起旅行，冒險，並互相比試和競爭著，這些人，被叫做是“神奇寶貝訓練師”和“神奇寶貝協調師”，而這個故事，就是從這個神秘而又奇幻的世界開始的……