1927年2月28日，康有為離開法源寺後七個月，在梁啟超帶頭為他慶祝七十大壽後二十三天，死於青島。1927年4月28日，康有為死後兩個月，張作霖絞死李大釗、李十力等共產黨員二十一人於北京。其中李十力移柩法源寺。他臨上絞架前抬頭望天，含笑說的最後一句話是：“康先生，雖然絞刑使血流不出來，我也算先流了我們的血。”消息傳出，大家不知“康先生”何所指。1928年7月4日，孫殿英為了盜墓，掘了西太後墳。事後蔣介石揚言要查辦，但是，當蔣介石的新婚夫人宋美齡收了贓品，並把西太後鳳冠上的珠子裝在自己鞋上的時候，查辦之說，也就不了了之了。1966到1976年十年“文革”期間，紅衛兵為了“破四舊”，掘了康有為墳於山東。同一“文革”期間，也為了“破四舊”，袁崇煥的墳也給平墓毀碑了。不過，由於傳說棺材裏有個“金頭”，引發了“革命小將”的貪念與盜寶興趣，平墓不夠，還是把墳給掘了，挖到三個人的深度，結果一無所得。1987到1990年期間，老百姓為了發財熱，到處盜墓，掘了譚嗣同墳於湖南。
所有地麵上活動的，都化為塵土、都已躺下；剩下的，隻有那靜止的古刹，在寒風中、在北國裏，悲愴地 立著。啊！北京法源寺、北京法源寺！多少悲愴因你而佇起、因你而止、因你而留下串聯、血證與碑痕。雖然，從憫忠台殘留的石礎上，知道你也不在靜止，也在衰亡。你的佇立，也因你曾傾倒。但是，比起短暫的人生來，你是長遠的、永恒的。你帶我們走進曆史，也走出曆史，隻有從你的“法海真源”裏，我們才看到中國的“血海真源”。
啊！北京法源寺、北京法源寺！我們不配向你再會，是你向我們道別、向我們一代一代道別。我們一代一代都傾倒了，隻有你佇立。不過，我們樂見你的佇立，我們一代一代，把中國人民的血淚寄存在你那裏——你的生命，就是我們的。在中國台北我寫《北京法源寺》《北京法源寺》作為書名，是十七年前我第一次做政治犯時在國民黨黑獄中決定的。自1971年起，我被國民黨政府關過兩次，第一次十足關了五年八個月；第二次十足關了六個月，一共關了六年兩個月，再加上被軟禁在家十四個月，一共是七年四個月。七年四個月中，六年兩個月是在牢裏度過的。我曆經七間牢房，其中有保安處不見天日的密封房、有軍法處臭氣四溢的十一房、有仁教所完全隔離的太平房、有台北看守所龍蛇雜處的三二房。……其中住得最久，是軍法處的八號房，我一人住了兩年半之久。
八號房不到兩坪大，扣掉四分之一的馬桶和水槽及四分之一的我用破門板架起的“書桌”，所餘空間，已經不多。一個人整天吃喝拉撒睡，全部活動，統統在此。不過不以人為本位，小房間內也不乏“生物”，白蟻也、蟑螂也、壁虎也、蜘蛛也、蜈蚣也……都戶限為穿、來去自如。至於狗彘不若的人，就自歎弗及。八號房的戶限與來去，主要靠牆與地交接點上的一個小洞，長方形，約有30厘米×15厘米大，每天三頓飯，就從小洞推進來，喝的水，裝在五公升的塑膠桶裏，也從小洞拖進來；購買日用品、借針線、借剪指甲刀、寄信、倒垃圾……統統經過小洞；甚至外麵寄棉被來，檢查後，也卷成一長卷，從小洞一段段塞進。小房雖有門，卻是極難一開的。門雖設而常關，高高的窗戶倒可開啟，可是透過窗上的鐵欄看到的窗外，一片灰牆與肅殺，縱在晴天的時候，也令人有陰霾之感。在那種年複一年的陰霾裏，我構想出幾部小說，其中一部，就是《北京法源寺》。
由於在黑獄裏禁止寫作，我隻好粗略地構想書中情節，以備出獄時追寫。1976年我出獄，在料理劫後之餘，開始斷斷續續寫了前幾章。1979年我複出文壇，在其他寫作方麵，一寫十二年，出書一百二十種，被查禁九十六種，被查扣十一萬七千六百冊。這十二年間，幾乎全部主力，都投在其他寫作方麵了，《北京法源寺》就被耽誤了。十二年中，隻斷續寫了萬把字，始終沒法完成。 耽誤的原因其實不全在時間不夠，而是我心理上的一個求全故障。伏爾泰（）說過一句話：“最好是好的敵人。”
（’Voltaire Le mieux est I ennemi du bien.The best is the enemy of the good. ）正因為我要寫得“最好”，結果連“好”都躊躇下筆了。 國民黨在台灣三十七年之久的報禁解除後，我決定創辦《求是報》，一方麵跟這個偽政權周旋，打它，為它送葬；一方麵要用這種報紙媒體，造成時勢，深入人心，為中國造前途。我深知報紙一辦，我的時間就被困住，《北京法源寺》將不知何年何月問世了。因此我花了一個多月的時間，每天寫兩個多小時，終於在去年年底，快速完成了它。
伊夫林·沃（Evelyn Waugh ）說一部長篇小說需要六個星期才能完稿，我這部書，恰如其說。由於它隻是我史詩式小說中的一部，我自不打算用一部小說涵蓋所有的主題，所以，它涵蓋的，隻有四百個子題以內，但內容也很驚人。《北京法源寺》以具象的、至今屹立的古廟為縱線，以抽象的、煙消雲散的曆朝各代的史事人物為橫剖，舉凡重要的主題：生死、鬼神、僧俗、出入、仕隱、朝野、家國、君臣、忠奸、夷夏、中外、強弱、群己、人我、公私、情理、常變、去留、因果、經濟（經世濟民）等，都在論述之列。這種強烈表達思想的小說，內容豐富自是罕見的。