皇太子真金一直仁德，聽說崔斌等人被判死罪，急忙派屬下的飛毛腿去阻止，可惜已經來不及了。一時間遠近憤怒，民怨沸騰，益都千戶王著秘密鑄了一把大錘，與僧人高和尚謀計，要殺掉阿合馬。正好趕上皇太子跟著元世祖去了上都，留下阿合馬守燕京，王著就派兩個僧人到中書省，假稱太子要做佛事。結果被侍衛高觿、張九思攔下盤問，兩個僧人倉促間有些前言不搭後語，於是侍衛拿下他們審問，還沒有審出結果，樞密副使張易又假稱奉了太子的命令，率兵到東宮。高觿問他來意，張易對他附耳說：“太子有令，迅速誅殺左相阿合馬。”這話一出，幾個人似信非信，不得不派人出迎。王著派同夥冒稱太子，見一個，殺一個，奪路衝進健德門。這時已到二更天，王著來到東宮，傳喚文武百官，阿合馬揚鞭騎馬而來，王著手下的黨羽將他推落下馬，斥責他欺君害民，隨即舉起銅錘砸他腦袋，阿合馬頓時腦漿迸出，倒地而死。張易等人隨後又殺死中書郝鎮，抓住右丞張惠，宮中頓時大亂。高觿、張九思開門喊道：“這是賊人叛亂，哪裏是皇太子？”隨即命令衛士迅速捕捉亂黨。留守布敦擊倒偽太子，亂黨四處逃散。高和尚逃去，王著被捉住。高觿等人立即派人稟告上都，元世祖聽完，立刻命令和爾郭斯回京掃除叛黨。和爾郭斯拿住了高和尚、張易和王著，全都斬首示眾。王著臨刑大喊：“王著為天下除害，今天雖死，將來必定被人紀念，我死也值得了！”
叛亂平定以後，元世祖返回燕都，還以為阿合馬是冤死的，準備加以撫恤。樞密副使孛羅曆數阿合馬的罪狀，元世祖這才恍然大悟，說：“該殺！該殺！隻是冤死了王著。”又命人剖開阿合馬的棺材，剁碎屍首，扔給野狗吃掉，百姓們都來圍觀，無不拍手稱快。阿合馬的家產都被沒收充公，並且抓捕他的兒子忽辛。忽辛當時為江淮右丞，被捕後，大臣全都質問他，忽辛卻指著大臣們說：“你們哪個沒有私分我家錢財，怎麼還來問我？”參知政事張雄飛問忽辛：“我曾接受過你家錢財嗎？”忽辛答稱沒有，張雄飛說：“如此說來，我應當問你！”於是元世祖派張雄飛審清忽辛的罪行，然後將其推出斬首。元世祖又聽說郝鎮結黨作惡，也下旨拋屍。右丞耿仁也和郝鎮同罪，押下大獄處死。其餘奸黨一律革職，共罷免了官員七百一十四人，撤銷官府二百多所，朝廷總算恢複了正常。
接下來元世祖勵精圖治，派都實探察黃河源頭，命令郭守敬修訂曆法，焚毀道書，管理海運，免除了燕南、河北、山東的賦稅。召衍聖公孔洙為國子監祭酒，創辦浙東學校，這些做法都是仁政之施，被傳為美談。
忽然有個福建僧人上奏，稱土星犯帝座，必須防止變故。元世祖本來就尊崇僧侶，曾拜拔思巴為帝師，皈依佛教。如今聽到福建僧人告知危險，自然迷信起來。元朝平定南宋以後，江南多盜賊。漳州人陳桂龍及侄子陳吊眼，起兵占據高安砦。建寧路總管黃華叛亂，占據崇安、浦城等縣，自號頭陀軍，改用宋祥興年號。福州人林天成也揭竿響應。廣州人林桂方、趙良鈐等人發動萬餘人占據一方，號稱羅平國，改用延康年號。雖然經各路元帥清剿和安撫，或殺掉，或招降，叛亂還是沒有平定。自從福建僧人告變之後，朝廷又聽說有中山狂人自稱宋主，召集一千多人，其中還有一個是原來南宋的丞相。京城也得到匿名傳單，上麵寫著“某日要燒掉蓑城葦，率領兩翼兵起事，定會成功，請丞相放心”等語！先前宋帝趙?被擄到燕京，封為瀛國公，與南宋宗室大臣都寓居在蓑城葦。傳單出現後，元朝就把蓑城葦撤去，把他們遷到上都。有人懷疑丞相指的是文天祥，元世祖於是召見文天祥。