神庭越近，時間過得越快，在九黎部落還不知道首領哪去了，還不來幫忙時，黃帝已經率領軒轅部落支援其實早就支離破碎的神農氏王朝，因為神農氏王朝就靠神農氏一人撐起。
黃帝出生時海角的應龍應氣運現世，很多時候黃帝隻是扮演運籌帷幄的角色，沒人知道黃帝實力如何，隻知道他是一個十分擅長用人的部落首領。
如果說炎帝是靠硬實力，蚩尤是靠戰術和先進的煉金技術，黃帝靠的就是以德服人和用人之道，周邊的人對他服服帖帖，而黃帝也沒讓人族失望，挑起大量，指揮應龍將天罡地煞一百多個惡神吞掉，並且親自擊敗應龍也不是其對手的燭九陰。
燭九陰是九黎部落這邊的，以前跟公共時殺了無數人，後麵跟九黎部落的蚩尤後也沒拋頭露麵幾次，所以本能的被黃帝認為是惡神。
燭九陰最後決定歸附於黃帝之下，一是因為應龍是他妹妹，另外就是首領不知道去哪了，他得有靠山，否則以他之前的所作所為，會被這個年輕氣盛，有王者之誌的軒轅氏給當場抹殺！
蚩尤再次出現時已經把絕大多數的惡神都給斬殺，共工這個勢利眼也對蚩尤表示臣服，眾人歡呼，而炎帝也最後一次輪回重生，中華三祖的名頭也就來了。
隻是蚩尤對惡神可謂是恨之入骨，為了確保人間不會再有瘟疫直接殺了瘟神，共工見到苗頭不對立馬又對曾經的主子炎帝表示臣服，並且叫炎帝為臣父，自稱為臣子，而炎帝還是性格太溫和了，說如果共工死了浩瀚海洋無人管，會吞噬所有人賴以生存的大陸，故此，公共活了下來。
隨後蚩尤號令天下部落來到雲夢澤，一一處決剩餘惡神，被包括神農氏王朝和新建的軒轅王朝在內的所有部落稱之為主兵之神，因為主兵戈，惡神都畏懼之。
並且立誌，神無道，人間怨，他勢必會殺掉諸神，贏得喝彩。
炎帝呢，繼續嚐百草，尋找在他眼裏能養得活適合大麵積耕作的靈根。
黃帝呢，大力發展生產，始製衣冠、建舟車、製音律、作《 黃帝內經 》
蚩尤開始一一殺向無辜善神，在除開九黎部落以外的部落裏，人們對主兵之神這種行為持保留意見，因為炎帝和黃帝分別所在的部落裏，都有人支持蚩尤，也有人覺得這是不對的，善神們都幫助過人類。
輪回女神為了讓炎帝再次輪回耗盡生命，雖說也有人認為是蚩尤或者共工所為，隻是沒有確切說法。
幸運女神曾是不輸給應龍的，黃帝的左膀右臂，但也被共工所擊敗，讓其餘惡神自由懲處，下場淒慘，但結局不知，徹底失蹤，黃帝尋找多年無果。
善神們不到十個了，隻能請求炎帝幫忙，因為在善神眼裏和她們交往最深的就是炎帝了，另外炎帝的好心腸可是聞名於天下。
有一說一，無論是在炎帝消失時不斷支援神農氏，還是因為炎帝出麵而得以保全的善神，主兵之神還真給足了炎帝麵子，不過黃帝就不一樣了。
黃帝和蚩尤都有爭奪天下的雄心，不過九黎部落是強盛時期，而主兵之神一心想要把神殺光，到最後愈演愈烈，主兵之神當得到共工這四姓家奴的幫助後決定徹底涿鹿中原，最多保留炎帝和他的薑姓部落。
四大主神和黃帝軟磨硬泡之下，加之炎帝勸解過蚩尤多次，善神之所以是善神是心腸軟，不會為禍世間，蚩尤認為神高高在上主宰世間萬物，它煉化了眾神長生不老，對神具有不包容心態，炎帝和黃帝終究是人，會有一死，卻也沒輪回女神讓他們轉世輪回了，種種因素之下炎帝選擇聯手軒轅部落擊敗蚩尤。
殊不知，黃帝有了更為瘋狂的想法，直接把九黎部落一鍋端！
若取天下，先滅人神第一的主兵之神，還世間太平，融合部落，教化萬眾。
此生不達該目的，縱使長生也枉然。