大會熱烈討論了同盟綱領。恩格斯向到會代表詳細地闡述了他與馬克思創立的科學社會主義理論，為大會起草了一份包括二十二個問題的《共產主義信條草案》。在這份文件中，恩格斯分析了資本主義社會的基本特征，指出由產業革命推動的資本主義的發展，使階級關係發生根本的變化，兩個新的階級逐漸並吞所有其他階級。這兩個階級就是：一、大資本家階級，他們在所有先進國家裏幾乎獨占了生活資料和生產資料；二、無財產者階級，他們僅僅為了換得生活資料，不得不把自己的勞動（力）出賣給資產階級。與奴隸和農奴不同，無產者不是某個主人的奴隸，而是整個資產階級的奴隸。恩格斯指出，共產主義者的目的是，把社會組織成這樣：使社會的每個成員都能完全自由地發展和發揮他的全部才能和力量；為了達到這個目的，必須廢除私有財產，代之以財產公有；這種財產公有必須“建立在因發展工業、農業、貿易和殖民而產生的大量的生產力和生活資料的基礎之上，建立在因使用機器、化學方法和其他輔助手段而使生產力和生活資料無限增長的可能性的基礎之上。”[118]恩格斯強調指出，革命不是隨心所欲製造出來的，共產主義不能通過任何密謀來實現；但我們也看到，世界上幾乎所有國家的有產階級都用暴力壓製無產階級，因此，無產階級必須采取革命的方式來捍衛自己的解放事業。
經過熱烈討論，許多代表讚同恩格斯的觀點。鑒於公開宣布同盟原則的意義重大，代表大會認為必須十分慎重，不應操之過急。因此決定把《共產主義信條草案》發給各級地方組織進行討論、修改、補充，使其具有更高的科學性和穩定性。
共產主義者同盟第一次代表大會取得了重大成就，但同盟改組工作才剛剛開始。代表大會以後，為鞏固大會成果，擴大同盟影響，馬克思、恩格斯做了大量工作。1847年8月5日，布魯塞爾成立同盟支部和區部，馬克思當選為區部主席。同時，馬克思、恩格斯還爭取和掌握了《德意誌——布魯塞爾報》，利用這份每周出版兩期的德文報紙作為宣傳共產主義的工具。新成立的同盟中央委員會也積極開展工作。他們向各地組織寄發《通告信》和有關文件，通報代表大會的成果；派出特使到一些國家傳達大會精神，幫助各地組織開展工作；出版《共產主義雜誌》試刊號，向盟員進行共產主義教育；加強與地方組織的聯係，組織盟員討論同盟章程和《共產主義信條草案》，等等。經過同盟中央的努力，各地組織逐步健全，工作有所開展。但是，同盟改組工作也遇到很大阻力。一些地方組織思想混亂，許多人仍未擺脫魏特林主義、真正社會主義和蒲魯東主義等冒牌社會主義的思想影響，對科學社會主義一無所知；一些地方組織反對代表大會決議，對同盟中央提出的要求不予理睬，等等。在這種情況下，迫切需要召開一次新的代表大會，統一盟員思想，鞏固同盟組織，擴大第一次代表大會的成果。
同盟中央的領導人認識到，要克服組織內部的思想混亂，要製定一個科學的綱領，要建立一個真正的無產階級政黨，必須依靠馬克思、恩格斯。他們從《英國工人階級狀況》、《哲學的貧困》等著作中，從恩格斯在第一次代表大會的活動中，從馬克思直接領導的布魯塞爾支部和區部的工作中，充分了解馬克思、恩格斯理論觀點的正確和組織工作的堅強有力。因此迫切希望馬克思、恩格斯親自參加大會。
1847年11月29日，共產主義者同盟第二次代表大會在倫敦開幕。馬克思、恩格斯親自出席大會。恩格斯當選為大會秘書，並與馬克思一起在大會上就科學社會主義原理作了精彩的發言。經過長時間的辯論，馬克思、恩格斯的學說得到來自各國的工人代表們的擁護，“所有的分歧和懷疑終於都消除了，一致通過了新原則”。[119]大會委托馬克思、恩格斯起草一份公開發表的共產主義宣言。
根據各地盟員討論的情況，大會修改和通過同盟章程。其中第一條以更加準確的文字表達了同盟的目的：“推翻資產階級政權，建立無產階級統治，消滅舊的以階級對抗為基礎的資產階級社會和建立沒有階級、沒有私有製的新社會。”[120]
恩格斯在大會上的活動，給人們留下深刻的印象。當時第一次見到恩格斯的列斯納寫道：“恩格斯身材魁梧勻稱，舉止敏捷穩健，談吐簡潔有力，氣概英武，好像軍人一樣。他是一個非常樂觀的人。他的詼諧都非常中肯。凡是和他接觸的人，立刻就會得到一種印象：這是一個天賦極高的人。”[121]