為確保“愛心民居”工程項目“能修好”，利州區專門成立了澳門“愛心民居”工程領導小組，圍繞全區災後重建總體方案，根據城郊、河穀地帶、山區等三類區域的地域特點和經濟發展水平，分類製定了“愛心民居”工程項目實施方案。邊遠山區推行全木結構和磚木結構建房；河穀走廊公路鐵路沿線以一樓一底磚混結構為主；城郊地區以一樓一底或二樓一底磚混房為主。所有“愛心民居”宅基地都經國土、建設等部門組織專業技術人員評估，避開地質災害隱患點。規劃建設部門按照《四川省農村居住建築抗震設計技術導則》設防標準，編製了《農村住房恢複重建通用施工圖集》，共15類建房戶型供建房農戶選擇。在山區大力推廣建設抗震強、周期快、成本低的輕鋼結構、木結構住房6萬餘戶，既彰顯了小青瓦、粉白牆、人字頂、木門窗的川北民居特色，又戶均節約資金3萬元。對建房質量全程監督，明確各級黨政“一把手”為“愛心民居”建設第一責任人，集中安置點統一建房實行監理員製度；全區培訓農房重建技術人員392人，抽派17名技術骨幹到各鄉鎮（街道）巡回檢查指導。
為確保群眾能“修得起”，利州區及時兌現“愛心民居”工程項目補助資金。對住房重建涉及的林業、國土、建設等審批事項，一律實行費用全免、手續簡化、集中審批。對因地質災害搬遷異地安置的重建戶，按每戶5000元給予場平補助。對165戶特困戶住房重建實行“交鑰匙工程”。區財政通過向信用社“存入擔保資金放大10倍”的方式，為重建戶提供貸款4.2億元。同時，整合扶貧、移民、以工代賑、安居工程等項目資金支持農房重建。針對全區災後重建全麵鋪開建材缺口巨大的情況，利州區成立了建材特供領導小組，建立建材特供機製，協助建材企業滿負荷生產，同時抓緊新建16個磚廠、10個采砂點，增加市場供給。在機磚最緊缺的時段對外調磚給予0.1元/塊的運輸補助，全區累計外調機磚8100萬塊。
在實施重建過程中，利州區群眾堅持“自己的事情自己幹”，各地集中安置點普遍通過群眾“一事一議”決定建設模式、施工方案、資金籌集和管理等事項。白朝鄉采取10～20戶組成互助小組等形式，組織群眾相互幫建，解決建設力量缺乏的問題。貧困村災後恢複重建的“馬口樣本”核心就是村民自主決策、“參與式”重建。龍潭鄉將“民主管理”思想引入村道建設，創造了一個純農業鄉一年修建105公裏水泥村道的“民主修路模式”。
為高質量建好澳援交通重建項目，早日讓群眾走上“致富路”，2009年5月9日，利州區交通局專門組織項目中標單位法人代表、項目經理、現場負責人及監理公司負責人，召開澳門援助交通災後重建工程開工動員大會。參會人員宣誓：把澳門援助利州區交通災後恢複重建作為一項重要工作來抓，利用災後重建契機，把廣元—天台山—三堆、陵江—寶輪快速通道、寶珠—清河公路建設好，向澳門同胞交上一份滿意的答卷。
利州區盤龍鎮為如期完成6個村16個村民小組90戶農房拆遷，保障澳門援建陵寶快速通道項目順利實施，成立了協調領導小組，組織了一支能力強、業務精、熟悉農村工作的征地拆遷隊伍，實行分片、分段、分村組、分戶包幹製。負責拆遷工作的幹部不分節假日，不分上班下班，不分白天晚上，以攻堅克難的工作態度保障了工程順利實施。
為搞好澳援教育項目的實施與管理，利州區教育局成立了澳門援建工作領導小組，分解目標，落實責任，倒排工期，狠抓落實。寶輪中學、城北職中、東城實驗學校三所澳援學校均設立了專門的項目小組，堅持“節約每分錢，用好同胞的每分錢”，對建設資金、建設質量和建設進度進行全程監控。城北職中還特意聘請了具有綜合甲級資質的北京中華建規劃設計有限公司進行規劃設計。