這時候除了留下了近千人的部隊，守住了登州城的南城門和南城牆以外，吳世恭和劉澤清的部隊被全部趕出了登州城。這麼小的城池，擠進了這麼多的明軍，攻打水城的時候施展不開啊！
吳世恭和劉澤清是一身輕鬆。對於他們倆來說，這次圍剿登萊叛軍的作戰可以說已經是結束了。孔有德的叛軍也根本沒有翻盤的機會了。所以這倆人就象是現代足球場上，大比分領先的球隊換下來的球星一樣，滿臉輕鬆地坐在場邊指點欣賞著接下來的作戰。
而等到登州城內的明軍把一切都安頓好了以後，已經近黃昏了。我們也知道了，在明朝，挑燈夜戰的故事是幾乎不可能發生的，所以明軍就準備著明天的攻城。
但是明軍並沒有閑著，因為叛軍的大意，登州城內靠近水城城牆的房屋都沒有拆除，可以給明軍的行動以掩護。所以遊擊劉良佐親自領兵，暗中率人潛入靠近水城城牆的永福寺（現在蓬萊閣景區的一個景點），從中挖地道至城下，準備明天在地道裏裝填火藥，炸塌水城的城牆。
而登州城內的叛軍也沒有閑著，他們加緊地把人員和物資裝上船，並且把以前孫元化購買的，架設在水城裏防禦水麵敵軍戰艦的二十門六磅和十二磅的西洋火炮和大量的小炮、鷹銃和火銃裝上船。
趁夜出海雖然危險，但是叛軍也顧不得了。他們裝滿一艘揚帆一艘。還好，艦隻的數量是足夠了。登州港內原有明朝水師的主力艦隊，加上被詐降蒙蔽被斬的孫應龍帶來的戰船，足以使這支龐大的隊伍逃脫。
黑夜就是叛軍逃亡行動的最好掩護，當東方大海的海平麵上升起了一輪朝陽的時候。登州港外已經開出去了六十幾艘叛軍的艦隻。
而這時候的吳世恭正在休息呢，當他聽到觀察水麵的汝寧軍探子向他稟告以後，吳世恭毫不猶豫地命令：“山頭上的神舟炮架好了沒有？叫他們立刻開炮。”
在平時吳世恭是有著無利不起早的壞習慣，但是如果隻是舉手之勞，吳世恭也不介意給友軍一些幫忙的。
而這一次經過葡萄牙軍官指點的燒紅炮彈的發射，引起了叛軍巨大的恐慌。汝寧軍現在也隻有四門二磅的神舟炮，打中艦隻的炮彈那就更少。但隻要炮彈一打到艦隻，炮彈附近的木板都會燃燒起來。而在甲板上取水又很不容易，有兩艘叛軍的船隻的火勢就失去了控製，熊熊地燃燒了起來。
燃燒船隻上的人急於換船。港內的船隻急於出港，整個叛軍都是大亂。
孔有德大聲命令道：“叫少公子快些過來。所有的船都起錨。等到少公子他們一上船，立刻開船。”
孔有德口中所稱的“少公子”，就是毛文龍的兒子毛承祿。他現在也是叛軍的一位武官。而因為他的身份，孔有德和耿精忠總是把毛承祿安排得比較妥當。
可是昨天晚上確定駐守水城城牆和最後一批撤退的叛軍的時候。叛軍的武官們又進行了一次抽簽。而這次抽簽誰也不敢玩作弊了，毛承祿倒黴。抽到了這個斷後的苦差事。
可就在這時。一聲巨響，水城倒塌了一段近十丈的城牆。孔有德也顧不得了，他立刻下令道：“開船！開船！給少公子留下五艘空船。其他的船全部出港。”
一艘艘船隻從狹小的港口入口處擠出了登州港。船隻的碰撞也引起了一些船的損傷。好不容易孔有德的船出了登州港，遠遠地看著明軍從水城城牆的缺口源源不斷地湧入，孔有德仿佛有些自言自語地說道：“隻有聽天由命了。”
孔有德的這句話不知道是說還沒有上船的毛承祿，還是說他自己。雖然其他叛軍的武官大多數想找個島。做個逍遙的島主，可是孔有德和耿精忠已經準備投靠後金了。但是他們這些東江鎮的人和後金軍撕殺了這麼久的時間，雙方都有著血海深仇，這時候的孔有德確實不知道自己投降後的命運將會如何。
攻入水城的明軍動作很快。毛承祿被活捉。其餘一千多守水城城牆的叛軍大多數被擒被殺。但仍有一部分叛軍退守登州城海邊的丹崖山，準備做困獸之鬥，（丹崖山上有宋代修建的蓬萊閣、蘇公祠等名勝古跡）。
朱大典對最後這支叛軍隊伍並沒有斬盡殺絕，他派出了宋把總這些反正的叛軍武官對他們進行勸降，叛軍大部下山投降，一部分人投海自殺。登州城終於收複了。
而這時候駐守在皮島、旅順的明軍總兵黃龍率領的水師也趕到了。水師對叛軍的艦船進行了截殺，叛軍武官陳光福被俘。叛軍艦船又損失了七艘。