2004年3月28日，以色列國會下屬的一個特別委員會公布一項報告，以空前嚴厲的措辭對摩薩德和軍情部門的工作進行了指責。主要罪責包括：提供了關於伊拉克擁有大規模殺傷性武器的不準確情報；對於利比亞曾試圖發展核武器並儲藏了4.4萬磅芥子氣的情況一無所知；對近年世界各地發生的多起針對以色列人的恐怖襲擊事件，沒有提供有效的情報支持。
特委會提出，應該將以色列三大情報機構摩薩德、辛貝特和阿穆恩重新調整分工，由辛貝特負責國內安全情況調查和反間諜工作；摩薩德將大部分情報搜集工作轉給軍事情報局，使軍情局由原來單純搜集軍事情報轉為在全球範圍內搜集情報；而摩薩德今後的主要任務將是在世界範圍內開展特別行動，包括消滅針對以色列和西方的恐怖組織、抓捕恐怖分子頭目以及摧毀其擁有的大規模殺傷性武器等。
“冷戰”結束之後，由於國際形勢發生重大變化，以色列當局也對其諜報機構進行了調整，保留了情報與特殊使命局摩薩德、軍事情報局阿穆恩、國內安全總局辛貝特和外交部政策計劃與研究中心等機構。其中，情報與特殊使命局摩薩德是以色列實施對外諜報戰爭的骨幹力量；國內安全總局辛貝特承擔著以色列的反間諜和軍事情報專項搜集任務。幾十年來，在以色列眾多的情報機構中，摩薩德一直處於龍頭老大的地位。
從1977年開始，為了協調各情報機構的工作，以色列建立了由各情報機構負責人和各方麵的總理顧問組成的“安全事務委員會”，在摩薩德局長的主持下，每兩周開會一次，直接向總理彙報情況。從此，摩薩德長期處於中心地位，對其他情報機關的活動起著指導與協調作用。幾十年來，每星期三下午4點，各個情報機關的頭目都要到摩薩德的總部舉行例會，進行交流與協調。而這樣的例會一般都由摩薩德的首腦主持，由摩薩德局長直接就整個情報體係的工作向總理彙報。
半個多世紀來，摩薩德不僅在以色列國內眾多的情報機構中一枝獨秀，占盡風光，就是在國際情報機構的同行裏麵，摩薩德同樣是傲視群雄，不可一世。摩薩德那隻讓人恐懼的無影之手，可以觸及世界的任何一個角落。遠赴阿根廷擒拿納粹元凶，奔襲烏幹達解救人質，轟炸伊拉克和敘利亞的核反應堆，從伊拉克前總統薩達姆的眼皮底下將50卷價值連城的猶太教珍本古籍偷運出境……哪一樣不是如探囊取物，手到擒來，且不說摩薩德當年成功地盜鈾、盜圖紙、盜快艇的輝煌，單是成功“盜尿”而滴水不漏的故事就足以讓人刮目相看。
英國《星期日泰晤士報》披露，當年在美國西弗吉尼亞州謝潑茲敦舉行以、敘曆史性和談之際，摩薩德曾與約旦特工組織合作，在敘利亞總統阿薩德赴約旦參加國王侯賽因葬禮時，竊取了他的尿樣，以判定他的健康狀況，其目的是讓兩國政府提前為發展阿薩德之後的以敘和約敘關係做好準備。
1999年2月，約旦國王侯賽因去世，一貫很少出國的阿薩德總統一反常態，親自率敘利亞政府代表團飛赴安曼參加葬禮。他的尿樣正是在此期間被以、約特工竊取的。
現代醫學的發展使我們可以通過人的尿樣獲知幾乎全部重要的健康信息。在各國政府首腦和要人的健康狀況都被列為高度機密的情況下，竊取尿樣就成為獲得其健康信息的非常手段之一。摩薩德對阿薩德的健康狀況最為關注。1998年7月，阿薩德總統在法國動手術，摩薩德當時就曾通過阿薩德醫療小組中的一位猶太醫生偷取阿薩德的病曆。以色列和約旦兩國這次竊取阿薩德的尿樣，是想判斷他還能活多久，兩國將據此調整外交政策。
為達到目的，約旦方麵為阿薩德總統準備了一個供他單獨使用的衛生間，當阿薩德提出如廁時，保鏢就將其領到這個衛生間，在那裏，他的尿樣不是流入下水道，而是流入了一個儲尿罐。就在阿薩德乘專機回國的同時，他的尿樣也被空運到特拉維夫附近的特爾·哈舍默醫學中心。很快，醫學專家的鑒定結果連同情報機構的報告就擺在了以色列總理的辦公桌上。報告說，阿薩德的健康狀況正在惡化。阿薩德除患有心髒病外，還有糖尿病和泌尿係統癌症，化驗顯示他的尿道有癌變的跡象，每隔幾個月就須入院換血；更重要的是，以色列病理學家和生物化學家發現，其尿樣中含有止痛藥的成分，這表明阿薩德的病情正在惡化。71歲的阿薩德的健康狀況已經日薄西山。他沒能出現在以、敘和談會場上的唯一原因就是他的健康。
摩薩德竊取的情報成功地為以色列調整自己的外交政策提供了參考。
精湛的技藝和高超的手段讓摩薩德名震世界，更讓摩薩德特工在世界的任何一個角落幾乎是如入無人之境，就連美國白宮那種戒備森嚴的地方，都成了他們經常光顧的場所，讓美國中央情報局也難奈其何。
摩薩德內部有一個代號為“飛箭”的特別行動隊，它專門對付國外的高級機要部門。摩薩德前特工曾坦言：世界上沒有哪個國家的使領館他們不曾光顧過，這種行動幾乎每周都有。隻要國家利益需要，“飛箭”指哪兒射哪兒，不管對象是誰。新“版本”的“白宮間諜案”說得更是有鼻子有眼。據曾參加過“鑽入白宮”行動的以色列前特工透露，打入白宮屬於絕密中之絕密，即使一些摩薩德高級官員也無從知曉。
據稱，以色列首次對美國總統“下手”是1974年。當時以政府急於了解剛剛上台的福特政府計劃向沙特出售早期預警飛機的有關情況。以政府擔心，一旦沙特擁有此型飛機，以色列空軍在中東地區的一切行動必將被阿拉伯國家了如指掌。
以色列認為，在卡特、裏根和布什時代，從當時的總統國家安全顧問布熱津斯基到國務卿詹姆斯·貝克都有親阿傾向，因而這些人都曾成為摩薩德定期“光顧”的對象。
1985年，美國聯邦調查局挖出了在美國海軍情報部門中為以色列提供情報的猶太間諜喬納森·波拉德。波拉德至今仍被關在美國獄中。以色列先是死不承認，直到事情水落石出後才勉強為波拉德承擔責任，給他以色列國籍，並多次要求美方釋放波拉德，但美國方麵就是不給麵子。1985年，美國海軍情報官員帕納德因向以色列出賣情報而被捕。在18個月中，帕納德共向以色列提供了上千份敏感文件，許多情報屬於絕密級別。美國最後判帕納德終身監禁，美以關係一時陷入低潮。
波拉德雖然落網，但以色列的間諜行動根本沒有偃旗息鼓，反而不時傳出使美國首腦出一身冷汗的報道。據有關消息說，波拉德隻是奉命到具體地點將有關情報偷出來的執行者，而指示他偷出“可堆滿一屋子”秘密情報的幕後指揮者究竟是何人一直是個謎。人們相信，目前仍有個代號為“米加”的間諜活躍在白宮裏，此人比波拉德厲害得多。
對於以色列竊取美國高層機密的事，美國也或多或少知道一些。1997年，美國安全部門截獲了一段摩薩德官員通過以駐美大使館與其在特拉維夫上司的電話後，懷疑在白宮中確有以色列特工。美國司法部和聯邦調查局遂開始進行秘密調查，但始終沒有查出個所以然。
摩薩德利用高技術進行情報收集，其水平之高，全球難有與其比肩者。美國白宮堪稱壁壘森嚴，但對以色列電腦高手來說，鑽進去也隻是小菜一碟。美國白宮、國務院的電話，甚至克林頓總統的電子郵件，摩薩德均能獲取。
盡管摩薩德聲名顯赫、戰果輝煌，但是長期以來，以色列高層對摩薩德的讚譽，也助長了它的驕橫和大意，使它在幾十年的間諜活動中，不乏失敗的記錄，也有特別尷尬的醜聞。
以色列出版的《1947年到1993年的以色列戰爭》一書披露，在1973年第四次中東戰爭前，埃及一個“雙重間諜”用錯誤的情報欺騙了摩薩德，使以色列軍隊在埃及和敘利亞等國軍隊的突然襲擊麵前措手不及，在戰爭早期遭受了慘痛打擊。該書引用以色列軍事情報局的消息說，這個埃及間諜是埃及政府的一位高級官員，據說還是當時埃及總統薩達特的親信。20世紀70年代初的一天，他在英國訪問時，與以色列駐英使館的摩薩德特工接上了頭，表示要向以色列提供情報。摩薩德特工在核實了他的身份以後，大喜過望，答應了他以金錢換情報的要求。不久，這個間諜提供的情報源源不斷地被送到以色列總理、國防部長、總參謀長和軍事情報局局長的案頭，使以色列及時了解了埃及的許多情況。
根據這位間諜的情報，以色列得知，埃及總統薩達特1971年3月訪問蘇聯時曾要求蘇聯提供包括飛毛腿導彈在內的新式武器，蘇聯人雖答應了埃方的要求，卻遲遲不向埃方供貨，使薩達特回擊以色列的戰略計劃落空。以色列因此鬆了一口氣，認為埃及“根本沒有能力向以色列發動一場愚蠢的戰爭”。事實證明，這個埃及間諜提供的情報是準確的，久而久之，他成了摩薩德信得過的“王牌間諜”。
但是，這名埃及間諜所負的特殊使命實際上是埃及特工部門安排的。埃及方麵通過他，故意向以色列方麵透露，埃及將在1973年5月15日向以色列發動進攻，為此埃及在當年春天舉行了一次大規模軍事演習，並征召了預備役人員。摩薩德從其他渠道也證實了這個消息，於是以色列宣布全國進入戰時總動員。雖然後來埃及軍隊沒有發動進攻，但摩薩德還是對埃及間諜的情報堅信無疑。
同年8月19日，以色列軍隊出於同樣的原因再次進入了緊急戰備狀態，但埃及軍隊還是沒有發動進攻，兩次備戰使以色列官兵疲憊不堪，直接造成經濟損失達4500萬美元，以色列方麵開始認為，埃及不過是在虛張聲勢，不敢向以色列發動進攻。就這樣，埃及和敘利亞等國在以色列沒有防備的情況下完成了戰備部署。