“報告，紫色EVA機體被醛酚樹脂包裹起來了，紅色EVA機體在地下湖湖底。”SEELE指揮官向高層彙報著。
“向湖底發射魚雷，摧毀紅色機體。”SEELE高層對於二號機的興趣似乎並不是很大。擁有S2機關的初號機，才是SEELE的重點關注。
EVA的身體構造雖然和使徒別無二致，但使徒擁有S2機關，為使徒的身體源源不斷地提供動能。而一般的EVA要通過外部電源為機體提供動能……
NERV地下湖湖底，龐大的二號機靜默在此。插入栓中，明日香臉上的表情顯得十分痛苦。使徒帶來的精神攻擊，摧毀了這個傲嬌的女孩最後一絲傲氣，徹底擊垮了明日香的心理。明日香此時已經無法再和二號機同步，喪失了戰鬥能力……
隨著湖麵上的戰艦逼近，NERV指揮部中每個人的神經都繃的緊緊的。SEELE發現二號機的位置了，而二號機卻無法進行戰鬥……此時的二號機猶如待宰的羔羊，在湖底等待著終結……
“馬上切斷駕駛員和EVA的神經鏈接。”NERV指揮部的高層立刻下令。
“已經沒用了，MAGI原型機被攻擊了，我們失去了對NERV操作係統的控製權了。”負責NERV超級計算機MAGI的研究員滿臉沮喪的對指揮說道。
“難道要眼睜睜地看著二號機和明日香慘死在炮火下嗎？”指揮用拳頭狠狠地砸向控製台，第二適格者即將犧牲，這讓在場的人無不掩麵哭泣。
“初號機被醛酚樹脂封印住了，也無法投入戰鬥。”悲哀的聲音在指揮室裏傳響。NERV的毀滅似乎已經成為定局了，多年的心血最終全部化為虛無。憤怒和不甘，此時寫在指揮室裏每個人的臉上……
地下湖湖底，明日香的精神世界顯得混亂不堪……
“我還活著？”明日香的意識逐漸蘇醒著。一發魚雷自湖麵而下，在二號機的身旁炸開。一瞬間無數發魚雷自上而下，傾瀉在二號機的身體上……
“啊啊啊...”明日香在二號機的插入栓中，發出淒慘的嘶喊。明日香和二號機的神經鏈接並未切斷，二號機所受到的傷害，原原本本的傳輸到明日香的身上，讓她的身體感受到撕心裂肺的疼痛……
“我不想死，我不想死……”明日香的靈魂一直呼喊著，身體感受到的傷害，使明日香逐漸恢複的意識又變得模糊。
“希望你活下去。”明日香的心底傳出另一個聲音。
“我不想死。”
“不準死，不可以死，不會讓他們殺了你的……”心底裏另一個聲音逐漸變得溫柔。在明日香的腦海中，開始閃過一些畫麵……
“媽媽？原來你一直在我身邊？”
NERV指揮室裏，眾人聽著明日香的慘叫，逐漸紅了眼眶。這個表麵堅強的女孩，心靈是那麼的脆弱，可她依然拚盡全力，駕駛著二號機與使徒搏鬥，守護人類最後的希望……一些女研究員掩麵哭泣，她們是如此心疼這個女孩。
“恢複控製係統的事情交給我。”赤木律子突然出現在指揮室。作為NERV首席技術官，她完全有資格說這樣的話。
她慢慢打開超級計算機MAGI的保護蓋，爬進這個龐然大物。MAGI的內部，是一顆人的腦髓。這顆腦髓上插滿了鏈接線，赤木律子將電腦的數據線插入腦髓上的接口：“母親，再幫女兒一回吧。”
為了MAGI的絕對安全，MAGI的控製中樞換成了人腦，而這顆腦髓的主人，正是赤木律子母親——赤木直子。赤木直子，才是MAGI的實際掌控者，她的靈魂，儲存在MAGI的內部。
赤木直子的靈魂，才是MAGI真正的安全係統。
赤木律子將電腦與腦髓相連，與母親的靈魂進行交流……赤木直子在MAGI中，以三個人格的形式存在著，分別是科學家、女人、母親的三個人格，在一般決策中，遵循少數服從多數原則，特殊情況決策采取一票否決原則。
“申請中央控製係統權限。”赤木律子向MAGI發出請求。MAGI中存在的三個人格相互討論，對申請進行審核。
科學家的人格投出反對票，女人的人格投出支持票。赤木律子此時感到十分的緊張……她在心裏祈禱著：“母親，求求你幫幫我。”