瑞瑞和小楠在學校裏參與了社團這個社團名字，就叫超人研究所。裏麵都是超人的粉絲，記錄著很多超人戰鬥的故事，分析怪獸搏鬥的特征。他們所在的學校更是有專門直屬大學的外星研究所的派來的老師。進入社團的門檻也很高，許多關於超人男女孩的問題，對於他們兩人來說，簡直輕輕鬆鬆，而且社團長也很喜歡他們，因為當他們打扮成超人時，特別像甚至之後社會活動要出表演，也打算讓瑞瑞和小楠擔任。因為之前也有超人幫助學校的傳說，學校對這個也很重視，而且除了穿校服，學校完全不排斥學生穿超人衣進入學校。當然，黑暗力量的餃紙也混在其中。
瑞瑞和小楠所在的超人研究所發現了一種可能對超人造成影響的物質——氪石，記載中不同的氪石對超人有不同的影響，這次降臨的綠氪石，不然不會讓超人失去超能力但可以對超人造成很大的傷害。他們立即決定前往調查，以便確保這種物質不會對超人男女孩們構成威脅。放學後，兩人變身成超人飛往隕石所在地。然而，當他們抵達現場時，發現氪石已經被人取走。
正在他們疑惑不已時，一個邪惡的機甲突然出現，機甲上裝配著綠氪石，這使得機甲對超人男女孩的傷害大大增加。為了保護彼此，超人男孩迅速將超人女孩撲開，自己卻承受了氪石重重的一擊。超人男孩痛苦地大叫一聲，艱難地招架著。
超人女孩意識到了那武器的強大，她一邊躲避一邊尋找進攻的機會。然而，她逐漸被壓製，最後被打在石頭上。機甲揮舞著劍朝她劈來，超人女孩艱難地抓住劍柄，機甲卻慢慢地將劍壓向她的胸口。就在這千鈞一發之際，超人男孩從身後抓住機甲的喉嚨，將機甲往後拉。超人女孩順勢向前，兩人一起控製住了機甲。
眼看就要控製住機甲時，機甲突然釋放出強大的氪石電流。這使得超人男女孩瞬間麻痹無力，被機甲一把推開。隨後，機甲將氪石電流充能到拳頭，超人男孩的能量棒遭到重重的一擊，並被狠狠按壓住。超人男孩痛苦地抽搐著。
機甲發射出氪石激光電流，打向剛站起來的超人女孩。超人女孩痛苦地摸著自己的能量核心，再次倒下。遭受折磨的超人男孩一次次掙紮著想站起來，卻一次次被氪石電流擊倒。幸運的是，機甲的能量也沒有多少，新裝備運用也不充分，因此機甲及時撤退，留下超人男女孩倒在孤島上。
餃紙發現了氪石對付超人男女孩的力量，下令手下繼續尋找各種各樣的氪石。幸好綠色的氪石並不會剝奪能力，隻是會造成較大的傷害。
經過一段時間，超人男女孩逐漸蘇醒過來，被擊敗後醒過來的超人男孩，仍然痛苦的撫摸著自己的能量棒。超人男孩在受到攻擊時，力量不夠，能量棒會受刺激，變粗變大，以便分泌出更多的能量液進入戰服讓戰服吸收能量液獲得更多力量，也會讓自己能量棒的弱點變得更加明顯，更容易受到受攻擊，受到攻擊更痛苦。超人女孩，是將轉化後超人男孩的能量液，成為自己的能量液，在遇難時從下麵噴出。這更有價值，也更有能量，但也會越用越少，缺少能量液也會讓身體進入保護狀態的虛弱。接下來每一次爆發都會讓身體變得更虛弱。
離開了這個孤島。他們深知，自己必須盡快找到其他氪石，以阻止黑暗力量的陰謀。
黑暗力量在探索中還找到了前輩超人留個超人男女孩的信息，一個找氪石和合成的裝置，對抗氪石的戰衣。隨後破壞這些還沒與超人男女孩融入（現在超人男女孩身上戰服也是身體一部分享受著能量回複）超人男女孩可以用來對抗氪石的戰衣。雖然氪石製武器可以一直用，但為了更好戰鬥每次黑暗力量借助氪石強化攻擊會消耗氪石，用裝置去尋找並生產更多種，更多量的氪石去對抗超人男女孩的氪石。