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日軍停止進攻的半個月，給了吳克寶貴的接收整頓時間。韓複雖然讓出山東，但吳克想要真正接手山東卻並不是容易的事情。
山東情形過於特殊，水泊梁山的影響在山東無處不再，因此山東人尚武、好鬥由來已久。清末民國初山東又為各派勢力輪番占據，並在此大量征兵。張勳複辟後的流兵散勇、以及袁世凱倒台後軍閥混戰，張宗昌這個以白俄軍土匪起家關東響馬主政山東，橫征暴斂導致民不聊生。而山東人尚武善戰的特性，也讓各係勢力不斷來山東征兵，軍閥混戰的結果是，這些被征士兵大多在軍閥倒台後回到鄉土成了閑散人士，最終這裏成了土匪的沃土。即使在國民政府完成名義上的統一後，山東匪患依然，韓複雖主政山東七年，但匪患不改，且已經形成大大小小的幾十個勢力團夥。
韓複部撤出山東，這些耳目靈通的土匪立刻又活動起來，企圖在日軍以及吳克部隊熟悉山東之前劫掠一番。這半月期間，各地紛紛告急，一些村寨民團不斷為大股土匪所圍，吳克因為這些土匪竟不得不從緊張的兵力中，派出兩個山地旅四處撲擊。
然而這些土匪中很大一部分很有特色，幾乎與關東馬賊相當，出則騎馬，一人一槍，行動快速。兩個山地旅才開始給這些馬賊重創，但後來馬賊感覺到吳克部隊。攻擊調動迅速以及火力凶猛異常，根本不是他們所能抵擋的，因此開始每攻一地，即在周圍布下大量探馬。吳克部隊一到，他們立刻轉身逃跑或隱匿於山間民陌。
所謂“賊行如鼠，兵行如牛”，且這些土匪團夥“兵少則聚。兵多則逃”，第一個星期以後，雖各地土匪襲擊村寨、城邑地情況得到控製，但兩個剿匪旅的戰果卻急劇下降。隨著剿匪的深入，尖兵以及情報人員發現，有些民團竟然與土匪相互勾結，不僅給土匪送槍還勾結土匪劫掠其他村落以擴大自己的勢力。
如此混亂地情勢簡直讓吳克不能專心應敵。土匪可以清剿，民團卻實在是一件很傷腦筋的事情。匪患不除，民團就不能取消，但現在這些民團大多已經變質。不取消就要整頓，否則民團與土匪勾結，必將給老百姓帶來災難。,更新最快也不利於自己在山東抗敵。
“，看來抗敵的同時還要進行一場剿匪大戰！命令情報部門立刻搜集所有大小土匪之資料。尤其其主力聚集地點方位。”
吳克為土匪困擾，對鄉村工作開展緩慢，憤怒之中命令自巢城調來兩個預備旅參加至齊魯剿匪行列。情報部門以重金在民間收集有關土匪聚集地的情報。隨著沂山、蒙山、箕屋山等地土匪聚集地逐漸顯示在吳克案頭地地圖上時，一個借此練兵的計劃出現在吳克的腦海中。
這些土匪之所以能得以大量存在，一方麵主要因為政治混亂，各地勢力不能對鄉村山地進行很好控製，另一方麵也是這些土匪大多在群山之中選擇險地據守，如清剿部隊戰鬥力稍若還真很難取得戰果。同時這些土匪行動迅速，善於偽裝以及山林崗地作戰，一些土匪槍法、騎術、以及武術皆非常高明，非常難以圍捕。
不過根據這兩個星期的情報估計，這些土匪總量已經讓吳克大吸一口冷氣，十幾萬，竟然有十幾萬的土匪！大的土匪群聚眾過萬，小的土匪群也有成百上千，另外還有在幾省交界的流匪以及小排不上號的土匪一大堆。
這麼多的土匪讓吳克斷然下手去剿滅，吳克非常為難。這些土匪畢竟也是中華兒女，大多也是在這亂世之中為生計所迫，其中也不乏有頗多俠肝義膽義氣非凡之輩，自己當年在巢城不是也相當於土匪起家麼，當年民國最奇特地綁架案中，津浦線土匪幾千人劫持幾十個洋人，為的竟然是讓北洋政府招安。這樣的土匪還能叫土匪麼，一群為生計所迫地人而已，就此一刀切一定會誤殺很多不該殺的人。不過，為了地方安全，土匪一定要剿。自己地部隊經過擴編以來，訓練時間不到兩個月，戰鬥力與以往根本不能相提並論，各部將領都對指揮這些兵力作戰感到擔心。因此吳克決定自皖中每次以兩個旅入齊魯剿匪，而齊魯駐軍以一個旅為主力，其他各旅分別以營為單位輪番參加剿匪。
同時為盡量減少國力損失，吳克在剿匪展開同時，命令宣傳隊伍到處張貼公告，對土匪群也采取了招安措施。不過吳克所在招安通告中明示，所有招安土匪必須接受部隊重新改編參加抗日行列，各土匪頭目不得以要求擔任部隊職務為條件。