戰國時代
元年前32年
森之千手一族和宇智波一族分別誕生了一個天賦異稟的小孩子——千手柱間和宇智波斑。在這個充滿戰亂和仇殺的戰國時代，大量平民甚至小孩子也被卷入戰爭，忍者和國民的平均壽命隻有30歲。
千手柱間的兩個年幼的弟弟千手瓦間、千手板間在戰場上被殺害。宇智波斑的家裏原本也有五兄弟，但隻剩下了宇智波泉奈一個弟弟。在相同的時代背景和成長環境下，兩人誕生了相似的理想，命運牽引著兩人相識相知。
千手柱間和宇智波斑小時候便在河邊打水漂相識，在不透露姓氏的規則下他們成為最好的朋友，互相切磋忍術，暢談人生理想。在殘酷的戰亂時代成長的兩人，從小就立誌成為強大的忍者，建立起能保護孩子們免受戰爭之苦的理想村落，徹底改變這個戰亂的時代。
但是，背負著森之千手和宇智波命運的兩人，不得不堅持家族的立場，兵刃相見。兩個家族持續對立，互相廝殺，直到兩人成長為各自家族的領導人。
在兩族對抗的過程中，宇智波一族逐漸陷入劣勢，斑的弟弟宇智波泉奈也在戰鬥中被千手扉間用飛雷神斬重創，隨後不治身亡。部分厭倦了戰鬥的宇智波族人開始投靠千手一族。渴望和平的柱間向宇智波一族發出了停戰協議。但身為族長的斑因弟弟的死亡而被仇恨所支配，覺醒永恒萬花筒寫輪眼後向柱間發起了決鬥，這便是第一次終結穀之戰。
大戰後柱間再次向身為族長的斑提出停戰結盟的請求，斑被柱間求和的誠意所打動，爭鬥多年的宇智波一族和千手一族自此停戰言和，結成聯盟。
火影元年
千手柱間和宇智波斑在昔日玩耍的火之國森林深處的斷崖下，建立起了新的村落。斑為村子取名木之葉忍者村。
“木”指的是能使用木遁的千手柱間所代表的森之千手一族，“葉”指的是家紋為扇葉形狀的宇智波一族。村子首領的名字由柱間命名“火影”，寓意為暗中保護火之國的忍者首領。
猿飛、誌村、日向等大家族紛紛加入聯盟，村子迅速壯大，成為火之國中最強大的組織。木葉村與期望領土安定的火之國取得合作後，形成了國家與村子地位對等的製度。
世人對木葉村的建立給予很高的評價，一國一村的製度被各國迅速效仿。雷之國-雲隱村、土之國-岩隱村、水之國-霧隱村、風之國-砂隱村相繼成立。不隻是五大國，許多小國也紛紛成立忍者村。
木葉村成立後不久的木葉5年，宇智波一族的人漸漸完全融合在木葉和平的氣氛中，斑失去了向心力，無法號召宇智波一族。某夜，與柱間交談後，離村出走。
五大國忍者村初步建成後，在柱間的推動下，五大國忍者村首領進行了第一次五影會談。千手柱間承諾將尾獸均衡分配給各大國忍者村，收受方以金錢作為回報，五大忍者村以此達成協議，國與國之間的紛爭逐漸平息。
第一次五影會談奠定了忍者世界進入“一國一村”時代後的基本格局。
尾獸的分配情況如下：
風之國·砂隱村：一尾 守鶴（砂隱村原有）；
雷之國·雲隱村：二尾 又旅，八尾 牛鬼；
水之國·霧隱村：三尾 磯撫，六尾 犀犬；