這件事兒提醒善耆，稅務衙門要把緝毒、禁煙擺在自己工作的重要位置上。經過深入查訪，善耆終於找到了煙販子的蛛絲馬跡，他的屬下丁士源確認，大太監李蓮英在暗中組織販運煙土。
善耆本想把這個大案奏報朝廷，但是他不願意給老佛爺添亂，討個沒趣。因為這時候(1901年2月)，慈禧正在根據列強的要求降旨懲辦參加反洋教的王公大臣:賜載勳自盡;載漪、載瀾發配新疆，永遠監禁;毓賢即行正法;剛毅革職;董福祥革職降調;英年革職，斬監候;徐桐、李秉衡革職，撤銷恤典。
看到幾位曾經和自己一起隨扈西行的人，竟落到如此田地，下場如此悲慘，善耆的心一時也好像落入冰冷的冰窖裏。朝廷的事情讓善耆憤慨，但是他挽救大清江山於腐爛的決心依然。
善耆很快從孤寂、憤慨的陰影中走出，下令對於大案和要案一定一查到底，不管查到誰，哪怕是天王老子也要查。善耆腰杆子就是硬，因為他無私，他能身體力行，滴水不沾。他常常以沒有幹一件對不起祖宗的事情而自豪，他是朝廷內外公認的清官。
有善耆撐腰，好較真兒的丁士源，表現出他和腐敗勢不兩立的氣派，勇敢地捅了馬蜂窩，把李蓮英的大煙沒收了。此案當年曾經震懾京城內外。有人說，各行各業都出個肅親王，國家自然就得救了。有人說，等著瞧吧，善耆早晚要倒黴，李蓮英一定下毒手整治他，太後老佛爺不會護著肅王。預言家說:“不出一年，肅王準保被拉下馬。”
1901年9月7日，清政府與十一國代表在北京簽訂《辛醜條約》，帝國主義從政治上、經濟上、軍事上控製了清政府，中國徹底墜入半殖民地半封建社會的深淵。
10月2日，慈禧再次下達懿旨，表示“變法自強”的決心，在袁世凱、張之洞、劉坤一等封疆大吏推動下，晚清“新政”開始啟動。
10月6日，慈禧一行由西安啟程返回北京。在返京途中，在開封發布懿旨:撤去溥儁大阿哥封號，令其立即出宮。
1902年1月8日，慈禧回到北京。慈禧以女元首的身份會見各國駐華使節，她第一次撤掉掛在麵前的簾子，露出了她那飽經風霜的老臉，熱情地接見各國外交使節。
慈禧為表彰善耆的扈從有功，賞戴三眼花翎，但是卻免去了善耆的崇文門稅務衙門監督的職務，補正白旗侍衛內大臣。
善耆離開崇文門稅務衙門後，朝中有人要拿辦丁士源。善耆聞訊立即送丁士源到英國留學，使丁士源躲過了一劫。從此，丁士源成了肅親王的親信，得到肅親王親屬的待遇，後來憲東兄弟們都尊稱丁士源為丁大哥。
被調離崇文門稅務衙門，是善耆意料中的事情。中興大清的渴望依然在善耆胸中燃燒，而且越燒越旺，他沒有感到失落。善耆懷抱著更大的期待，相信報效朝廷的新機遇一定會出現。