拳民和清軍對太後的“明攻暗保”的懿旨把握不好分寸，攻打使館和教堂的活動時斷時續，一直到北京淪陷都沒有攻下。自作聰明的慈禧對善耆說過，聯軍隻有那麼幾百來號人，怎麼能打不下來?那是她想嚇唬洋人，又不想得罪洋人，為了求和擺的陣勢罷了。
原來慈禧太後手裏揮舞的是“恐嚇與安撫”並用的招法。初涉權力中心的善耆，麵對慈禧太後朝秦暮楚的懿旨和朝廷的種種決定一時摸不清看不透，他找不到準主意，不知道怎麼對付洋人，隻能隨波逐流，聽慈禧太後的吆喝，朝廷說往東他不往西。
經過不斷折騰，善耆逐漸弄明白了，太後怕洋人，壓根兒就不敢得罪洋人。善耆還探明，朝廷的重臣背後都有列強做自己的後盾，重臣們也怕洋人，也都找洋人做靠山。
圖:日本侵略軍在肅王府東阿思門廢墟上(1900年8月)
肅王府處於慈禧太後布設的戰場的中心地段，與日本使館相鄰。善耆原以為靠著使館會比較安全，可惜，日本公使館此時是自身難保。不久，拳民燒毀了日本公使館，清廷的武衛軍也向日軍開槍。7月前後，日本公使館四周的地帶，全部都被義和團和武衛軍所占領。當時各國聯軍的水兵和雜牌兵加起來也不到400人，日軍的兵力嚴重不足，槍支也不夠用，個別人根本不能打仗。陷入絕境的日本駐華公使館武官柴五郎中佐親自到肅王府拜見善耆，說明日軍隻有進入肅王府才能有效防禦。善耆知道朝廷並不想得罪洋人，更不想消滅洋人的軍隊，如果日軍被全部消滅，將來也會引起麻煩。
準許日本人進入王府，是善耆的一步臭棋。日軍躲進王府內，肅王府立即成了義和團和清軍攻擊的重要目標，這是善耆始料未及的。王府的東、西、北三個方向，槍聲大作，子彈好像雨點一樣紛紛落下。戰火首先燒毀了肅王府周邊的民房，夜晚火光照射著王府如同白晝。肅王府東北角一度被拳民突破，王府祠堂首先起火，然後金碧輝煌的正殿也被摧毀，東阿思門被夷為平地，花園一角被炮火擊中。為了躲避戰火，善耆帶領家人逃出了王府。
與外界隔絕的日軍，慌忙構築工事，打開了肅王府的庫房，搬出了庫存的一切可能用於修築工事的器物，包括各色貴重的綾羅綢緞。日本兵戲稱肅王府的防禦工事為錦繡台，並讚賞善耆傾力協助日軍抗擊義和團的無私“義舉”。善耆引來日本人，毀了王府，但得到了日軍的歡心，鬼子認為善耆是“心中隻有國家、民族利益而沒有個人利益的高尚的人”。